YuLab-SMU / shinyTempSignal

Explore Temporal and Other Phylogenetic Signals
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S167385272400033X
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代码优化 #12

Closed xuanan-zhu closed 2 years ago

xuanan-zhu commented 2 years ago

亲爱的余老师,您好!
这次更新,增加了tree、rst、mlc文件的输入,用户可以选择nwk、tree文件其中一种输入方式,修复了一些BUG(之前一时疏忽没考虑到多个标签可能时间信号一致的问题,导致某个时间点的标签,一个离群,其他全部判断为离群),程序基本定型了,先提交更新一下。 学生根据forqs的application note尝试写了一下,感觉差了点东西,每个功能都写上了,但在篇幅方面有点小疑问,得去调研一下。 谢谢老师! 代码运行.pdf ~

GuangchuangYu commented 2 years ago

那么多个选择树的地方,是不是让人混淆? 我感觉就一个上传按钮,然后再加一下文件类型的选择,就够了。

另外,你可以先把写的东西发我看下。bioinformatics有Word模板,要下载在模板上写。

xuanan-zhu commented 2 years ago

收到,谢谢老师我去改一下,确实输入树的容易混淆,还有关于note,我没有套模板,只是参考别人的文章的,得找个模板改一下。

xuanan-zhu commented 2 years ago

另外,这篇文章是用英文写,还是用中文写,我前面用了英文写,后面越写越多就先用了中文,谢谢老师!

xuanan-zhu commented 2 years ago

先进行输入文件类型的选择,再弹出需要输入的文件。分为两部分,避免混淆。 code_run.pdf

GuangchuangYu commented 2 years ago

可以先写中文,但最终是英文版。而且application note的篇幅很短,每一句话都应该是有目的的,不能瞎扯占篇幅的闲话。