read.nhx() bug

[X1angyang]

Y 叔好，

在read.nhx()函数中，对nhx文件的feature进行了数字转换，条件是正则匹配到数字的时候就使用as.numeric()函数将字符串转为数值。但是正则中是部分匹配而非完全匹配，这导致如果feature是字符和数字混合的时候,比如’AAA111‘’，仍然进行字符串转数字的操作，返回结果变成NA，由此引发在作图时使用类似geom_label（）得不到预期的现象。我提交分支失败了，可以修复一下^-^

期待回复~

[xiangpin]

谢谢指出，不知是否有可重复错误的代码与文件？能否提供下，我这边看看先

[X1angyang]

library(ggtree) library(ggplot2) library(treeio)

treetext = "((((T0201:11.5[&&NHX],T0104:4.5[&&NHX]):1[&&NHX], T0103:5.5[&&NHX]):0.5[&&NHX], T0106:3[&&NHX], T0107:2[&&NHX]):1[&&NHX], T0102:7[&&NHX], (T0302:3[&&NHX],T0301:4[&&NHX]):1[&&NHX:S=GRIN2A Loss])[&&NHX];"

tree <- read.nhx(textConnection(treetext)) ggtree(tree, layout='ellipse') + geom_tiplab() + geom_label(aes(x=branch, label=S), fill='lightgreen')

示例中S=GRIN2A Loss，最终结果是无法展示的

删除其中的数字，只保留字符，则可以正常显示

原因是在这里是部分匹配，可以加上^ 和 $

[xiangpin]

谢谢，我已提交 #97