计算ASSD - Githubissues

5ummer23 commented 4 months ago

感谢您的工作！我在尝试使用您提供的infer脚本进行测试时，想使用medpy库中的assd与hd95函数计算，但是assd一直报错并无法解决，hd95可以正常使用，请问您是否可以提供计算assd和hd95的方法，十分感谢您！

ZAX130 commented 4 months ago

我也用的这个，但是必须要一个类一个类算

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: 5ummer23 @.> 发送时间: 2024年7月10日 09:23 收件人: ZAX130/SmileCode @.> 抄送: Subscribed @.***> 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11)

感谢您的工作！我在尝试使用您提供的infer脚本进行测试时，想使用medpy库中的assd与hd95函数计算，但是assd一直报错并无法解决，hd95可以正常使用，请问您是否可以提供计算assd和hd95的方法，十分感谢您！ image.png (view on web) image.png (view on web)

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5ummer23 commented 2 months ago

作者你好，想请教您关于Mind101数据集dice值特别低，第一个epoch的dice才只有0.47，请问您清楚是什么原因吗，图片大小为160x192x160

ZAX130 commented 2 months ago

可以说一下更详细的实验设置吗

---原始邮件--- 发件人: @.> 发送时间: 2024年9月11日(周三) 下午2:51 收件人: @.>; 抄送: "Haiqiao @.**@.>; 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11)

作者你好，想请教您关于Mind101数据集dice值特别低，第一个epoch的dice才只有0.47，请问您清楚是什么原因吗，图片大小为160x192x160 2024-09-11.14.49.38.png (view on web) 2024-09-11.14.49.56.png (view on web)

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5ummer23 commented 2 months ago

可以说一下更详细的实验设置吗 … ---原始邮件--- 发件人: @.> 发送时间: 2024年9月11日(周三) 下午2:51 收件人: @.>; 抄送: "Haiqiao @.**@.>; 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11) 作者你好，想请教您关于Mind101数据集dice值特别低，第一个epoch的dice才只有0.47，请问您清楚是什么原因吗，图片大小为160x192x160 2024-09-11.14.49.38.png (view on web) 2024-09-11.14.49.56.png (view on web) — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

epoch设置为30，其他的一些参数均为您在代码中给出的

ZAX130 commented 2 months ago

比如数据是如何处理的

---原始邮件--- 发件人: @.> 发送时间: 2024年9月12日(周四) 上午8:34 收件人: @.>; 抄送: "Haiqiao @.**@.>; 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11)

可以说一下更详细的实验设置吗 … ---原始邮件--- 发件人: @.> 发送时间: 2024年9月11日(周三) 下午2:51 收件人: @.>; 抄送: "Haiqiao @.@.>; 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11) 作者你好，想请教您关于Mind101数据集dice值特别低，第一个epoch的dice才只有0.47，请问您清楚是什么原因吗，图片大小为160x192x160 2024-09-11.14.49.38.png (view on web) 2024-09-11.14.49.56.png (view on web) — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

epoch设置为30，其他的一些参数均为您在代码中给出的

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5ummer23 commented 2 months ago

按照您论文中的方式使用了NKI-RS-22 和数据集NKI-TRT-20，然后就简单的裁剪到160x192x160尺寸，其他没有做处理

ZAX130 commented 2 months ago

数据处理的方法可以参考一下makePklDataset.py文件，具体的其他问题我也不太清楚，可能需要更多信息来确认。

---原始邮件--- 发件人: @.> 发送时间: 2024年9月12日(周四) 中午11:40 收件人: @.>; 抄送: "Haiqiao @.**@.>; 主题: Re: [ZAX130/SmileCode] 计算ASSD (Issue #11)

按照您论文中的方式使用了NKI-RS-22 和数据集NKI-TRT-20，然后就简单的裁剪到160x192x160尺寸，其他没有做处理

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5ummer23 commented 1 month ago

老师请问您可以提供一下计算assd和hd95的代码嘛，在您给出的infer.py中没有，之前您说需要一个类一个类去算，我尝试添加但是无法实现该计算 T T

ZAX130 commented 1 month ago

Here is an example.

from medpy import metric
import numpy as np

def assd_val(y_pred, y_true, C=None,spacing=None):
    C = C or np.unique(y_true).shape[0]
    total = []
    for i in range(1, C+1):
        total.append(metric.assd(y_pred == i, y_true == i, voxelspacing=spacing))
    total.append(np.mean(total))
    return total

ZAX130 / SmileCode

计算ASSD #11