关于quarTeT telomere的结果文件 telo.label.txt

[Threeman8]

hi, 请允许我用中文和您交流

您好！非常感谢您的工作，给了我们很大的帮助！ 我在运行telomere程序，代码如下， quartet.py TeloExplorer -i sc.teloclip.racon.chr.fa -c other -p sc.other 然后得到的结果是：

其中tmp文件夹下sc.other.telo.label.txt的文件结果为：

我的问题是： sc.other.telo.label.txt文件的start和end是否指示端粒在染色体上的坐标？为什么每条端粒的长度都为整数呢？

再次谢谢！期待您的回复！

[Echoring]

这个文件是作图用的。为了表示方便，直接固定把端粒画在了最远端。 要调查端粒的边界，应该看{prefix}_telomeric_repeat_windows.csv这个文件。

[Threeman8]

Echoring 您好！ 非常感谢您的解答！ 我有了另一个疑惑，quarTeT得到的monomer与单独运行tidk得到的monomer不相符，能麻烦您帮我解答一下吗？

quartet的命令如下： quartet.py TeloExplorer -i sc.teloclip.racon.chr.fa -c other prefix.telo.info文件显示 # Telomere repeat monomer: AATTC

tidk explore的命令如下： tidk explore -f genome.fa --minimum 5 --maximum 12 -o sc -t 8 --log --dir ./ --extension bedgraph prefix.txt文件显示 (base) [heweijun@login1 tidk.explore]$ cat sc.txt telomeric_repeat reverse_complement frequency AAACCCT AGGGTTT 8130 ATATATAT ATATATAT 224 ATATATATAT ATATATATAT 193 ATATAT ATATAT 145 ATATATATATAT ATATATATATAT 128 AACCCCG CGGGGTT 54 AAACCCC GGGGTTT 52 AAACCCG CGGGTTT 52 以AATTC为monomer 进行tidk search并作图： tidk search -d ./ -f genome.fa -s AATTC tidk plot -c telomeric_repeat_windows.csv -o AATTC 得到的图如下：

以AAACCCT为monomer 进行tidk search并作图： tidk search -d ./ -f genome.fa -s AAACCCT tidk plot -c telomeric_repeat_windows.csv -o AAACCCT

我的物种在the telomeric repeat database显示的近源种monomer是AAACCCT。请问您觉得我的物种端粒的monomer是什么序列呢？quarTeT的TeloExplorer结果与tidk explore的结果为什么不一致呢？

期待您的解答！非常感谢！

[Echoring]

很显然，是AAACCCT，在植物中几乎是统一稳定的。 quarTeT TeloExplore实际上就是在调用TIDK explore和search，如果你想深入调查，建议直接用TIDK。 至于你遇到的问题可能是因为-c指定为other而不是plant。 我不太确定为什么会鉴定到这个5bp，如果explore输出正确应该是会取第一个结果AAACCCT的，可能调用TIDK的版本有关。 有兴趣的话，基因组给我试试。

[Threeman8]

确实！指定-c为plant后，是AAACCCT quartet.py TeloExplorer -i genome.fa -c plant 结果为 但是16个端粒只找到了10个。 当指定-c为other时，是显示找到所有端粒。 有兴趣，但是是未发表的工作，给您4条染色体可以吗？可以留一下您邮箱吗？

我用tidk，根据AAACCCT是找到了14个端粒。quartet的TeloExplorer是设置多少个monomer才算端粒呢？

[Echoring]

找到所有端粒并不意味着找到的是对的，可能是找到了一个错误的像是端粒的东西。 默认是100个重复算,-m参数可调整。 2461286672@qq.com

[Echoring]

我估计是TIDK的版本问题。TIDK在0.2.31这个版本重构了explore模块。 在你提供的测试数据上，我用TIDK 0.2.1（应该是你单独用的那个版本），鉴定出来是AAACCCT：

id      start_pos       end_pos repeat_number   repeat_sequence sequence_length
chr1    77      6426    822     TAAACCC 7
chr2    81272751        81283608        1543    GTTTAGG 7
chr4    56      7665    1069    AACCCTA 7
chr7    64555491        64558767        441     GGTTTAG 7

如果你用conda直接安装的quarTeT的依赖，安装到的TIDK可能是0.2.31版本，它鉴定出来就有问题：

canonical_repeat_unit   count
AAAAT   7340
AAACCCT 3558
AATTC   3336
AAAAG   2987
AAATT   2179
AATAT   1617
AAAAAT  1220

这应该是TIDK的问题，现阶段大概只能通过指定长度范围解决吧。

[Threeman8]

是的，我单独使用的tidk是0.2.0版本，quartet调用的是conda安装的0.2.41版本的tidk。再次感谢！ 我先关闭这个评论了