Suite à un crash d'orthofinder signalé par Didier :
OrthoFinder a crashé sous GalaxyDev, en utilisant les outputs de TransDecoder.
Le message d'erreur est : mv: cannot stat Results_*: No such file or directory
Il s'agit de la commande qui renomme le dossier de résultats créée par OrthoFinder, la première commande bash lancée après le run d'OrthoFinder.
J'ai pu constater que la version de TransDecoder est plus récente que celle que j'ai utilisée lors de mes tests et benchmarks
Je n'ai aucun problème en utilisant OrthoFinder en ligne de commande avec les fichiers qui posent problème sous Galaxy.
Le bug ne se produit pas toujours, c'est selon les fichiers d'inputs utilisés (pas encore tiré ça au clair)
Obtenu un autre message d'erreur en utilisant trois petits jeux de données test (outputs velvet de Filter_Assemblies passés dans TransDecoder puis OrthoFinder). Obtenu en utilisant la sélection multiple de fichiers d'input (en utilisant un dataset collection, c'est l'erreur de Didier qui a lieu ...) :
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies3] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies1] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies3] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies1] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies3] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies1] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies3] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies1] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Warning: [blastp] Query is Empty!
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies3] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working/Results_Nov02/WorkingDirectory/BlastDBSpecies1] in search path [/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/002/2430/working:/db/blast/all:]
Traceback (most recent call last):
File "/w/conda/galaxydev/_conda/envs/__orthofinder@1.1.4/bin/orthofinder", line 1374, in
clustersFilename_pairs, statsFile, summaryText, orthogroupsResultsFilesString = DoOrthogroups(options, dirs, seqsInfo)
File "/w/conda/galaxydev/_conda/envs/__orthofinder@1.1.4/bin/orthofinder", line 1092, in DoOrthogroups
Lengths = GetSequenceLengths(seqsInfo, fileInfo)
File "/w/conda/galaxydev/_conda/envs/__orthofinder@1.1.4/bin/orthofinder", line 332, in GetSequenceLengths
sequenceLengths[iSpecies][iCurrentSequence] = currentSequenceLength
IndexError: index -1 is out of bounds for axis 0 with size 0
Origine du bug de Didier : les outputs de TransDecoder n'ont pas l'extension "fasta". Or OrthoFInder se base sur l'extension des fichiers pour détecter ses inputs.
Suite à un crash d'orthofinder signalé par Didier :
OrthoFinder a crashé sous GalaxyDev, en utilisant les outputs de TransDecoder. Le message d'erreur est :
mv: cannot stat Results_*: No such file or directory
Il s'agit de la commande qui renomme le dossier de résultats créée par OrthoFinder, la première commande bash lancée après le run d'OrthoFinder.J'ai pu constater que la version de TransDecoder est plus récente que celle que j'ai utilisée lors de mes tests et benchmarks
Je n'ai aucun problème en utilisant OrthoFinder en ligne de commande avec les fichiers qui posent problème sous Galaxy.
Le bug ne se produit pas toujours, c'est selon les fichiers d'inputs utilisés (pas encore tiré ça au clair)
Obtenu un autre message d'erreur en utilisant trois petits jeux de données test (outputs velvet de Filter_Assemblies passés dans TransDecoder puis OrthoFinder). Obtenu en utilisant la sélection multiple de fichiers d'input (en utilisant un dataset collection, c'est l'erreur de Didier qui a lieu ...) :