Orientée objet (objet "Locus", avec attributs 'header' et 'sequence')
Nouvel algo pour la constitution des orthogroupes par transitivité
Utilisation de sets au lieu de listes
Utilisation de numpy et pandas pour les 'summary tables' en output.
Outputs :
Les orthogroupes (un orthogroupe par fichier) après filtrage des paralogues (même filtrage naïf que la version actuellement sous GalxyDev. D'après Didier, les infos de blast écrites dans les résultats de Pairwise (%similarité...) peuvent permettre de coder un filtre plus rigoureux).
Une option permet d'avoir également les orthogroupes avant le filtrage des paralogues.
Nouvelle version de pogs
Orientée objet (objet "Locus", avec attributs 'header' et 'sequence')
Nouvel algo pour la constitution des orthogroupes par transitivité
Utilisation de sets au lieu de listes
Utilisation de numpy et pandas pour les 'summary tables' en output.
Outputs :