abims-sbr / adaptsearch

A pipeline for the search of adaptive mutations and positively selected genes from RNASeq orthologs
http://www.sb-roscoff.fr/fr/equipe-adaptation-et-biologie-des-invertebres-en-conditions-extremes
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Better filereading #39

Closed Mataivic closed 6 years ago

Mataivic commented 6 years ago

Amélioration de toutes les fonctions de lecture de fichiers.

-> remplacement des

`while (1) : 
       file.readline
       etc ...

par :

with open(file, "r") as f:
    for line in f.readlines():
        etc ...

Sauf dans la fonction detect_Matches de functions.py dans Pairwise : je ne suis pas arrivé à comprendre précisément ce qu'est censée faire la fonction.