Modification des lignes de commande des outils les plus en aval: au lieu d'avoir ./script.py file1,file2,file3,file4,...', on a désormais ./script.py list_file, où list_file est un fichier texte contenant le nom de tous les fichiers d'entrée
Cette approche est mise en place suite à un bug de Didier où, apriori, le nombre de fichiers d'entrée très élevé a fait planter l'interpréteur Python (dépassement du nombre maximal de caractères autorisés dans une ligne de commande ?). J'ai d'abord utilisé glob (trois commits concernés), puis modifié à nouveau pour utiliser la méthode aveclist_file
Autres petits changements :
prise en charge des nucléotides 'N' dans CDS_Search (bug découvert par Stéphane)
Mise à jour de Mutcount en mode concaténé : ajout du calcul du 'Substitution Exchangeability Disequilibrium' de Pierre-Guillaume + simplification du calcul de la pvalue
Modification des lignes de commande des outils les plus en aval: au lieu d'avoir
./script.py file1,file2,file3,file4,...'
, on a désormais./script.py list_file
, oùlist_file
est un fichier texte contenant le nom de tous les fichiers d'entréeCette approche est mise en place suite à un bug de Didier où, apriori, le nombre de fichiers d'entrée très élevé a fait planter l'interpréteur Python (dépassement du nombre maximal de caractères autorisés dans une ligne de commande ?). J'ai d'abord utilisé
glob
(trois commits concernés), puis modifié à nouveau pour utiliser la méthode aveclist_file
Autres petits changements :