Open adamtongji opened 6 years ago
https://adamtongji.github.io/2018/05/27/GATK/
五月初正式开始上班，工作的第一个任务，就算搭建一个外显子和转录组突变的分析平台。而开始就是，什么都没有。没有电脑，没有服务器，也没有任何软件和经验。我们的工作就是一步步搭建起突变分析及定制化分析平台。下面我从硬件和软件两个角度，整理下平台搭建的细节和思路。出于费用限制，我这里采用的是GATK4的开源流程，并于本地计算。若下面有相关费用支持，则继续测试Google Cloud平台和Sentieon的流程，云加商业化Pipeline也是现在商业化快服务需求的标准配置吧。服务器/工作站/主机采购外显子及转录组的突变分析流程，需要较大的计算通量和高并行计算支持。我手头只有一台12年的mbp，显然无法完成流程搭建。只能另辟蹊径，由于公司的新员工可以配新的办公电脑，在同事们将近两周的支持下，我配了一台20核40线程，64GB内存加4T机械，256G固态的“办公电脑”，作为我们分析硬件平台。
https://adamtongji.github.io/2018/05/27/GATK/
五月初正式开始上班，工作的第一个任务，就算搭建一个外显子和转录组突变的分析平台。而开始就是，什么都没有。没有电脑，没有服务器，也没有任何软件和经验。我们的工作就是一步步搭建起突变分析及定制化分析平台。下面我从硬件和软件两个角度，整理下平台搭建的细节和思路。出于费用限制，我这里采用的是GATK4的开源流程，并于本地计算。若下面有相关费用支持，则继续测试Google Cloud平台和Sentieon的流程，云加商业化Pipeline也是现在商业化快服务需求的标准配置吧。服务器/工作站/主机采购外显子及转录组的突变分析流程，需要较大的计算通量和高并行计算支持。我手头只有一台12年的mbp，显然无法完成流程搭建。只能另辟蹊径，由于公司的新员工可以配新的办公电脑，在同事们将近两周的支持下，我配了一台20核40线程，64GB内存加4T机械，256G固态的“办公电脑”，作为我们分析硬件平台。