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NANDO (Nanbyo Disease Ontology)
http://nanbyodata.jp
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MONDO mapping時のabbreviation問題 #23

Closed kninomiya-mope closed 3 years ago

kninomiya-mope commented 4 years ago

(簡単には解決できない問題ですが、忘れないように記録しておきます) 疾患によってはまったく同じabbreviationを持つ場合があり、誤って別の疾患(特にcommon diseaseであることが経験的に多い気がする)と対応付けられてしまうことがある。 文字列上の小さなゆらぎで当たらない場合でも、Abbreviationのおかげでピッタリ当てはまることもあるため、mapping時に単純に除外することは適切ではない。そのあたりのfalse positiveへの対応を考える必要がある。

(参考) http://allie.dbcls.jp

fujitoyo commented 4 years ago

一度はマッピング結果を目視で確認する必要があると思います. メンバーで手分けすれば,どうにかなる数だと思います. 以降のアップデートでは,差分のみを確認すれば良いと思います.

kninomiya-mope commented 4 years ago

たしかにです。 一人では決してできなかった仕事ですね。(感慨)

fujitoyo commented 3 years ago

前処理後の疾患名で,6文字以下でマッチしたものについては,全て目視で確認(ダブルチェック)