search

aiidateam / aiida-quantumespresso

The official AiiDA plugin for Quantum ESPRESSO
https://aiida-quantumespresso.readthedocs.io
Other
52 stars 77 forks source link

Error installing using "pip install aiida-quantumespresso" #710

Closed m-a-saleh closed 3 years ago

m-a-saleh commented 3 years ago

I have installed aiida-core in a python venv and it is working fine. However, when i try to install "aiida-quantumespresso" plugin using:

pip install aiida-quantumespresso

into the aiida venv, I get the following errors:

Building wheels for collected packages: PyCifRW, pymatgen
  Building wheel for PyCifRW (setup.py) ... error
  ERROR: Command errored out with exit status 1:
   command: /home/saleh/.venvs/aiida/bin/python3 -u -c 'import io, os, sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-y5uy1krt/pycifrw_5e51a5ffb2864522a3a2c557b96cafeb/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-y5uy1krt/pycifrw_5e51a5ffb2864522a3a2c557b96cafeb/setup.py'"'"';f = getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__) if os.path.exists(__file__) else io.StringIO('"'"'from setuptools import setup; setup()'"'"');code = f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' bdist_wheel -d /tmp/pip-wheel-kvx2f53j
       cwd: /tmp/pip-install-y5uy1krt/pycifrw_5e51a5ffb2864522a3a2c557b96cafeb/
  Complete output (47 lines):
  running bdist_wheel
  running build
  running build_py
  creating build
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/CifFile_module.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/yapps3_compiled_rt.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/YappsStarParser_1_1.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/YappsStarParser_1_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/YappsStarParser_STAR2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/YappsStarParser_2_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/StarFile.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/TypeContentsParser.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  copying src/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/drel_ast_yacc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/drel_lex.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/drel_runtime.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/py_from_ast.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  copying src/drel/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel
  running build_ext
  building 'CifFile.StarScan' extension
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib
  x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/home/saleh/.venvs/aiida/include -I/usr/include/python3.8 -c src/lib/lex.yy.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib/lex.yy.o
  star.l: In function ‘star_scanner’:
  star.l:111:26: warning: suggest parentheses around assignment used as truth value [-Wparentheses]
  lex.yy.c:195:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: ‘int’ and ‘yy_size_t’ {aka ‘long unsigned int’} [-Wsign-compare]
  lex.yy.c:213:9: note: in expansion of macro ‘YY_LESS_LINENO’
  star.l:117:24: note: in expansion of macro ‘yyless’
  star.l:136:26: warning: suggest parentheses around assignment used as truth value [-Wparentheses]
  lex.yy.c:195:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: ‘int’ and ‘yy_size_t’ {aka ‘long unsigned int’} [-Wsign-compare]
  lex.yy.c:213:9: note: in expansion of macro ‘YY_LESS_LINENO’
  star.l:142:24: note: in expansion of macro ‘yyless’
  At top level:
  lex.yy.c:1394:16: warning: ‘input’ defined but not used [-Wunused-function]
  lex.yy.c:1349:17: warning: ‘yyunput’ defined but not used [-Wunused-function]
  x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/home/saleh/.venvs/aiida/include -I/usr/include/python3.8 -c src/lib/py_star_scan.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib/py_star_scan.o
  src/lib/py_star_scan.c:2:10: fatal error: Python.h: No such file or directory
      2 | #include "Python.h"
        |          ^~~~~~~~~~
  compilation terminated.
  error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
  ----------------------------------------
  ERROR: Failed building wheel for PyCifRW
  Running setup.py clean for PyCifRW
  Building wheel for pymatgen (PEP 517) ... error
  ERROR: Command errored out with exit status 1:
   command: /home/saleh/.venvs/aiida/bin/python3 /home/saleh/.venvs/aiida/lib/python3.8/site-packages/pip/_vendor/pep517/in_process/_in_process.py build_wheel /tmp/tmpdaike3k8
       cwd: /tmp/pip-install-y5uy1krt/pymatgen_056f09a91802499398cf17d4d8c061dc
  Complete output (498 lines):
  running bdist_wheel
  running build
  running build_py
  package init file 'pymatgen/analysis/__init__.py' not found (or not a regular file)
  creating build
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/energy_models.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/adsorption.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/find_dimension.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/hhi.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bond_dissociation.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/thermochemistry.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/diffusion_analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/ewald.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/structure_matcher.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bond_valence.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/quasiharmonic.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/interface_reactions.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/cost.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/local_env.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/xps.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/prototypes.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/piezo_sensitivity.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/phase_diagram.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/dimensionality.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/graphs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/functional_groups.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/excitation.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/molecule_matcher.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/pourbaix_diagram.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/fragmenter.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/substrate_analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/structure_analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/wulff.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/nmr.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/piezo.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/eos.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/reaction_calculator.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/interface.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/surface_analysis.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/path_finder.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/transition_state.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps
  copying pymatgen/apps/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/core.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/boltztrap2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/plotter.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/boltztrap.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/cohp.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/bandstructure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/dos.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/electronic_structure
  package init file 'pymatgen/io/__init__.py' not found (or not a regular file)
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/shengbte.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xr.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/wannier90.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xyz.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/phonopy.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/cif.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/pwscf.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/fiesta.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/lmto.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/babel.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/cssr.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/nwchem.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/zeopp.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/ase.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/jarvis.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/prismatic.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/gaussian.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/atat.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/cube.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/adf.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/aiida.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xcrysden.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/plotters.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/structure_vtk.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/structure_chemview.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/gulp_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/enumlib_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/mcsqs_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/critic2_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/vampire_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/bader_caller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/optimization
  copying pymatgen/optimization/linear_assignment_numpy.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/optimization
  copying pymatgen/optimization/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/optimization
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/gruneisen.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/plotter.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/bandstructure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/ir_spectra.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/dos.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/phonon
  package init file 'pymatgen/ext/__init__.py' not found (or not a regular file)
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/matproj.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/crystalsai.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/cod.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/jhu.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/optimade.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/ext
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/provenance.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/convergence.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/sequence.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/io_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/serialization.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/coord.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/string.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/num.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/typing.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/testing.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/plotting.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/gaussian_analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/feff_plot_cross_section.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_potcar.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/feff_plot_dos.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_structure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_analyze.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_config.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/get_environment.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_plot.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_query.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/cli
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/exp_entries.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/correction_calculator.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/entry_tools.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/compatibility.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/computed_entries.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/site_symmetries.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/kpath.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/structure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/groups.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/bandstructure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/settings.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/maggroups.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/ion.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/operations.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/trajectory.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/molecular_orbitals.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/periodic_table.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/libxcfunc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/bonds.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/xcfunc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/spectrum.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/surface.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/tensors.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/units.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/sites.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/structure.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/composition.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/lattice.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/interface.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/advanced_transformations.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/defect_transformations.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/site_transformations.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/transformation_abc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/standard_transformations.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/transformations
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/transmuters.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/filters.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/materials.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/alchemy
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/polarization.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/heisenberg.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/topological
  copying pymatgen/analysis/topological/spillage.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/topological
  copying pymatgen/analysis/topological/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/topological
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/defect_compatibility.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/dilute_solution_model.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/core.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/corrections.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/generators.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/thermodynamics.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/defects
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/core.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/tem.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/xrd.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/strain.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/stress.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/elastic.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/elasticity
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv
  copying pymatgen/analysis/chemenv/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/interfaces
  copying pymatgen/analysis/interfaces/zsl.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/interfaces
  copying pymatgen/analysis/interfaces/coherent_interfaces.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/interfaces
  copying pymatgen/analysis/interfaces/substrate_analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/interfaces
  copying pymatgen/analysis/interfaces/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/interfaces
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/dopant_predictor.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitutor.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitution_probability.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/volume_predictor.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/solar
  copying pymatgen/analysis/solar/slme.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/solar
  copying pymatgen/analysis/solar/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/solar
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/gb
  copying pymatgen/analysis/gb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/gb
  copying pymatgen/analysis/gb/grain.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/gb
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/xas
  copying pymatgen/analysis/xas/spectrum.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/xas
  copying pymatgen/analysis/xas/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/xas
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/func_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_errors.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/scripts_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/graph_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/math_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/defs_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_config.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/coordination_geometry_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/chemenv_strategies.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/voronoi.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometry_finder.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/structure_environments.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  copying pymatgen/analysis/chemenv/connectivity/environment_nodes.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  copying pymatgen/analysis/chemenv/connectivity/structure_connectivity.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  copying pymatgen/analysis/chemenv/connectivity/connectivity_finder.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  copying pymatgen/analysis/chemenv/connectivity/connected_components.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  copying pymatgen/analysis/chemenv/connectivity/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/connectivity
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  package init file 'pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/__init__.py' not found (or not a regular file)
  package init file 'pymatgen/analysis/structure_prediction/data/__init__.py' not found (or not a regular file)
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/analyzer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/plotter.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/battery_abc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/conversion_battery.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/insertion_battery.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/battery
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/queen.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/hive.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/apps/borg
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/sets.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/help.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/data.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/exciting
  copying pymatgen/io/exciting/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/exciting
  copying pymatgen/io/exciting/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/exciting
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster
  copying pymatgen/io/lobster/lobsterenv.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster
  copying pymatgen/io/lobster/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster
  copying pymatgen/io/lobster/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster
  copying pymatgen/io/lobster/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/sets.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  copying pymatgen/io/qchem/utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  copying pymatgen/io/qchem/sets.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  copying pymatgen/io/qchem/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  copying pymatgen/io/qchem/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  copying pymatgen/io/qchem/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/qchem
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/sets.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/xtb
  copying pymatgen/io/xtb/outputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/xtb
  copying pymatgen/io/xtb/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/xtb
  copying pymatgen/io/xtb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/xtb
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/pseudos.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abiobjects.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abiinspect.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/inputs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/netcdf.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abitimer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/variable.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/abinit
  package init file 'pymatgen/io/lammps/templates/__init__.py' not found (or not a regular file)
  package init file 'pymatgen/io/lobster/lobster_basis/__init__.py' not found (or not a regular file)
  package init file 'pymatgen/util/structures/__init__.py' not found (or not a regular file)
  package init file 'pymatgen/entries/data/__init__.py' not found (or not a regular file)
  copying pymatgen/analysis/vesta_cutoffs.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/icsd_bv.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bonds_jmol_ob.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/cn_opt_params.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/op_params.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bvparam_1991.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/ionic_radii.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/aflow_prototypes.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/costdb_elements.csv -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/atomic_subshell_photoionization_cross_sections.csv -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/hhi_data.csv -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/vis/ElementColorSchemes.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/vis
  copying pymatgen/command_line/OxideTersoffPotentials -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/command_line
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Si_SiO2_Interface.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/TlBiSe2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/K2O2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/VO2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Sn.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/TiO2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/SrTiO3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/BaNiO3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/NaFePO4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li3V2(PO4)3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/He_BCC.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/CsCl.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Pb2TiZrO6.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/SiO2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li2O2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/LiFePO4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Si.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Graphite.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li2O.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li10GeP2S12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/plotly_pd_layouts.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/util
  copying pymatgen/entries/calc_compounds.json.gz -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/exp_compounds.json.gz -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/MPCompatibility.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/MITCompatibility.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/MP2020Compatibility.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries/data
  copying pymatgen/entries/data/nist_gas_gf.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries/data
  copying pymatgen/entries/data/g_els.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/entries/data
  copying pymatgen/symmetry/symm_data.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_ops.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_data.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_ops.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_data_magnetic.sqlite -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/core/py.typed -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/libxc_docs.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/func_groups.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/periodic_table.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/reconstructions_archive.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/quad_data.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/bond_lengths.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/core
  copying pymatgen/analysis/magnetism/default_magmoms.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/diffraction/atomic_scattering_params.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron_scattering_length.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#5.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBT#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_2#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_1#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SMA#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBSA#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TL#3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_3#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DDPN#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TI#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_1#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HB#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#20.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/MI#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#11.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_2#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DI#11.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_1#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBT#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/L#2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_3#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ET#7.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SY#4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/I#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HA#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#11.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/FO#7.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HD#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#6.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TC#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TY#3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ST#7.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#4.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TS#3.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/AC#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PA#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBSA#10.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SA#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_3#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_2#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PB#7.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#13.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SC#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PCPA#11.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#5.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#6.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PBP#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_1#8.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/CO#11.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#5.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/A#2.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HP#12.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6_explicit.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#1.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_2#9.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/allcg.txt -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/ImprovedConfidenceCutoffDefaultParameters.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/DLS_bond_params.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction/data
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/data/lambda.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction/data
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/data/pair_correlation.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/analysis/structure_prediction/data
  copying pymatgen/io/vasp/MVLGWSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MVLRelax52Set.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/VASPIncarBase.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/vdW_parameters.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MPRelaxSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MITRelaxSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MPSCANRelaxSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MPHSERelaxSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/incar_parameters.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/vasp_potcar_file_hashes.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/vasp_potcar_pymatgen_hashes.json -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/lammps/CoeffsDataType.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lammps
  creating build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster/lobster_basis
  copying pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_max.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster/lobster_basis
  copying pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_standard.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster/lobster_basis
  copying pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_min.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/lobster/lobster_basis
  copying pymatgen/io/cp2k/gth_potentials.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/NLCC_POTENTIALS.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/aux_basis.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/cp2k/basis_molopt.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/cp2k
  copying pymatgen/io/feff/MPXANESSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPEXAFSSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPEXELFSSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPELNESSet.yaml -> build/lib.linux-x86_64-3.8/pymatgen/io/feff
  running build_ext
  building 'pymatgen.optimization.linear_assignment' extension
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8/pymatgen
  creating build/temp.linux-x86_64-3.8/pymatgen/optimization
  x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/home/saleh/.venvs/aiida/include -I/usr/include/python3.8 -I/tmp/pip-build-env-b3m4123o/overlay/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/include -c pymatgen/optimization/linear_assignment.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/pymatgen/optimization/linear_assignment.o
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:4:10: fatal error: Python.h: No such file or directory
      4 | #include "Python.h"
        |          ^~~~~~~~~~
  compilation terminated.
  /usr/lib/python3.8/importlib/__init__.py:169: UserWarning: The NumPy module was reloaded (imported a second time). This can in some cases result in small but subtle issues and is discouraged.
    _bootstrap._exec(spec, module)
  error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
  ----------------------------------------
  ERROR: Failed building wheel for pymatgen
Failed to build PyCifRW pymatgen
ERROR: Could not build wheels for pymatgen which use PEP 517 and cannot be installed directly
sphuber commented 3 years ago

The problem is that one of the optional dependencies PyCifRW needs to be compiled and that fails. So it is not really a problem with aiida-quantumespresso. However, it looks like you are missing some CPython header files. Are you on a Debian based system like Ubuntu? In that case you can try to install them by running sudo apt install python3-dev. When that is installed, try pip installing aiida-quantumespresso again

m-a-saleh commented 3 years ago

Thanks very much @sphuber . That worked like a charm. And yes I am on Ubuntu.