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ajcanepa / Hominin_skeletal_part_abundances

New methodologial appoximations to Human Taphonomy studies
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Reunión 29-02. Definición de bloques herramienta #7

Open asermam opened 4 months ago

asermam commented 4 months ago

BLOQUE 1: Comparación de yacimientos:

1.1 Composición esquelética 1.2 Agente causante de la rotura

BLOQUE 2: Nº de huesos y proporción de huesos y su relación con la densidad (Metodología de Subi)

BLOQUE 3: Clasificación del tiempo en el que se realizan las fracturas: PERI-MORTEN y POST MORTEM

Revistas candidatas:

De cara a mantener el repositorio: (coger como referencia Paleoverse https://github.com/palaeoverse/palaeoverse)

ajcanepa commented 4 months ago

Hola @JonasGrabbe y @asermam , buenas.

He hablado con César y me comenta un par de cosas:

  1. No hay inconveniente de cara al doctorado en que se publique el paquete en la revista Methods in Ecology and Evolution (MEE). Lo único que habría que considerar es si @JonasGrabbe quiere seguir la "carrera" investigadora en áreas de computación, que a lo mejor no contaría para su área (auqnue esto ya no es así según la LOSU y no sabremos como será en un futuro, ni cómo será en su país u otros países). Por lo tanto yo me inclinaría en buscar la mejor revista como primer intento y luego si eso ir "bajando" en impacto/cuartil.
  2. En caso que se publique en MEE, para sacarle doble provecho, se podría publicar la versión en Python en SoftwareX (lo que no sé es si valdría como otro artículo para el doctorado)...pero lo podmeo sdejar como un plan "b"
cgosorio commented 4 months ago

Algunos aclaraciones adicionales.

Sobre el punto 1, desde el punto de vista de la tesis, dando por hecho que es por compendio de artículos, no importa donde estén indexadas las revistas en las que se publique (Computer Science u otras áreas). Sobre el punto 2, publicar en SoftwareX también valdría para la tesis (aunque las dos bibliotecas tengan la misma funcionalidad, al estar en lenguajes distintos, justifica bien el preparar un artículo adicional para SoftwareX, es un esfuerzo adicional, pero no exactamente el doble de esfuerzo). Las condiciones para tesis por compendio de artículos es tener al menos 3 artículos en revistas indexadas en primer o segundo cuartil en las que el doctorando sea primero o segundo autor, y al menos primer autor en uno de los artículos. Con lo que la revista Methods in Ecology and Evolution, siendo del primer cuartil, es una buena candidata.

Un comentario adicional sobre e punto 1, hasta ahora, con la normativa que había, hemos tenido muy en cuenta que las revistas en las que se publicara estuvieran indexadas en Computer Science, no por la tesis en sí, si no por los procesos de acreditación posteriores, en los que publicaciones en revistas no indexadas en Computer Science estaban menos valoradas. Pero con el cambio de la presidencia de la ANECA, parece que la interdisciplinaridad en la investigación va camino de estar mejor valorada, con lo que aportaciones fuera del ámbito del Computer Science podrían mejorar su valoración con respecto a la que tenía hasta ahora.

JonasGrabbe commented 3 months ago

Actual sub-listado de los bloques:

Bloque I

  1. read.document
  2. Data Preparation
    • Centering and Scaling
    • Missing Value Imputation
    • Merging of Features
  3. Calculation of MNE, MNI, etc.
  4. Exploratory Data Analysis
    • Histogram
    • Correlation Matrix
    • Statistical Evaluation (possibly including descriptive statistics, p-values, Bayes Factor bounds)
    • Feature Importance
  5. Plotting against "yacimientos" & "yacimientos"-types (Histogram)
  6. "AcReMNAU"-plotting against "yacimientos" & "yacimientos"-types
  7. Clustering (k-means, hierarchical, etc.)
  8. Principal Component Analysis (PCA)
  9. Plotting Clustering & PCA

Bloque II

  1. Linear Regression and Evaluation of Bone Density vs. %MAU or Other Values
  2. Comparison of Results with Internal Database
  3. Plotting Results

Bloque III

  1. read.data
  2. Categorical Clustering and Evaluation of Breakage
  3. Plotting Results
ajcanepa commented 3 months ago

[like] ANTONIO JESUS CANEPA ONETO reacted to your message:

From: Jonas @.> Sent: Friday, March 15, 2024 11:45:13 AM To: ajcanepa/Hominin_skeletal_part_abundances @.> Cc: ANTONIO JESUS CANEPA ONETO @.>; Comment @.> Subject: Re: [ajcanepa/Hominin_skeletal_part_abundances] Reunión 29-02. Definición de bloques herramienta (Issue #7)

Actual sub-listado de los bloques:

Bloque I

  1. read.document
  2. Data Preparation
    • Centering and Scaling
    • Missing Value Imputation
    • Merging of Features
  3. Calculation of MNE, MNI, etc.
  4. Exploratory Data Analysis
    • Histogram
    • Correlation Matrix
    • Statistical Evaluation (possibly including descriptive statistics, p-values, Bayes Factor bounds)
    • Feature Importance
  5. Plotting against "yacimientos" & "yacimientos"-types (Histogram)
  6. Special Plotting Against
  7. Clustering (e.g., k-means, hierarchical, etc.)
  8. Principal Component Analysis (PCA)
  9. Plotting Clustering & PCA

Bloque II

  1. Linear Regression and Evaluation of Bone Density vs. %MAU or Other Values
  2. Comparison of Results with Internal Database
  3. Plotting Results

Bloque III

  1. read.data
  2. Categorical Clustering and Evaluation of Breakage
  3. Plotting Results

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