bowtieの使用方法について

[aki2274]

マッパーについてですが、プライマーが20bp程度と短いことからbowtieを使用しようと思います。(2よりも早いらしい？) そこで疑問をこのissueで投げていきたいと思います。

• マッパーではユニークさだけをはかるという認識でよいでしょうか。
• 全ゲノムのインデックスはやや大きいファイルですがgithub上で扱いますか。

他にも質問が出てくると思いますが、ひとまずこちらに回答していただければ幸いです。

[akikuno]

bowtieで良いと思います！👍

マッパーではユニークさだけをはかるという認識でよいでしょうか。

• プライマー配列と参照配列が完全マッチしているか（マッパーは数塩基のミスを許容するため）
• 👉 CIGARで20MならOK
• １つのプライマー配列につき、参照配列中に何箇所のマッピングがあるか
• 👉 SAMのQNAMEの重複数をsort | uniq -cなどで数えればOK

の２点を見ればよいのかと思いますー

全ゲノムのインデックスはやや大きいファイルですがgithub上で扱いますか。

重たいファイルを扱うと、コミット、プルといった基本動作が遅くなってしまうので、.gitignoreしてくださいー🙏

[akikuno]

20bp程度の短いリードのアラインメントについて、以下のような記事もありました。 こちらではBowtie1 --best --strata parameterをおすすめしているので、ご参照ください。

https://www.biostars.org/p/148476/ （投稿者名がステキです😻）

[aki2274]

bowtie の使用に手間取ってうまくいきません。おそらくインストールはできていますが実行がうまくできないです。 TUTOLIALファイルを参考に bowtie e_coli reads/e_coli_1000.fq を実行してみましたが Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/bowtie", line 84, in <module> main() File "/usr/local/bin/bowtie", line 81, in main os.execv(bin_spec, bowtie_args) FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory を返されました。パスが通ってないなどの問題が起こってそうですが改善方法がわかりませんでした。 こちらのサンプルコードも同様のエラーが出ます。 よろしければ解決方法をご教示ください。

[akikuno]

FineNotFoundErrorですので、reads/e_coli_1000.fqがないようですねー （ちょっと子どもが眠たくなったようなので、明日加筆します💦）

[aki2274]

補足としてroot/bowtie/reads/e_coli_1000.fqは存在します。また実行ディレクトリはroot/bowtieで実行しているはずです。

[akikuno]

ありがとうございます！

私の方ではうまくいきました。（bowtie version 1.3.1）

インデックスのパス(indexes/e_coli)をお手持ちの環境に合わせてみるといかがでしょうか？

ちなみに-xはbowtieに「-xを入れてインデックスを指定してね」と言われたのでそうしました。

[aki2274]

同じエラーを返されてしまします。 indexes/e_coliも確かに存在すると思われるのでますます謎です...。

[akikuno]

現状いただいた情報ではエラーの原因は謎なのですが、以下の点が気になっております👀

直接、問題の解決にはならない可能性が高いので、後で別のIssueにするかもしれませんが、ひとまずお伝えします。

bowtieのインストールに仮想環境を用いたほうが良さそう

/usr/local/binにbowtieがあるようですが、conda/mambaを用いて仮想環境に入れたほうが依存関係のトラブルに悩まされることがなくて少なくて良いと思います。 （もしかしたら内在のpython2との競合があるのかも…と思っている次第です）

mamba create -n test-bowtie python=3.10 -y
mamba install -n test-bowtie -c bioconda bowtie -y
mamba activate test-bowtie

root環境で操作しない

これはおそらく関係ないですが。。。 いま、root環境で操作をされているようですが、rootは極力使わないほうが良いと思います。 rm -rfをやった瞬間に終わってしまうので😇

仕事でrootで作業することは禁止されている（そもそもroot権限を付与されることはない）と思いますので、rootではない環境で操作することに慣れておいたほうが良いと思います。

[akikuno]

すみません、conda/biocondaのセットアップは下記をご参照くださいー

condaのバックエンドにmambaを使います

以下のコマンドで、condaを用いるとmambaが内部で動くようになります。 なのでmamba installではなく、conda installでOKになります。

conda update -n base conda
conda install -n base conda-libmamba-solver
conda config --set solver libmamba

https://www.anaconda.com/blog/a-faster-conda-for-a-growing-community

biocondaをインストールします

以下のような順番でchannelを追加してください。 これ以降はconda install -c bioconda bowtieではなく、conda install bowtieでOKになります。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

https://bioconda.github.io/

[aki2274]

いろいろな情報ありがとうございます。 自分でやってみたのですが、どのコマンドラインでやるのかわからなかったりうまくいきません。 wslの設定もよくわからなくなってしまったので、お時間があるときにZOOM等で教えていただけないでしょうか。 今週で久野先生の都合の良い時間はありますでしょうか。

[akikuno]

明日の10時ごろなどはいかがでしょうか？ 私はラボにいる予定ですので、滝さんがラボにおられるならば現地で大丈夫です😀 もちろん、ZOOMでもOKです！

[aki2274]

火曜午前はラボセミナーです。住井さんのPRだけなので10時に間に合うかと思いますが正確な終了時間は不明です。 10:30からではどうですか。

[akikuno]

10:30からではどうですか。

OKです！伺いますね

[aki2274]

こちらubuntuのコマンドラインでtutolialがうまく実行できることを確認しました🎉。 ですが微妙になぜうまくいったか分からないので、明日はそのあたりの相談ができたらと思います。 追加で、明日の時間にいつもの部屋が使えるかは不明です...。万が一使えなかった場合に代替場所の準備をお願いしてもいいですか。(もしくはオンラインにしましょう)

[akikuno]

とりあえずうまく行ったようで、良かったです！

では、オンラインでお願いします Slackチャンネルでリンクを送りますー

[aki2274]

vscodeでのwslターミナルの使い方 bowtieの扱い方 シェルスクリプトの書き方。 を解決したのでcloseしました。