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aki2274 / KOnezumi-AID

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Tが連続して4つ以上あるsgRNAを除く #58

Closed akikuno closed 1 month ago

akikuno commented 3 months ago

As Is（今の状態を記載）

To Be （理想の状態を記載。タスク完了の条件にもなる。）

アクション（改善のための具体的なアクションを記載）

U6プロモーターでsgRNAを発現させる場合に、Tが連続して4つ以上ある配列があると転写が途中で終了してしまうため、sgRNA中にTが連続して4つ以上あるsgRNAを除きましょう

課題 （現状分かっている課題を記載）

None

aki2274 commented 3 months ago

61

こちらでTTTTが除かれるようにしました。

aki2274 commented 2 months ago
  1. CCNをPAMとして検索した場合に、TTTTではなくAAAAが除かれるようにするべき
  2. TGGのPAMの場合にガイドにTTTTが含まれないにもかかわらず、...TTT TGGも除かれてしまう問題 を解決する
aki2274 commented 2 months ago

strand が -である場合に逆相補鎖をもとにPTCをつくるためのガイドの設計をしているのでその際に問題が生じているかの確認をし、問題があった場合は対応する。

aki2274 commented 1 month ago

strand が -である場合に逆相補鎖をもとにPTCをつくるためのガイドの設計をしているのでその際に問題が生じているかの確認をし、問題があった場合は対応する。

こちら問題ないです。確認として、CRISPERdirect上でkonezumiAIDが出力したTTTT or AAAAを含むガイドを検索したところ、TTTTが含まれているというフラグが立ちませんでした。

TGGのPAMの場合にガイドにTTTTが含まれないにもかかわらず、...TTT TGGも除かれてしまう問題 を解決する

も解決しているため問題がなければこのissueをcloseしましょう。

akikuno commented 1 month ago

おつかれさまでした！CloseしていただいてOKですー