`nominate_candidate_stopcodon/generate_cds_seq.py`のRefactoring - Githubissues

aki2274 / KOnezumi-AID

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`nominate_candidate_stopcodon/generate_cds_seq.py`のRefactoring #67

Closed akikuno closed 4 months ago

akikuno commented 5 months ago

引数のdsはtranscript_recordsでしょうか？
generate_csdseqの、exon_seq_to_stopcodonを求めるコード（Line 35-48）は関数化したほうが良さそうです。コードの区切り（役割分担）が明確になると期待します。
Line 36と38のifとelifの違いがわかりませんでした。。。コメントが両者同じ# if stopcodon is in the last exonであるのと、endcodon_exon_num - ds.exonCount + 1 == 0の意味が理解できなかったです。すみません🙇‍♀️

_Originally posted by @akikuno in https://github.com/aki2274/KOnezumi-AID/pull/66#discussion_r1581739793_

aki2274 commented 4 months ago

PR https://github.com/aki2274/KOnezumi-AID/pull/72 での修正が行われています。