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aki2274 / KOnezumi-AID

MIT License
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BioCondaへの登録 #85

Closed akikuno closed 1 week ago

akikuno commented 1 month ago

As Is（今の状態を記載）

PyPIに登録していただきましたので、次はBioCondaへの登録をしましょう！

To Be （理想の状態を記載。タスク完了の条件にもなる。）

BioCondaに登録すると、bowtieやbedtoolsのインストールをcondaで一括で行うことができ、より簡易で安全なインストールが可能となります。

アクション（改善のための具体的なアクションを記載）

私は以下のようなスクリプトを使って、biocondaへの登録を半自動化しています

upload-bioconda.sh.txt

可読性は例によって低いので、ご一緒に確認できれば幸いです🙇

bowtieとbedtoolsは追記する必要がございます。
以下のyamlのように、requirements/runにbowtieとbedtoolsを追加します

課題 （現状分かっている課題を記載）

None?

akikuno commented 3 weeks ago

Licenseファイル（とhelpコマンド）を追加した新しいバージョンをPyPIに登録して、もういちど新しくPRを送ると良いかもしれませんー👀

もし新しくPRを送る場合には、以下のPRはいったんクローズしていただけますと幸いです🙇 https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/48312

aki2274 commented 3 weeks ago

こちらいったんclose致しました。折を見てまたPRを送りたいと思います。

akikuno commented 2 weeks ago

90 と相互リンクを貼っておきます

akikuno commented 1 week ago

@aki2274

いまのv0.2.2なら登録できそうでしょうか？😄

aki2274 commented 1 week ago

02:03:48 BIOCONDA INFO (OUT) konezumiaid 0.2.2 requires bedtools, which is not installed. 02:03:48 BIOCONDA INFO (OUT) konezumiaid 0.2.2 requires bowtie, which is not installed. 02:03:49 BIOCONDA INFO (OUT) WARNING: Tests failed for konezumiaid-0.2.2-pyhdfd78af_0.tar.bz2 - moving package to /opt/conda/conda-bld/broken 02:03:49 BIOCONDA INFO (OUT) TESTS FAILED: konezumiaid-0.2.2-pyhdfd78af_0.tar.bz2

で困ってます．biocondaのテスト環境でbedtoolsとbowtieのインストールができていないということですよね. 現状のmeta.yamlでrequires:を指定しているつもりなのですがうまくいきません．どのように改善すればよいかご教示ください．

aki2274 commented 1 week ago

commands:から -pip checkを除いちゃったんですがこれは何か問題ありますか？こうするとうまくいきそうな気がしたのですが...

akikuno commented 1 week ago

commands:から -pip checkを除いちゃったんですがこれは何か問題ありますか？こうするとうまくいきそうな気がしたのですが...

testを除くのはどうしてものときの最終手段にしましょうか…🙏

akikuno commented 1 week ago

おおーおそらく、PyPIの環境を優先しているのでしょうか。

grayskullで、PyPIを参照せずにmeta.yamlをつくることができます。

grayskull pypi https://github.com/aki2274/KOnezumi-AID

いま、滝さんのReleaseはpre-releaseなので、これをlatestにしていただくと、meta.yamlをつくることができます。

image

そうすると、以下のyamlの9行目のようにsource:urlがpypiではなく、github.comになっているyamlが生成されると思います。そうすると、34魏行目で記載されているbedtoolsが実行できるのでは、と期待しています…

https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/blob/master/recipes/binny/meta.yaml

aki2274 commented 1 week ago

commands:から -pip checkを除いちゃったんですがこれは何か問題ありますか？こうするとうまくいきそうな気がしたのですが...

これやっちゃうとうまくテスト通りました．latestにすることで解決できるのならばそちらのほうがよいですね．

akikuno commented 1 week ago

改めて、bedtoolsはpipでインストールできないので、pip checkがエラーになるのは必然なのだから、削除してもよい気がしてきました！🙇

実際に先ほどのYamlではpip checkはありませんでしたし、問題ないかと！

https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/blob/master/recipes/binny/meta.yaml

aki2274 commented 1 week ago

please review & mergeのラベルをもらうことができました．あとはマージ待ちです．

aki2274 commented 1 week ago

無事マージされました！ conda install -c conda-forge -c bioconda konezumiaidを行うとSolving environmentが相当時間がかかっているので依存関係の指定で何らかの問題が起こってそうですかね😓

akikuno commented 1 week ago

おめでとうございますーーー🎊🎊🎊

conda install -c conda-forge -c bioconda konezumiaidについて、私のPCでは48秒くらいでとくに遅いと感じませんでした😁

image

akikuno commented 1 week ago

@aki2274 いままでkonezumiaidはpipで、bedtools/bowtieはcondaでと別途にインストールしていましたが、いまconda installで一括インストールが可能となりましたので、ぜひ、READMEのインストール方法について更新していただけますと幸いです！

aki2274 commented 1 week ago

クリーンな環境で行っても時間がかかりますね．．．とりあえず久野先生側ではうまくいっていそうでよかったです． 原因がわかり次第改善しようと思います．とりあえずイシューはクローズします．

aki2274 commented 1 week ago

こちらwslの環境で行っていないことが原因でした．wslでは問題なくインストールできました．

akikuno commented 1 week ago

READMEに以下を加筆・修正してくださいー