aki2274 / KOnezumi-AID

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データセットの作成部分の修正 #93

Closed aki2274 closed 1 week ago

aki2274 commented 2 weeks ago

データセットの作成部分を修正しました.

  1. transcrioptの重複やNM_の転写産物の削除を一番初めにおこなうようにしました.
  2. それに伴いbedtoolsの出力fastaのヘッダーの一意性が確保されるのでtranscriopt名をヘッダーに変更しました.また削除をpd.DataFrameで行ったため,bed6の作成で引数の型を変更しました.
  3. これに伴い,seq_dictのkey名も簡略化されました.参照位置が多いため多数の部分でkey名の変更が反映されています.

exportの部分についてPR92でサブコマンド化するためにexecute_export()を新たに追加しました.また,argparseについてはコミットされてますが,削除しました.

aki2274 commented 1 week ago

bedtoolsがインストールされていない場合に正しくエラー終了しますか?

しないです.ここで修正しました.ブランチの立て方が悪くてすいません...