midsmask：最大頻度の塩基でマスクする方法では、ヘテロがホモになってしまう。

[akikuno]

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課題

• midsmaskの手法に問題がある。最大頻度の塩基でマスクする方法では、ヘテロがホモになってしまう。

解決案

• クオリティの高い塩基のMIDS頻度にしたがって、ランダムにMIDSを付与する。

期待する結果

• クオリティの高い塩基のMIDS頻度にしたがってMIDSが付与されている
• midsmaskの点変異部分(829番目)で、クオリティの高い塩基のMIDS頻度にしたがってMIDSが付与されている

テストデータ

cat << EOF | sort >tmp1.csv
fooa,!!0
foob,!!0
fooc,!00
food,!00
EOF

cat << EOF | sort >tmp2.csv
fooa,M,M,M
foob,M,M,M
fooc,M,S,M
food,M,M,M
EOF

join -t, tmp1.csv tmp2.csv |
  maskMS > tmp_maskMS.csv

cat tmp_maskMS.csv |
  Rscript ./library/03-preprocess/maskMIDS.R

rm tmp1.csv tmp2.csv

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