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akiyamalab / restretto

REstretto (REuse of sub-STRuctures as an Effective Technique for protein-ligand docking TOol): An virtual screening-oriented protein-ligand docking tool with reuse of fragments
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add compound_decomposition task #24

Closed smzmsys closed 6 months ago

smzmsys commented 8 months ago

Spressoのフラグメント分割処理を移植

keisuke-yanagisawa commented 8 months ago

出張中（電車の中とか）に内容確認しようと思うのですが、その前に、、 decomposeは、infile_readerを使わないように（全てコマンドライン引数のみに）した方が良いのではないかなと思っています。 そのココロの説明は難しいんですが、化合物のフラグメント分割は本来REstrettoの内部でやられているもので、ドッキング計算には必要のない、派生のツールになります。派生ツールは、本筋のツールと異なる入出力形式にしておいた方が、利用者が誤って派生ツールを使う可能性が減るんではないか、という妄想です。

…ほんとうかなぁ

smzmsys commented 8 months ago

infile_readerを使わず、代わりに専用の構造体DecomposeConfigurationを定義しました。

また、前回のコメントで書き忘れたのですが、conf-fileの引数を必須（compound_decompositionではオプション）にしています。

smzmsys commented 8 months ago

全てコマンドライン引数のみに

の勘違いをしていて、conf-fileに対応するように実装してしまったので、再度修正してpushします。

keisuke-yanagisawa commented 8 months ago

あーもともとconf-file対応してたんでしたっけ… まあうん、分離したほうが良いかなと思います。

smzmsys commented 8 months ago

conf-file削除しました。 確認よろしくお願いいたします。

keisuke-yanagisawa commented 6 months ago

ずっと放置していてすみません。conf-fileを削除したことを確認しました。 （後方互換性が失われるというのは、たしかにそうではあるものの）ドッキング計算を混ざってしまうよりは、この方が良いと思います。ありがとうございました。