環の中にあるかをfragdock::Bondに記録させるべき

[keisuke-yanagisawa]

25 を対応しようとした際に気づいたこと。

背景

現在、fragdock::Bond.is_rotor は OpenBabel.OBBond.IsRotor() 関数の出力をそのまま利用している。この関数をデフォルトで使う限り、環に含まれる結合は全て false を返す。

Is the bond a rotatable bond? Currently, this function classifies any bond with at least one heavy atom, no sp-hybrid atoms (e.g., a triple bond somewhere) not in a ring as a potential rotor if includeRingsBonds is false. If true, rotors in rings with more than 3 atoms may be included. No other bond typing is attempted.

https://openbabel.org/api/3.0/classOpenBabel_1_1OBBond.shtml#afcf274313e5c401b4d05ff05314c6e37

従って、decompose の max_ring_size の引数を -1 以外にした所で、例えばシクロヘキサンは2つ以上のフラグメントに分割されず、1つのフラグメントであり続ける。

修正案

以上の事から、現在の is_rotor フィールドは、実質 rotatable and not in ring となっている。これは非芳香環の処理（とくに max_ring_size ）には不都合なので、Bondに記録させる情報を追加すべきであると考える。

これを作業に起こすと以下のようになる。

• Molecule.hpp struct Bond にフィールド is_in_ring を追加
• ObMol.cc toFragmentMol の中でBondを作成している部分、IsRotor() を IsRotor(true) に変更
• 同じくBondを作成している部分に、 OBBond::IsInRing() 関数を使用して Bond.is_in_ring の値とする

[keisuke-yanagisawa]

上記のAPI documentationは OpenBabel 3.0 のものであり、2.4.1のモノではないので再調査が必要です。