Add multiple output function (with reference to RMSD) - Githubissues

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REstretto (REuse of sub-STRuctures as an Effective Technique for protein-ligand docking TOol): An virtual screening-oriented protein-ligand docking tool with reuse of fragments

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Add multiple output function (with reference to RMSD) #8

Closed smzmsys closed 1 year ago

smzmsys commented 1 year ago

設定ファイルにOUTPUT_POSES_PER_LIGAND, POSE_RMSD対応
- config: output_poses, pose_rmsd （デフォルト：1, 0.5）
出力するポーズの数は、各リガンドでOUTPUT_POSES_PER_LIGAND
- 上位と比較してPOSE_RMSDより大きいポーズ
追加クラス、メソッド（OBMol.hpp）: https://github.com/openbabel/openbabel/blob/openbabel-2-4-x/tools/obrms.cpp

keisuke-yanagisawa commented 1 year ago

OBMol.cc や OBMol.hpp はファイル ⇔ OBMol ⇔ fragdock::Molecule の相互変換に注目したモノなので、別のファイルに分けていただけると有難いです。せっかく obrms.cpp から拾ってきているしOBRMS.ccとかは1つの手段ですが、もっと単純に RMSD.cc, RMSD.hpp にしても十分伝わるかもですね。検討・分離お願いします。

smzmsys commented 1 year ago

コード修正

新規クラスをRMSD.hppに移動しました。
ポーズ選択とファイル書き込みの処理を分けました。
- 関数化は引数が複雑になったため行っていません。

smzmsys commented 1 year ago

コード修正

RMSD.hppの関数を一部削除、追加
- fraggrid_mainでの呼び出しはOpenBabel::calc_minRMSD()のみ
出力数が規定値に行かなかった場合のlog出力を削除

smzmsys commented 1 year ago

変数、関数、コマンド名を修正しました。

smzmsys commented 1 year ago

RMSDの参考コード情報を追加しました。

Reference: openbabel-2-4, openbabel/tools/orbrms.cpp GitHub URL: https://github.com/openbabel/openbabel/blob/openbabel-2-4-x/tools/obrms.cpp

smzmsys commented 1 year ago

失念しておりました。修正しました。

smzmsys commented 1 year ago

複数回の修正漏れ、申し訳ございません。修正し、--poses-per-ligオプションの動作チェックも完了いたしました。

keisuke-yanagisawa commented 1 year ago

作成いただいたコードをmasterブランチに入れました。ありがとうございました。