albertomercurio / covid-19_italy

Analisi dati del COVID 19 in Italia
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Keep getting this error #2

Closed buldus2 closed 4 years ago

buldus2 commented 4 years ago

Hello. GREAT JOB first of all. I installed all the needed packages, but I still get this error and I can't figure out why. Could you please give me some advice? I run Python3 on MacOS Catalina. It calculates correctly all the variables of the equations, but then it looks like it has a problem saving the image file.

Traceback (most recent call last): File "/Users/PFB/Downloads/covid-19_italy-master/covid19_italy.py", line 303, in plt.savefig('img_italia/'+str(date)+"_1.png",dpi=200,bbox_inches='tight') File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 723, in savefig res = fig.savefig(*args, kwargs) File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/figure.py", line 2203, in savefig self.canvas.print_figure(fname, kwargs) File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/backend_bases.py", line 2098, in print_figure result = print_method( File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 535, in print_png with cbook.open_file_cm(filename_or_obj, "wb") as fh: File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/contextlib.py", line 113, in enter return next(self.gen) File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/cbook/init.py", line 418, in open_file_cm fh, opened = to_filehandle(path_or_file, mode, True, encoding) File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/cbook/init.py", line 403, in to_filehandle fh = open(fname, flag, encoding=encoding) FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'img_italia/2020-03-28_1.png'

albertomercurio commented 4 years ago

I think it's a problem of MacOS. Try to specify the full path, for example plt.savefig('/Users/username/covid-19_italy/img_italia/'+str(date)+"_1.png",dpi=200,bbox_inches='tight') replacing it with the real path. Repeat this to all savefig commands.

buldus2 commented 4 years ago

Grazie per la risposta (posso scriverti in Italiano?) mi domando anche se c'è la possibilità di conoscere il valore stimato del giorno o dei giorni successivi nei vari modelli (SIR mod e Richards) oppure è solo una rappresentazione grafica?

albertomercurio commented 4 years ago

Certo. Una volta fatto il fit, la variabile popt contiene i parametri fittati. Quindi basta utilizzare il comando richards(x,*popt) o sir(x,*popt) dove x è il giorno in cui vuoi calcolare gli infetti.

buldus2 commented 4 years ago

ora funziona anche il salvataggio dei file. Errore mio! Stupendo, grazie. L'ultima cosa, se posso: facendo sir(x, *popt) con x=33 mi dà credo il valore di domani, mentre con le altre funzioni qualunque x metta mi dà risultati molto bassi (e all'aumentare della x arriva a 15.000 o 22.000, non di più). C'è sicuramente qualcosa che sbaglio banalmente. Sai cosa può essere? funziona bene solo con SIR, le altre funzioni no :(

grazie mille sei davvero gentile

albertomercurio commented 4 years ago

Devi mettere il comando subito dopo il fit degli infetti, non dopo quello dei deceduti. Perché la variabile popt cambia sempre.

buldus2 commented 4 years ago

Hai perfettamente ragione. Ora funziona tutto. Ti ringrazio molto per la tua disponibilità e celerità con cui hai risposto. Davvero un eccellente lavoro.