El código funciona. Recuerda cerrar siempre cualquier archivo que abras, tanto para los que lees como para los que escribes. Otra cosa sería que la variable s tiene un nombre algo abstracto, te recominedo usar palabras como record o header para no repetir secuencia. Por último, los archivos en formato fasta tienen su propia extensión .fasta, así tu output quedaría mejor.
El código funciona. Recuerda cerrar siempre cualquier archivo que abras, tanto para los que lees como para los que escribes. Otra cosa sería que la variable
stiene un nombre algo abstracto, te recominedo usar palabras comorecordoheaderpara no repetir secuencia. Por último, los archivos en formato fasta tienen su propia extensión.fasta, así tu output quedaría mejor.