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allergie / allerdata

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Bug Glycosilation (ros-pkg ticket #166) #166

Closed Cerdic closed 9 years ago

Cerdic commented 9 years ago

Certains allergènes sont annoncés glycosylés (CCD +) mais si l'on regarde leur tableau d'allergènes (i) aucun n'est indiqué glycosylé.

http://www.allerdata.com/pentagramme.html?p1=9&p2=&p3=&p4=&p5=

trac data:

Cerdic commented 9 years ago

[jacques] Donc, la formule de calcul n'est pas la même. Je regarde.

Cerdic commented 9 years ago

[gilles] Dans ce cas précis, c'est l'élément 9 qui possède la valeur "ccd_possible" à 1.

La notion de "inclus dans " avait été prise au sens large pour la recherche de glyco, en prenant comme hypothèse que "si un produit avait une valeur ccd_possible à 1, alors il est forcément un glyco".

Personnellement ça ne me semble pas contradictoire avec le fait qu'aucun composant ne soit glyco.

Cerdic commented 9 years ago

[gilles] Replying to [comment:2 gilles]:

Dans ce cas précis, c'est l'élément 9 qui possède la valeur "ccd_possible" à 1.

Il s'agit bien sûr de l'élément affiché dans le pentagramme : Dermatophagoides pteronyssinus

Cerdic commented 9 years ago

[henri] En théorie, un produit ayant montré une réactivité de type CCD doit bien posséder au moins 1 allergène glycosylé. Oui mais : 1) on ne connait pas toujours tous les allergènes d'un produit --> l'un de ces inconnus (et/ou d'autres protéines non allergéniques) peut être glycosylé 2) l'attribution de CCD_possible = Oui dans la base est basée sur des tests in vitro et non sur une propriété intrinsèque comme le fait d'être glycosylé. On peut avoir des allergènes glycosylés qui ne génèrent pas de réactivité CCD (ex. dans les moisissures).

Donc l'affichage actuel me semble OK. Le document "synthèse des propriétés des items" donne bien comme règle que la case CCD dans la page du penta résulte de la somme des CCD_possible = Oui pour les produits de type item = 5

... seul l'affichage de ce gros gros chiffre me paraît regrettable

Cerdic commented 9 years ago

[gilles] On peut alors utiliser un code couleur différent pour indiquer qu'il n'y a pas de CCD dans le diagramme en dépis du chiffre affiché. Qu'en dites-vous ?

Cerdic commented 9 years ago

[henri] Je pige pas la dernière remarque de Gilles.

Je répète que le chiffre à afficher dans le cadre CCD résulte du compte des produits dans le penta qui ont CCD_possible = Oui, et ce SANS TENIR COMPTE du tout de la présence ou non d'allergènes avec Glyco = -1 pour ces produits.

Il n'y a donc aucune raison de différencier (par un affichage différent) des combinaisons de produits dans le penta sans CCD_possible = Oui ET sans aucun allergène glyco = -1, de combinaisons où certains produits auraient des allergènes glyco = -1 bien qu'étant tous CCD_possible = Non.

Cerdic commented 9 years ago

[jacques] Donc, c'est pas un bug.

Je vous laisse modifier le texte de cet article : http://www.allerdata.com/ecrire/?exec=articles&id_article=59 (celui qui apparait quand on clique sur le (i) des CCD).

Cerdic commented 9 years ago

[P. Auriol] Oui alors là je laisse Hervé C et Henri rédiger une explication simple à appréhender :-) (y a pas de CCD dans les sources mais on vous indiquera quand même qu'il y en a parce que eut-être que si).

Cerdic commented 9 years ago

[henri] Y a pas de bug, effectivement, tant que le calcul du chiffre à afficher s'en tient à la règle que j'ai énoncée plus haut.

Je reprécise pour Philippe : le penta actuel montre des Produits et non des Allergènes --> pour le moment on s'en tient aux tests de labo qui ont montré la présence d'une réactivité CCD possible au niveau d'un PRODUIT. Je sais que ce type d'expérience a aussi été réalisée pour quelques allergènes. Mais il me semble plus simple de limiter, pour l'instant, le calcul aux produits (= les extraits globaux d'un produit naturel) car ce sont eux qui sont affichés dans le penta.

La règle pourrait être changée à l'avenir. On verra.

Quant au texte affiché avec le "i" du cadre CCD, j'acquiesce à la remarque judicieuse d'Hérvé C (par email) --> j'ai donc modifié le contenu de l'article 59 en ce sens.