amkozlov / raxml-ng

RAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible
GNU Affero General Public License v3.0
385 stars 64 forks source link

Need help with error --> : Error loading MSA: cannot parse any format supported by RaxML-NG! #109

Closed Niv94 closed 3 years ago

Niv94 commented 3 years ago

Hi :)

I am using the RAXML gui for ML tree inference for SNP data. I have about 310 individuals with ~150 SNPs. When I try to run the RAXML, it says Error loading MSA: cannot parse any format supported by RaxML-NG! Please re-run with --msa -format and/or --log debug

I used another similar dataset and it works fine. I could not see any difference between my file format and the working one. Please advice.

amkozlov commented 3 years ago

Hi @Niv94,

please attach your alignment file, then I can help.

Niv94 commented 3 years ago

Hi,

Thank you so much for reaching out. Please find attached my alignment file

On Nov 30, 2020, at 2:17 AM, Alexey Kozlov notifications@github.com wrote:

Hi @Niv94 https://github.com/Niv94,

please attach your alignment file, then I can help.

— You are receiving this because you were mentioned. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/amkozlov/raxml-ng/issues/109#issuecomment-735692660, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AKQOLVUSJZ6RX3Q2U6V7V7DSSNWNJANCNFSM4UHC53EQ.

313 159 A-andrachnTTCTGCTTGCTTCGTCCA?ACGGATACGGCCAGGGGTGAGCCGGGAGCATTCCAGAGAGTGGGTTCTGG?GCTCCTACAAGTC??TA?TTCRAA?TGAGCCCTAGGAACATAACTAACAAGTACCAGT??ATGTGCTCACCGTTCATTGGGCTTATTAG A-ariz-8 TTCTGCTTGCTTAGTCCACCCGGGCACGGCCAGGGGTAGACCGAGAGCATTCCGGAGTGTGGGTTCTGGGGCTCCTACAAGCCGGTATTTCGGATTGAGCCCCAGGAACATAACCAACAAGTACCAGTGCATGTGCTCACCCTTCACTTGGCTTATTCG A-ariz-h TTCTGCTTGCTTAGTCTACCCGGGCACGGCCAGGGGTAGGCCGAGAGCATTCCGGAGTGTGGGTTCTGGGGCTCCTACAAGCCGGTATTTCGGATTGAGCCCCAGGAACATAACCAACAAGTACCAGTGCATGTGCTCACCCTTCAYTTGGCTTATTCG A-ariz02 TTCTGCTTGCTTAGTCCACCCGGGCACGGCCAGGGGTAGACCGAGAGCATTCCGGAGTGTGGGTTCTGGGGCTCCTACAAGCCGGTATTTCGGATTGAGCCCCAGGAACATAACCAACAAGTACCAGTGCATGTGCTCACCCTTCACTTGGCTTATTCG A-ariz15 TTCTGCTTGCTTAGTCTACCCGAGCACTSCCAGGGGTAGGCCGAGAGCATTCCGGAGTGTGAGTTCTGGGGCTCCTACAAGCCGGTATTTCGGATTGAGCCCCAGGAACATAACCAACAAGTACCAGTGCATGTGCTCACCCTTCACTTGGCTTATTCG A-ariz16 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amkozlov commented 3 years ago

OK now I see: RAxML-NG works with relaxed PHYLIP format, which supports taxon label of variable length, but requires a whitespace between taxon name and sequences. So please just add a space after the label in the first line and it will work:

A-andrachn TTCTGCTTGCTTCGTCCA?ACGGATACGGCCAGGGGTGAGCCGGGAGCATTCCAGAGAGTGGGTTCTGG?GCTCCTACAAGTC??TA?TTCRAA?TGAGCCCTAGGAACATAACTAACAAGTACCAGT??ATGTGCTCACCGTTCATTGGGCTTATTAG
Niv94 commented 3 years ago

Wow it works now. Thank you so much ☺️

Nivi

On Nov 30, 2020, at 10:01 AM, Alexey Kozlov notifications@github.com wrote:

OK now I see: RAxML-NG works with relaxed PHYLIP format, which supports taxon label of variable length, but requires a whitespace between taxon name and sequences. So please just add a space after the label in the first line and it will work:

A-andrachn TTCTGCTTGCTTCGTCCA?ACGGATACGGCCAGGGGTGAGCCGGGAGCATTCCAGAGAGTGGGTTCTGG?GCTCCTACAAGTC??TA?TTCRAA?TGAGCCCTAGGAACATAACTAACAAGTACCAGT??ATGTGCTCACCGTTCATTGGGCTTATTAG — You are receiving this because you were mentioned. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/amkozlov/raxml-ng/issues/109#issuecomment-735947106, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AKQOLVUJXIW4UUE7SJUSJPLSSPMZLANCNFSM4UHC53EQ.

amkozlov commented 3 years ago

You're welcome! Closing this issue then.