Unable to find what is wrong with the input file

Hi,

I am attaching my alignment file below and the raxml output was just “ Error parsing file”

Thanks for reaching out, Nivi

On Aug 6, 2021, at 8:12 AM, Alexey Kozlov @.***> wrote:

well it's really hard to help without seeing your alignment file and raxml-ng output...

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/amkozlov/raxml-ng/issues/123#issuecomment-894328307, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AKQOLVXUIXBYOOCKJKWN2O3T3P3VRANCNFSM5BUN6ITA. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675 or Android https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email.

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A-ariz-8 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CAGAATCTAGACCTCTATCACTCTTTCCGTTCGGTGTGCACGATGTATCGTCTGTAGGGCGCGCCTCTATACGGGTTATTCAAACATCTATAGCTGGTTCG?AACGTATTG?CCCTCGGGTTCAGATTACTACGGCGCGTGCAGGCAAGCACCTAATTGGGCGAAGTAAATTTATTAAGGCGTTCTGACTGCTAAATAATAGTATTATTTCAGGCAGAGTAAACAGTGCTACTGTGTAGCCCCACTCAAGCAACGAACYTGCCTCGAAACGTTGTAGTCCCTACAGAAGGTGGGTCCTCTTCTCTCTCTCGTAAGAAACTGCCGGCAAGTGGAAAGGTTGCACTCGATCCGAGATGCCCGTCCTTCCGGGCCGACAGAGTCCGATGCTCTCGTCAGTTGCAGATCAAGCAGTGAGCGCTGACCCCGGGTCAATTAGTATCTGGCGGTTTTCCTCGTAACCACTGTTATCTGAAGA?GATTCCATGATCATGTAAGTCGAGGTAGATTCCCCGCACGCGTAAGRGGCTATGCCAAACGGGAGAGTGAAAGAGCACGAGTGCTTTTCATTAATCTACGAGGTGCACGCTTACGTATTTCRGGACGCTCATTTCACTAATGGGGTCCCTCTCCGGACATACCTCACGCACGAAAATCTGCTTACTGTACTTCGGCTATGTATTGTACCTCCGACAATACTCATAACTATCGGAAGATACAGAGTAGGGATACTGACAC?GATGCTCTTTTGGTGTGGATTAGCTAGTGCAGCCCGGCCCGGACACGTTAAGTGTCAGTTCTACGTAACAGAAACGCTTCAAATTCGCAAGATTGCCTATGGGTGGTTAAGGGCGGCTCTCTGTCCCCTTAAGATACTTATATTACCCRATCCAGCCCACGCCCTTACGCAAGTATGCACAATGCCATGAGGGCGGAGGGGTGTCATGTTTAGAGGTGTTTTACTGGGTACACGCTGMTCTGGCTTCTGGTCAARAGTTTGAAGCACACTGCGMATCAGGGGGTCGCATCGGTTGTCTTCAGGGACTGTGAAAACGGAAGCACCGTGTCGTTATCCCGCTGCACGAATACAAAATTACCGCAGGCGG?AGTGATATCACCCAAGCGTAGATCGGGGCATATCCACCCACTGTTCCCTCAAATAAATTCAGGGCAATGAAGGCGGTCGATGTGTGCCGTTAAGAAAATCGCCCCTTCAG?CCTTACCTGGAATTCACGTACACTGAGTGTGGAAGCCGGGTGAGGTCATTTCAGGTAGGACTCATGCGCGGTAAAGGCTCCATGATCTCCCATCCTAAATTGGCCGATCGTTTCATAAGCATAGTTAACGACGACAGGTGTCCACGCGGGGTCAGGACATCAACCTCAGCTTCGGGATTAATCCCAGCACTGTCCACCTCAAACCATCCTCGCCCGGCATTCACT?GTCCCGGATATTTCTCAGAMGCTAACCACCTTCACGGACCAGGAGGAAACGTAAGTTATACCGCCGCGCCCACTGYTGCGTAAGCGGAAAGGTACGCAAGTGAATATTGATCAATGTAAGGCGGG?GTCAGTTAAGAATAACACAGGCTACGGGAGCTAAAGACTGTGCGTTTGCTGGCTGGCTGCGCATMTTAGATTAGCAAATTCGTACGCCCTCAAG?GGTTAMTCTTGAAACCGTGCCTTGGCGATATGATGAATCCGAAGGATCACATGCTCCACCCATTGCATATAGTATCTGCCCGGCGAATCTGATCGGCCCGGACCGTAACCCATGTGA?GATGTGATCAGAMCAGGGATGTATTCCGCAAAGAAAGACTTCGTAGCATTTAGGCGTGGCCCGCACGAAGCTGCGAACTAG?ACTCTCGACGTCAAGTGATTCATTCTGCAAYCATAGAGAACTTCTTCACTCTCGTA?GGCAGTYATAATAGCTAGAGTCAGACTATTCGA?TCTATACGTTAGTCTTTGGATTTCTCTCGGGACTTTCCAAGTGCGACCGCTGGTCGCAGTCCGTTGATGCGTCTAAGACGCGTGTGCGGCGAGTGYAACTTGGGATGGCCCAGTCTTATTATTGTTCCCAGCCGCGTTTGGCCGGAAGCTCACTTAAGCCAGSCTCGTACAGCCAAGAATCCAGACCGTACCTGGCTTAGAGTGTCCCAAGATGAAGAGTGCTCTGGGTCCGGGACAGGWGGCAYCGTTATACGGTACTCTGGTTCCGCCTCGACAAAYGTGATAGTCGTCAACAAGGATATTTATCCATAAGAAATTGGGTCTGTGTAACTGTCAATGTT?ACGGGTGCGGTTCAGCCGTGCGCGCCTGAATACTCCACGGCCAACATATCCTAGTCGGAGATGAGTGCGCACCCCAGTGTGAGAGCGCACGATGGRCCTTTCGTGGCCCACAGTTTCATGGTAATCATAT?ATATTCTGGCCCTTTTTGATACCCGTCCTCGTGCAACGGAACAAAGGCACACTTATAACTTTGCTATGTCAGCGGTCCGGCAGTAACTGGTGT?TAAAAGAYCGCAGCGTCSACTCCAGGCTTTAATACCTGTGTTTCGA?TTAAACCATACATTTGGGAGAATAACAACCAGGGGCGAGCGCGAGCGGTCTTACGCAAATGTGCCAACCAATCTGACAAGCCMGATGTCATTTCTCAGCTATGTTACGTCGCCTACGTTTGACTCTTCCGCCGGGCTAGCGAATCTAGACCTATCCCTGCGACAGAGCTCGGCGAATGGGTTTCCCCCGCCTCCATACGCCTCGAACGGCAGCAGTGTTGGTCGGCTAGGCGATAGGGCGTTAATCGGGGCGCTTCGATTGCCGCTCTTTYKAACTCCTTCACTTGTCTCAGCGCATAACTTGCGAACTTCCCGCTCTTCAAGCGAGTCATACATCACCTTTTGACGTACTCAGCAGACTAARGGGTGAAAGTACACCATATCTAAGGTGGCATCTGAGGGTCATTGTGGCCTAACTAATGAGAATCAAACCCGTTGGGTAGCGTCCTAGACCCGCTGCGTCGCAATTGACCGCTCAGTAGGGTCGTTGGAAAGCGTCGCTAATCGACATGCATAGTACGAAGTGTACTGATGCCTCGACCTGTTTCCCGCAAGATGCATTAACGACCATGGTGG

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