Closed cpiscos closed 6 years ago
Duplicate of https://issues.apache.org/jira/browse/ARROW-2783
This should be fixed now, please try to reinstall arrow-cpp
, parquet-cpp
and pyarrow
from conda-forge
.
Can confirmed it's fixed. Thank you!
Hi,
I'm still having the same problem.
I'm working on dask_yarn
and need to read hdfs files. I have installed arrow-cpp 0.10.0
and parquet-cpp 1.5.0.pre
, but when I try to import pyarrow I get the following error:
> ---------------------------------------------------------------------------
> ImportError Traceback (most recent call last)
> <ipython-input-2-852643f3aad4> in <module>()
> ----> 1 import pyarrow as pa
>
> ~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py in <module>()
> 58
> 59
> ---> 60 from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
> 61 from pyarrow.lib import (null, bool_,
> 62 int8, int16, int32, int64,
>
> ImportError: /home/fcuser/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/../../../libparquet.so.1: undefined symbol: _ZN5boost13match_resultsIN9__gnu_cxx17__normal_iteratorIPKcSsEESaINS_9sub_matchIS5_EEEE12maybe_assignERKS9_
>
I reinstalled the the packages put I'm still getting the same error
conda install --offline -f arrow-cpp-0.10.0-py36h70250a7_0.tar.bz2 parquet-cpp-1.5.0.pre-h83d4a3d_0.tar.bz2
Any suggestions?
@sephib As in the comment above, it seems that you have installed boost
from defaults
but pyarrow
from conda-forge
. Please either install all these packages from defaults
or all from conda-forge
. Due to one not yet having done the compiler migration, they're incompatible.
Hi,
Thank you very much for your reply and solution
I updated all the packages to be from conda-forge
and it workes now.
Thx
This is really frustrating. I'm getting the same error as @cpiscos , but cannot reinstall libboost from conda-forge (does it even exist on that channel?).
(testenv) $ conda install --channel conda-forge boost boost-cpp libboost pyarrow
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv
added / updated specs:
- boost
- boost-cpp
- libboost
- pyarrow
The following NEW packages will be INSTALLED:
arrow-cpp: 0.11.0-py36hccec0d8_0 conda-forge
boost: 1.67.0-py36h3e44d54_0 conda-forge
boost-cpp: 1.67.0-h3a22d5f_0 conda-forge
libboost: 1.67.0-h46d08c1_4 defaults
pyarrow: 0.11.0-py36hfc679d8_0 conda-forge
Installing all but libboost results in the following error:
(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/opt/anaconda3/envs/testenv/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 54, in <module>
from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: libboost_system.so.1.67.0: cannot open shared object file: No such file or directory
>>>
Any advice would be appreciated.
Can you remove libboost
? Having that and boost-cpp
is going to cause you these problems
Hi @wesm, I tried that, but got the error above regarding libboost_system.so.1.67.0
in my test environment. Based on the error, I was under the mistaken impression that libboost
was required. What did work was using the --override-channels
flag, as well as omitting libboost
, to restrict the channels to conda-forge (despite not having defaults
in my .condarc). Thanks for your help :)
Argh. No, I spoke too soon: I still can't create the full environment (minus libboost) without getting the error. Here's the complete log:
$ /opt/anaconda3/bin/conda create --name testenv --channel bokeh --channel conda-forge \
--channel ioam --no-default-packages --override-channels python=3.6 arrow-cpp basemap \
basemap-data-hires beautifulsoup4 bitarray blaze bokeh boost bzip2 cairo cartopy cython \
dask datashader distributed fastparquet findspark flask geopy geos geoviews graphviz \
h5py hdf5 hdfs3 holoviews impyla ipython ipykernel ipywidgets jupyter jupyterhub lmfit \
matplotlib nbconvert netcdf4 nltk nose notebook numba numexpr numpy openpyxl pandas \
pathos pep8 pillow pip proj4 protobuf pyarrow pymc3 pyproj pyqt pyspark pytables pytest \
python-snappy pyyaml qt requests scikit-image scikit-learn scipy seaborn setuptools six \
sphinx spyder sqlalchemy sqlalchemy-utils statsmodels sudospawner sympy thriftpy tornado \
tqdm widgetsnbextension xarray zeromq
Solving environment: - done
## Package Plan ##
environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv
added / updated specs:
- arrow-cpp
- basemap
- basemap-data-hires
- beautifulsoup4
- bitarray
- blaze
- bokeh
- boost
- bzip2
- cairo
- cartopy
- cython
- dask
- datashader
- distributed
- fastparquet
- findspark
- flask
- geopy
- geos
- geoviews
- graphviz
- h5py
- hdf5
- hdfs3
- holoviews
- impyla
- ipykernel
- ipython
- ipywidgets
- jupyter
- jupyterhub
- lmfit
- matplotlib
- nbconvert
- netcdf4
- nltk
- nose
- notebook
- numba
- numexpr
- numpy
- openpyxl
- pandas
- pathos
- pep8
- pillow
- pip
- proj4
- protobuf
- pyarrow
- pymc3
- pyproj
- pyqt
- pyspark
- pytables
- pytest
- python-snappy
- python=3.6
- pyyaml
- qt
- requests
- scikit-image
- scikit-learn
- scipy
- seaborn
- setuptools
- six
- sphinx
- spyder
- sqlalchemy
- sqlalchemy-utils
- statsmodels
- sudospawner
- sympy
- thriftpy
- tornado
- tqdm
- widgetsnbextension
- xarray
- zeromq
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
flask-1.0.2 | py_2 66 KB conda-forge
pylint-2.1.1 | py36_0 794 KB conda-forge
libgpg-error-1.32 | hfc679d8_0 241 KB conda-forge
futures-compat-1.0 | py3_0 313 B conda-forge
wrapt-1.10.11 | py36h470a237_1 74 KB conda-forge
secretstorage-3.1.0 | py36_1001 22 KB conda-forge
jsonschema-2.6.0 | py36_1002 62 KB conda-forge
param-1.8.1 | py_0 55 KB conda-forge
blas-1.1 | openblas 1 KB conda-forge
libssh2-1.8.0 | h5b517e9_2 240 KB conda-forge
readline-7.0 | haf1bffa_1 381 KB conda-forge
cloudpickle-0.6.1 | py_0 16 KB conda-forge
geographiclib-1.49 | py_0 32 KB conda-forge
h5py-2.8.0 | py36h7eb728f_3 3.7 MB conda-forge
flask-cors-3.0.6 | py_0 13 KB conda-forge
pox-0.2.3 | py_1 18 KB conda-forge
beautifulsoup4-4.6.3 | py36_1000 141 KB conda-forge
tk-8.6.8 | ha92aebf_0 3.1 MB conda-forge
bzip2-1.0.6 | h470a237_2 310 KB conda-forge
jupyter_client-5.2.3 | py_1 59 KB conda-forge
requests-2.19.1 | py36_1001 95 KB conda-forge
numexpr-2.6.8 | py36hf8a1672_0 424 KB conda-forge
statsmodels-0.9.0 | py36h7eb728f_0 15.5 MB conda-forge
nltk-3.2.4 | py36_0 2.0 MB conda-forge
docutils-0.14 | py36_1001 693 KB conda-forge
pillow-5.3.0 | py36hc736899_0 1018 KB conda-forge
pymc3-3.5 | py36_0 1.3 MB conda-forge
tqdm-4.26.0 | py_0 36 KB conda-forge
libstdcxx-ng-7.2.0 | hdf63c60_3 2.5 MB conda-forge
blosc-1.14.4 | hfc679d8_0 653 KB conda-forge
libtool-2.4.6 | h470a237_2 517 KB conda-forge
libhdfs3-2.3 | 3 8.6 MB conda-forge
send2trash-1.5.0 | py_0 12 KB conda-forge
xorg-libxt-1.1.5 | h470a237_2 352 KB conda-forge
configurable-http-proxy-3.1.0| node8_1 247 KB conda-forge
numpy-1.15.2 |py36_blas_openblashd3ea46f_1 9.3 MB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 | py_1 7 KB conda-forge
prometheus_client-0.4.2 | py_0 32 KB conda-forge
fastcache-1.0.2 | py36h470a237_1 48 KB conda-forge
pyzmq-17.1.2 | py36hae99301_1 1.0 MB conda-forge
wcwidth-0.1.7 | py_1 17 KB conda-forge
traitlets-4.3.2 | py36_1000 131 KB conda-forge
ipywidgets-7.4.2 | py_0 92 KB conda-forge
ipykernel-5.1.0 | pyh24bf2e0_0 77 KB conda-forge
alabaster-0.7.12 | py_0 15 KB conda-forge
libffi-3.2.1 | hfc679d8_5 51 KB conda-forge
proj4-4.9.3 | h470a237_8 3.2 MB conda-forge
lmfit-0.9.11 | pyh24bf2e0_1 65 KB conda-forge
wheel-0.32.1 | py36_0 34 KB conda-forge
python-dateutil-2.7.3 | py_0 202 KB conda-forge
olefile-0.46 | py_0 31 KB conda-forge
scipy-1.1.0 |py36_blas_openblash7943236_201 40.3 MB conda-forge
packaging-18.0 | py_0 19 KB conda-forge
click-7.0 | py_0 61 KB conda-forge
dask-core-0.19.4 | py_0 505 KB conda-forge
hdf5-1.10.2 | hc401514_2 4.8 MB conda-forge
boost-1.66.0 | py36_1 317 KB conda-forge
blaze-0.11.3 | py36_0 603 KB conda-forge
xorg-libxpm-3.5.12 | h470a237_2 56 KB conda-forge
defusedxml-0.5.0 | py_1 20 KB conda-forge
asn1crypto-0.24.0 | py36_1003 154 KB conda-forge
pywavelets-1.0.1 | py36h7eb728f_0 6.1 MB conda-forge
matplotlib-base-3.0.0 | py36hc039c98_2 9.4 MB conda-forge
cartopy-0.16.0 | py36h81b52dc_2 2.3 MB conda-forge
libxml2-2.9.8 | h422b904_5 1.8 MB conda-forge
python-3.6.6 | h5001a0f_3 20.5 MB conda-forge
gmpy2-2.0.8 | py36hb705a9b_2 624 KB conda-forge
patsy-0.5.0 | py_1 184 KB conda-forge
more-itertools-4.3.0 | py36_1000 83 KB conda-forge
ncurses-6.1 | hfc679d8_1 1.2 MB conda-forge
distributed-1.23.3 | py36_1000 812 KB conda-forge
libiconv-1.15 | h470a237_3 2.0 MB conda-forge
xorg-libxdmcp-1.1.2 | h470a237_7 17 KB conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.1.0| py_1 20 KB conda-forge
entrypoints-0.2.3 | py36_1002 9 KB conda-forge
pygpu-0.7.6 | py36h7eb728f_0 1.4 MB conda-forge
pyspark-2.3.1 | py36_1001 202.0 MB conda-forge
mpmath-1.0.0 | py_1 430 KB conda-forge
partd-0.3.9 | py_0 16 KB conda-forge
datashape-0.5.4 | py36_0 98 KB conda-forge
setuptools-40.4.3 | py36_0 554 KB conda-forge
libgcc-7.2.0 | h69d50b8_2 304 KB conda-forge
pyparsing-2.2.2 | py_0 51 KB conda-forge
tblib-1.3.2 | py_1 11 KB conda-forge
pyproj-1.9.5.1 | py36h508ed2a_5 134 KB conda-forge
pandoc-1.19.2 | 0 17.8 MB conda-forge
pyct-0.4.5 | py_0 2 KB conda-forge
notebook-5.7.0 | py36_1000 7.3 MB conda-forge
hdfs3-0.3.0 | py36_0 38 KB conda-forge
toolz-0.9.0 | py_1 42 KB conda-forge
xorg-xextproto-7.3.0 | h470a237_2 26 KB conda-forge
terminado-0.8.1 | py36_1001 23 KB conda-forge
idna-2.7 | py36_1002 131 KB conda-forge
multiprocess-0.70.6.1 | py36_1000 163 KB conda-forge
xorg-libice-1.0.9 | h470a237_4 55 KB conda-forge
qtconsole-4.4.2 | py_1 80 KB conda-forge
fontconfig-2.13.1 | h65d0f4c_0 320 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 | py36h62672b6_0 2.0 MB conda-forge
pyflakes-2.0.0 | py_0 41 KB conda-forge
qt-5.6.2 | hf70d934_9 44.3 MB conda-forge
networkx-2.2 | py_1 1.1 MB conda-forge
basemap-data-hires-1.2.0 | 0 105.4 MB conda-forge
expat-2.2.5 | hfc679d8_2 144 KB conda-forge
libntlm-1.4 | h470a237_1 31 KB conda-forge
libprotobuf-3.5.2 | hd28b015_1 4.5 MB conda-forge
openpyxl-2.5.8 | py_0 151 KB conda-forge
cycler-0.10.0 | py_1 8 KB conda-forge
xarray-0.10.9 | py36_0 775 KB conda-forge
cryptography-2.3.1 | py36hdffb7b8_0 960 KB conda-forge
jdcal-1.4 | py_1 8 KB conda-forge
alembic-0.9.9 | py_0 104 KB conda-forge
atomicwrites-1.2.1 | py_0 9 KB conda-forge
llvmlite-0.25.0 | py36hd28b015_1 10.3 MB conda-forge
pyyaml-3.13 | py36h470a237_1 460 KB conda-forge
cffi-1.11.5 | py36h5e8e0c9_1 404 KB conda-forge
decorator-4.3.0 | py_0 10 KB conda-forge
snappy-1.1.7 | hfc679d8_2 35 KB conda-forge
pathos-0.2.1 | py_2 40 KB conda-forge
mpfr-4.0.1 | h16a7912_0 602 KB conda-forge
pyepsg-0.3.2 | py_1 9 KB conda-forge
pip-18.1 | py36_1000 1.8 MB conda-forge
scikit-learn-0.20.0 |py36_blas_openblasha84fab4_201 13.6 MB conda-forge
gettext-0.19.8.1 | h5e8e0c9_1 3.5 MB conda-forge
zlib-1.2.11 | h470a237_3 93 KB conda-forge
libtiff-4.0.9 | he6b73bb_2 521 KB conda-forge
mccabe-0.6.1 | py_1 8 KB conda-forge
xorg-libsm-1.2.3 | h8c8a85c_0 24 KB conda-forge
parquet-cpp-1.4.0 | h83d4a3d_1 1.3 MB conda-forge
pcre-8.41 | hfc679d8_3 243 KB conda-forge
glib-2.56.2 | h464dc38_0 4.9 MB conda-forge
mistune-0.8.4 | py36h470a237_0 53 KB conda-forge
ppft-1.6.4.7.1 | py36_1000 35 KB conda-forge
basemap-1.2.0 | py36h50ae964_0 15.4 MB conda-forge
sphinx-1.8.1 | py36_1000 1.9 MB conda-forge
gmp-6.1.2 | hfc679d8_0 676 KB conda-forge
pysocks-1.6.8 | py36_1002 22 KB conda-forge
ipython-7.0.1 |py36h24bf2e0_1000 1.1 MB conda-forge
sortedcontainers-2.0.5 | py_0 24 KB conda-forge
heapdict-1.0.0 | py36_1000 7 KB conda-forge
urllib3-1.23 | py36_1001 152 KB conda-forge
numpydoc-0.8.0 | py_1 21 KB conda-forge
bottleneck-1.2.1 | py36h7eb728f_1 309 KB conda-forge
lzo-2.10 | h470a237_0 224 KB conda-forge
boost-cpp-1.66.0 | 1 18.8 MB conda-forge
libxslt-1.1.32 | h88dbc4e_2 511 KB conda-forge
python-editor-1.0.3 | py_0 8 KB conda-forge
typed-ast-1.1.0 | py36_0 737 KB conda-forge
asteval-0.9.13 | pyh24bf2e0_0 18 KB conda-forge
xorg-kbproto-1.0.7 | h470a237_2 25 KB conda-forge
jedi-0.13.1 | py36_1000 228 KB conda-forge
prompt_toolkit-2.0.6 | py_0 218 KB conda-forge
protobuf-3.5.2 | py36hd28b015_0 1.4 MB conda-forge
geos-3.6.2 | hfc679d8_3 3.2 MB conda-forge
qtawesome-0.5.1 | pyh8a2030e_1 563 KB conda-forge
pep8-1.7.1 | py_0 30 KB conda-forge
mako-1.0.7 | py_1 57 KB conda-forge
theano-1.0.3 | py36_0 3.7 MB conda-forge
libgcrypt-1.8.3 | hfc679d8_0 577 KB conda-forge
msgpack-python-0.5.6 | py36h2d50403_3 306 KB conda-forge
yaml-0.1.7 | h470a237_1 77 KB conda-forge
rope-0.10.7 | py_1 113 KB conda-forge
cytoolz-0.9.0.1 | py36h470a237_1 1.3 MB conda-forge
nose-1.3.7 | py36_1002 214 KB conda-forge
lazy-object-proxy-1.3.1 | py36h470a237_0 56 KB conda-forge
spyder-kernels-0.2.6 | py_1 37 KB conda-forge
attrs-18.2.0 | py_0 30 KB conda-forge
dask-0.19.4 | py_0 3 KB conda-forge
jeepney-0.4 | py_0 19 KB conda-forge
kiwisolver-1.0.1 | py36h2d50403_2 924 KB conda-forge
ca-certificates-2018.10.15 | ha4d7672_0 135 KB conda-forge
odo-0.5.1 | py_1 86 KB conda-forge
scikit-image-0.14.1 | py36hfc679d8_0 35.7 MB conda-forge
jinja2-2.10 | py_1 89 KB conda-forge
geoviews-1.5.0 | py_0 345 KB conda-forge
openblas-0.2.20 | 8 17.0 MB conda-forge
pixman-0.34.0 | h470a237_3 1.2 MB conda-forge
libuuid-2.32.1 | h470a237_2 24 KB conda-forge
openssl-1.0.2p | h470a237_1 3.1 MB conda-forge
lxml-4.2.5 | py36hc9114bc_0 6.0 MB conda-forge
pycparser-2.19 | py_0 87 KB conda-forge
nbconvert-5.4.0 | 1 324 KB conda-forge
pandas-0.23.4 | py36hf8a1672_0 27.8 MB conda-forge
cryptography-vectors-2.3.1 | py36_1000 30.5 MB conda-forge
keyring-15.1.0 | py36_0 44 KB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 | py_1 9 KB conda-forge
locket-0.2.0 | py_2 6 KB conda-forge
markupsafe-1.0 | py36h470a237_1 33 KB conda-forge
jupyter_core-4.4.0 | py_0 44 KB conda-forge
hdf4-4.2.13 | h951d187_2 970 KB conda-forge
holoviews-1.10.7 | py_0 3.0 MB conda-forge
thriftpy-0.3.9 | py36h470a237_1 604 KB conda-forge
ply-3.11 | py_1 44 KB conda-forge
gst-plugins-base-1.12.5 | hde13a9d_0 2.7 MB conda-forge
astroid-2.0.3 | py36_0 247 KB conda-forge
imageio-2.3.0 | py_1 3.1 MB conda-forge
cftime-1.0.1 | py36h7eb728f_1 1.0 MB conda-forge
pango-1.40.14 | he752989_2 527 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 | py36h8210e8a_7 5.4 MB conda-forge
freetype-2.9.1 | h6debe1e_4 800 KB conda-forge
pygments-2.2.0 | py_1 622 KB conda-forge
spyder-3.3.1 | py36_3 2.5 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 | py_1 21 KB conda-forge
zict-0.1.3 | py_0 10 KB conda-forge
fastparquet-0.1.6 | py36_0 285 KB conda-forge
thrift-0.11.0 | py36hfc679d8_1 310 KB conda-forge
pluggy-0.8.0 | py_0 17 KB conda-forge
isort-4.3.4 | py36_1000 58 KB conda-forge
matplotlib-3.0.0 | 2 5 KB conda-forge
et_xmlfile-1.0.1 | py36_0 19 KB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 | he6cff42_8 1.2 MB conda-forge
numba-0.40.0 | py36hf8a1672_0 3.2 MB conda-forge
seaborn-0.9.0 | py_0 159 KB conda-forge
xorg-libxau-1.0.8 | h470a237_6 12 KB conda-forge
python-snappy-0.5.3 | py36h00d4201_0 40 KB conda-forge
snowballstemmer-1.2.1 | py_1 32 KB conda-forge
bleach-3.0.2 | py_0 125 KB conda-forge
py-1.7.0 | py_0 65 KB conda-forge
icu-58.2 | hfc679d8_0 22.8 MB conda-forge
shapely-1.6.4 | py36h164cb2d_1 749 KB conda-forge
libgcc-ng-7.2.0 | hdf63c60_3 6.1 MB conda-forge
krb5-1.14.6 | 0 4.0 MB conda-forge
pytest-3.9.1 | py36_1000 333 KB conda-forge
pyopenssl-18.0.0 | py36_1000 80 KB conda-forge
libxcb-1.13 | h470a237_2 393 KB conda-forge
werkzeug-0.14.1 | py_0 249 KB conda-forge
pyviz_comms-0.6.0 | py_0 11 KB conda-forge
xorg-libx11-1.6.6 | h470a237_0 890 KB conda-forge
jupyter_console-6.0.0 | py_0 19 KB conda-forge
jupyterhub-0.8.1 | py36_0 1.6 MB conda-forge
sip-4.18.1 | py36hfc679d8_0 266 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 | py_1 12 KB conda-forge
ptyprocess-0.6.0 | py36_1000 22 KB conda-forge
nodejs-8.10.0 | 0 14.9 MB conda-forge
tornado-5.1.1 | py36h470a237_0 669 KB conda-forge
multipledispatch-0.6.0 | py_0 12 KB conda-forge
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libsodium-1.0.16 | h470a237_1 536 KB conda-forge
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graphite2-1.3.12 | hfc679d8_1 104 KB conda-forge
xorg-xproto-7.0.31 | h470a237_7 72 KB conda-forge
pthread-stubs-0.4 | h470a237_1 5 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 909.4 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
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alembic: 0.9.9-py_0 conda-forge
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atomicwrites: 1.2.1-py_0 conda-forge
attrs: 18.2.0-py_0 conda-forge
babel: 2.6.0-py_1 conda-forge
backcall: 0.1.0-py_0 conda-forge
basemap: 1.2.0-py36h50ae964_0 conda-forge
basemap-data-hires: 1.2.0-0 conda-forge
beautifulsoup4: 4.6.3-py36_1000 conda-forge
bitarray: 0.8.3-py36h470a237_0 conda-forge
blas: 1.1-openblas conda-forge
blaze: 0.11.3-py36_0 conda-forge
bleach: 3.0.2-py_0 conda-forge
blosc: 1.14.4-hfc679d8_0 conda-forge
bokeh: 0.13.0-pyhed0053b_0 bokeh
boost: 1.66.0-py36_1 conda-forge
boost-cpp: 1.66.0-1 conda-forge
bottleneck: 1.2.1-py36h7eb728f_1 conda-forge
bzip2: 1.0.6-h470a237_2 conda-forge
ca-certificates: 2018.10.15-ha4d7672_0 conda-forge
cairo: 1.14.12-h276e583_5 conda-forge
cartopy: 0.16.0-py36h81b52dc_2 conda-forge
certifi: 2018.10.15-py36_1000 conda-forge
cffi: 1.11.5-py36h5e8e0c9_1 conda-forge
cftime: 1.0.1-py36h7eb728f_1 conda-forge
chardet: 3.0.4-py36_1003 conda-forge
click: 7.0-py_0 conda-forge
cloudpickle: 0.6.1-py_0 conda-forge
colorcet: 1.0.0-py_0 conda-forge
configurable-http-proxy: 3.1.0-node8_1 conda-forge
cryptography: 2.3.1-py36hdffb7b8_0 conda-forge
cryptography-vectors: 2.3.1-py36_1000 conda-forge
curl: 7.61.0-h93b3f91_2 conda-forge
cycler: 0.10.0-py_1 conda-forge
cython: 0.29-py36hfc679d8_0 conda-forge
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dask-core: 0.19.4-py_0 conda-forge
datashader: 0.6.8-py_0 conda-forge
datashape: 0.5.4-py36_0 conda-forge
dbus: 1.13.0-h3a4f0e9_0 conda-forge
decorator: 4.3.0-py_0 conda-forge
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dill: 0.2.8.2-py36_1000 conda-forge
distributed: 1.23.3-py36_1000 conda-forge
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findspark: 1.3.0-py_1 conda-forge
flask: 1.0.2-py_2 conda-forge
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fontconfig: 2.13.1-h65d0f4c_0 conda-forge
freetype: 2.9.1-h6debe1e_4 conda-forge
futures-compat: 1.0-py3_0 conda-forge
geographiclib: 1.49-py_0 conda-forge
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imagesize: 1.1.0-py_0 conda-forge
impyla: 0.14.1-py36_0 conda-forge
ipykernel: 5.1.0-pyh24bf2e0_0 conda-forge
ipython: 7.0.1-py36h24bf2e0_1000 conda-forge
ipython_genutils: 0.2.0-py_1 conda-forge
ipywidgets: 7.4.2-py_0 conda-forge
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itsdangerous: 0.24-py_2 conda-forge
jdcal: 1.4-py_1 conda-forge
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jinja2: 2.10-py_1 conda-forge
joblib: 0.12.5-py_0 conda-forge
jpeg: 9c-h470a237_1 conda-forge
jsonschema: 2.6.0-py36_1002 conda-forge
jupyter: 1.0.0-py_1 conda-forge
jupyter_client: 5.2.3-py_1 conda-forge
jupyter_console: 6.0.0-py_0 conda-forge
jupyter_core: 4.4.0-py_0 conda-forge
jupyterhub: 0.8.1-py36_0 conda-forge
keyring: 15.1.0-py36_0 conda-forge
kiwisolver: 1.0.1-py36h2d50403_2 conda-forge
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libgcrypt: 1.8.3-hfc679d8_0 conda-forge
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libiconv: 1.15-h470a237_3 conda-forge
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libpng: 1.6.35-ha92aebf_2 conda-forge
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mako: 1.0.7-py_1 conda-forge
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matplotlib-base: 3.0.0-py36hc039c98_2 conda-forge
mccabe: 0.6.1-py_1 conda-forge
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more-itertools: 4.3.0-py36_1000 conda-forge
mpc: 1.1.0-hb705a9b_6 conda-forge
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msgpack-python: 0.5.6-py36h2d50403_3 conda-forge
multipledispatch: 0.6.0-py_0 conda-forge
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nbconvert: 5.4.0-1 conda-forge
nbformat: 4.4.0-py_1 conda-forge
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nltk: 3.2.4-py36_0 conda-forge
nodejs: 8.10.0-0 conda-forge
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numba: 0.40.0-py36hf8a1672_0 conda-forge
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numpy: 1.15.2-py36_blas_openblashd3ea46f_1 conda-forge [blas_openblas]
numpydoc: 0.8.0-py_1 conda-forge
odo: 0.5.1-py_1 conda-forge
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packaging: 18.0-py_0 conda-forge
pamela: 0.3.0-py_1001 conda-forge
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pandoc: 1.19.2-0 conda-forge
pandocfilters: 1.4.2-py_1 conda-forge
pango: 1.40.14-he752989_2 conda-forge
param: 1.8.1-py_0 conda-forge
parquet-cpp: 1.4.0-h83d4a3d_1 conda-forge
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pip: 18.1-py36_1000 conda-forge
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prompt_toolkit: 2.0.6-py_0 conda-forge
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psutil: 5.4.7-py36h470a237_1 conda-forge
pthread-stubs: 0.4-h470a237_1 conda-forge
ptyprocess: 0.6.0-py36_1000 conda-forge
py: 1.7.0-py_0 conda-forge
py4j: 0.10.7-py_1 conda-forge
pyarrow: 0.9.0-py36hfc679d8_2 conda-forge
pycodestyle: 2.4.0-py_1 conda-forge
pycparser: 2.19-py_0 conda-forge
pyct: 0.4.5-py_0 conda-forge
pyct-core: 0.4.5-py_0 conda-forge
pyepsg: 0.3.2-py_1 conda-forge
pyflakes: 2.0.0-py_0 conda-forge
pygments: 2.2.0-py_1 conda-forge
pygpu: 0.7.6-py36h7eb728f_0 conda-forge
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pymc3: 3.5-py36_0 conda-forge
pyopenssl: 18.0.0-py36_1000 conda-forge
pyparsing: 2.2.2-py_0 conda-forge
pyproj: 1.9.5.1-py36h508ed2a_5 conda-forge
pyqt: 5.6.0-py36h8210e8a_7 conda-forge
pyshp: 1.2.12-py_0 conda-forge
pysocks: 1.6.8-py36_1002 conda-forge
pyspark: 2.3.1-py36_1001 conda-forge
pytables: 3.4.4-py36h4f72b40_1 conda-forge
pytest: 3.9.1-py36_1000 conda-forge
python: 3.6.6-h5001a0f_3 conda-forge
python-dateutil: 2.7.3-py_0 conda-forge
python-editor: 1.0.3-py_0 conda-forge
python-oauth2: 1.0.1-py36_0 conda-forge
python-snappy: 0.5.3-py36h00d4201_0 conda-forge
pytz: 2018.5-py_0 conda-forge
pyviz_comms: 0.6.0-py_0 conda-forge
pywavelets: 1.0.1-py36h7eb728f_0 conda-forge
pyyaml: 3.13-py36h470a237_1 conda-forge
pyzmq: 17.1.2-py36hae99301_1 conda-forge
qt: 5.6.2-hf70d934_9 conda-forge
qtawesome: 0.5.1-pyh8a2030e_1 conda-forge
qtconsole: 4.4.2-py_1 conda-forge
qtpy: 1.5.1-pyh8a2030e_0 conda-forge
readline: 7.0-haf1bffa_1 conda-forge
requests: 2.19.1-py36_1001 conda-forge
rope: 0.10.7-py_1 conda-forge
scikit-image: 0.14.1-py36hfc679d8_0 conda-forge
scikit-learn: 0.20.0-py36_blas_openblasha84fab4_201 conda-forge [blas_openblas]
scipy: 1.1.0-py36_blas_openblash7943236_201 conda-forge [blas_openblas]
seaborn: 0.9.0-py_0 conda-forge
secretstorage: 3.1.0-py36_1001 conda-forge
send2trash: 1.5.0-py_0 conda-forge
setuptools: 40.4.3-py36_0 conda-forge
shapely: 1.6.4-py36h164cb2d_1 conda-forge
simplegeneric: 0.8.1-py_1 conda-forge
sip: 4.18.1-py36hfc679d8_0 conda-forge
six: 1.11.0-py36_1001 conda-forge
snappy: 1.1.7-hfc679d8_2 conda-forge
snowballstemmer: 1.2.1-py_1 conda-forge
sortedcontainers: 2.0.5-py_0 conda-forge
sphinx: 1.8.1-py36_1000 conda-forge
sphinxcontrib-websupport: 1.1.0-py_1 conda-forge
spyder: 3.3.1-py36_3 conda-forge
spyder-kernels: 0.2.6-py_1 conda-forge
sqlalchemy: 1.2.12-py36h470a237_0 conda-forge
sqlalchemy-utils: 0.32.12-py36_0 conda-forge
sqlite: 3.25.2-hb1c47c0_0 conda-forge
statsmodels: 0.9.0-py36h7eb728f_0 conda-forge
sudospawner: 0.5.2-py36_0 conda-forge
sympy: 1.3-py36_1000 conda-forge
tblib: 1.3.2-py_1 conda-forge
terminado: 0.8.1-py36_1001 conda-forge
testpath: 0.4.2-py36_1000 conda-forge
theano: 1.0.3-py36_0 conda-forge
thrift: 0.11.0-py36hfc679d8_1 conda-forge
thriftpy: 0.3.9-py36h470a237_1 conda-forge
tk: 8.6.8-ha92aebf_0 conda-forge
toolz: 0.9.0-py_1 conda-forge
tornado: 5.1.1-py36h470a237_0 conda-forge
tqdm: 4.26.0-py_0 conda-forge
traitlets: 4.3.2-py36_1000 conda-forge
typed-ast: 1.1.0-py36_0 conda-forge
uncertainties: 3.0.2-py36_1001 conda-forge
urllib3: 1.23-py36_1001 conda-forge
wcwidth: 0.1.7-py_1 conda-forge
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werkzeug: 0.14.1-py_0 conda-forge
wheel: 0.32.1-py36_0 conda-forge
widgetsnbextension: 3.4.2-py36_1000 conda-forge
wrapt: 1.10.11-py36h470a237_1 conda-forge
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imagesize-1.1.0 | 6 KB | ######################################################### | 100%
joblib-0.12.5 | 176 KB | ######################################################### | 100%
jupyter-1.0.0 | 6 KB | ######################################################### | 100%
colorcet-1.0.0 | 109 KB | ######################################################### | 100%
curl-7.61.0 | 859 KB | ######################################################### | 100%
gstreamer-1.12.5 | 2.1 MB | ######################################################### | 100%
libgsasl-1.8.0 | 125 KB | ######################################################### | 100%
itsdangerous-0.24 | 12 KB | ######################################################### | 100%
chardet-3.0.4 | 190 KB | ######################################################### | 100%
psutil-5.4.7 | 333 KB | ######################################################### | 100%
uncertainties-3.0.2 | 117 KB | ######################################################### | 100%
pytz-2018.5 | 193 KB | ######################################################### | 100%
sudospawner-0.5.2 | 13 KB | ######################################################### | 100%
libsodium-1.0.16 | 536 KB | ######################################################### | 100%
xorg-libxrender-0.9. | 28 KB | ######################################################### | 100%
nbformat-4.4.0 | 91 KB | ######################################################### | 100%
dill-0.2.8.2 | 111 KB | ######################################################### | 100%
mpc-1.1.0 | 125 KB | ######################################################### | 100%
findspark-1.3.0 | 6 KB | ######################################################### | 100%
python-oauth2-1.0.1 | 86 KB | ######################################################### | 100%
geopy-1.17.0 | 49 KB | ######################################################### | 100%
certifi-2018.10.15 | 138 KB | ######################################################### | 100%
six-1.11.0 | 21 KB | ######################################################### | 100%
zeromq-4.2.5 | 939 KB | ######################################################### | 100%
backcall-0.1.0 | 13 KB | ######################################################### | 100%
graphite2-1.3.12 | 104 KB | ######################################################### | 100%
xorg-xproto-7.0.31 | 72 KB | ######################################################### | 100%
pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ######################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \ Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...
- Validating: OK
done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate testenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
$ source /opt/anaconda3/bin/activate testenv
(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/opt/anaconda3/envs/testenv/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 47, in <module>
from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: libboost_regex.so.1.65.1: cannot open shared object file: No such file or directory
>>>
Thanks again.
If you conda remove libboost
what happens?
Ah I see you don't have libboost at all
This is problematic
pyarrow: 0.9.0-py36hfc679d8_2 conda-forge
What happens when you install pyarrow 0.11.0?
Yep, I think that's it. Looks like libhdfs3
was restricting boost
:
(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda install --channel conda-forge --override-channels pyarrow=0.11.0
Solving environment: failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
- libhdfs3 -> boost-cpp=1.64
- pyarrow=0.11.0 -> arrow-cpp=0.11.0 -> boost-cpp[version='>=1.67.0,<1.67.1.0a0']
- pyarrow=0.11.0 -> arrow-cpp=0.11.0 -> numpy[version='>=1.14,<2.0a0']
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.
(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda uninstall hdfs3
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv
removed specs:
- hdfs3
The following packages will be REMOVED:
hdfs3: 0.3.0-py36_0 conda-forge
Proceed ([y]/n)?
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda install --channel conda-forge --override-channels pyarrow=0.11.0
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv
added / updated specs:
- pyarrow=0.11.0
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
boost-cpp-1.67.0 | h3a22d5f_0 19.7 MB conda-forge
boost-1.67.0 | py36h3e44d54_0 316 KB conda-forge
pyarrow-0.11.0 | py36hfc679d8_0 2.0 MB conda-forge
parquet-cpp-1.2.0.pre | 0 1.6 MB conda-forge
arrow-cpp-0.11.0 | py36hccec0d8_0 6.1 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 29.7 MB
The following packages will be REMOVED:
libhdfs3: 2.3-3 conda-forge
The following packages will be UPDATED:
arrow-cpp: 0.9.0-py36h1ae9da6_7 conda-forge --> 0.11.0-py36hccec0d8_0 conda-forge
boost: 1.66.0-py36_1 conda-forge --> 1.67.0-py36h3e44d54_0 conda-forge
boost-cpp: 1.66.0-1 conda-forge --> 1.67.0-h3a22d5f_0 conda-forge
pyarrow: 0.9.0-py36hfc679d8_2 conda-forge --> 0.11.0-py36hfc679d8_0 conda-forge
The following packages will be DOWNGRADED:
parquet-cpp: 1.4.0-h83d4a3d_1 conda-forge --> 1.2.0.pre-0 conda-forge
Proceed ([y]/n)?
Downloading and Extracting Packages
boost-cpp-1.67.0 | 19.7 MB | ######################################################### | 100%
boost-1.67.0 | 316 KB | ######################################################### | 100%
pyarrow-0.11.0 | 2.0 MB | ######################################################### | 100%
parquet-cpp-1.2.0.pr | 1.6 MB | ######################################################### | 100%
arrow-cpp-0.11.0 | 6.1 MB | ######################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
>>>
Thanks again!
Thanks -- feel free to open an issue on conda-forge/libhdfs3-feedstock about bringing the project up to date with the latest package stack
@kszucs the parquet-cpp version installed here looks weird, do you know what is going on?
@wesm This parquet-cpp version is one with a more open arrow-cpp
pinning. Newer parquet-cpp
version pin arrow-cpp
more exactly. The correct behaviour would be to uninstall parquet-cpp
.
I think the correct option here is to pin the parquet-cpp metapackage in https://github.com/conda-forge/pyarrow-feedstock/blob/master/recipe/meta.yaml#L33. This will cause other versions to be uninstalled I think
That would make parquet-cpp
a dependency again, do we want this?
It's an empty metapackage, I thought that was the idea anyway
I added here in the PR for 0.11.1 https://github.com/conda-forge/pyarrow-feedstock/pull/59/commits/74c3fba556c5076eea062639215367faf475e10f
I don't know why parquet-cpp gets installed, it's not a dependency arrow-cpp or pyarrow since 0.11
The safest choice for now is indeed to pin parquet-cpp in pyarrow. However We should ask a forge developer about correctly handling this scenario.
Conda now updates correctly:
$ conda update pyarrow
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Users/krisz/.conda/envs/test
added / updated specs:
- pyarrow
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
pyarrow-0.11.1 | py36hfc679d8_0 1.9 MB conda-forge
parquet-cpp-1.5.1 | 1 3 KB conda-forge
arrow-cpp-0.11.1 | py36h3bd774a_0 4.9 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 6.7 MB
The following packages will be UPDATED:
arrow-cpp: 0.10.0-py36h70250a7_0 conda-forge --> 0.11.1-py36h3bd774a_0 conda-forge
boost-cpp: 1.67.0-h3a22d5f_0 conda-forge --> 1.68.0-h3a22d5f_0 conda-forge
parquet-cpp: 1.5.0.pre-h83d4a3d_0 conda-forge --> 1.5.1-1 conda-forge
pyarrow: 0.10.0-py36hfc679d8_0 conda-forge --> 0.11.1-py36hfc679d8_0 conda-forge
That's great, thanks @kszucs!
I have a script to install dependencies on aws emr and run a python script.
From yesterday, it went wrong :
File "/mnt/var/lib/hadoop/steps/s-2VZYAZEE3LM6C/sales-forecast/mlc/sources/client/base.py", line 49, in read
x = pd.read_parquet(path, columns=columns)
File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parquet.py", line 287, in read_parquet
impl = get_engine(engine)
File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parquet.py", line 29, in get_engine
raise ImportError("Unable to find a usable engine; "
ImportError: Unable to find a usable engine; tried using: 'pyarrow', 'fastparquet'.
pyarrow or fastparquet is required for parquet support
Command exiting with ret '1'
I didn't change the script , install command
conda install -y -c conda-forge pyarrow
I also tried to import in python shell :
>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 54, in <module>
from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: /home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/lib.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZNK5arrow5Field8ToStringB5cxx11Ev
conda update pyarrow
solved it.
But I am confusing why It was fine in serveral days ago ? pyarrow's version is still 0.11.1 .
@eromoe Yesterday conda-forge
switched their packages to new compilers. It might be worthwhile for you just to recreate your conda environments when you see such errors in the next days. That should more easily fix your problems.
@xhochy Thank you for telling me this news .
I always created conda by
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda3
I think the problem is the python version of Miniconda3-4.5.4 is 3.6.4 .
conda install -y -c conda-forge pyarrow
didn't change this.
conda update pyarrow
updated python to 3.6.8 , so solved.
I think this is still broken-ish. The following dockerfile results in a pyarrow installation that is broken with the _ZNK5arrow5Field8ToStringB5cxx11Ev
problem:
FROM jupyter/datascience-notebook
RUN conda install -y -c conda-forge -c pytorch opencv tensorflow graphviz tqdm keras numba numpy tqdm pythreejs feather-format ffmpeg
This is with the latest pull of jupyter/dockerscience-notebook, i.e. jupyter/datascience-notebook@sha256:2f7865853e27982ed98c314054ee62e10e1bea3b0e3bb6fafc9b7f68e9e887be
The workaround is presumably this:
FROM jupyter/datascience-notebook
RUN conda install -y -c conda-forge -c pytorch opencv tensorflow graphviz tqdm keras numba numpy tqdm pythreejs feather-format ffmpeg
conda install arrow-cpp=0.12.* -c conda-forge
which then results in a working version of pyarrow. Package management is confusing :).
@jacksonloper can we discuss this issue somewhere else, like on the ASF JIRA? I'm not sure where the problem is but we should identify the root cause and open an issue in the upstream project (e.g. if one of these other projects is causing the issue) or fix our packaging stuff otherwise
Not a member of ASF JIRA. But I also probably won't be much help. Just letting you know its still broken :). Happy to create a more barebones broken-case, from a vanilla ubuntu docker or something if you want.
Can you create an account on https://issues.apache.org/jira and open a JIRA issue?
It looks like this is https://issues.apache.org/jira/browse/ARROW-4809. I'll copy-paste your repro there
Awesome thanks
I installed pyarrow from conda-forge and I'm getting this error on import: