bookdown compile ready

[ysaito8015]

• {bookdown} でコンパイルできるように調整中

• @babayoshihiko の指摘部分は反映済み

  • [x] data_used.Rmd 内で、 #gis が使われており、gis.Rmd と重複している
  • [ ] パッケージインストールを該当章で補足する
  • [x] Error 1 pivoting.Rmd
  • [ ] Error 2 time_series.Rmd
    • ちょっとうまく行かない
  • [x] Error 3 time_series.Rmd
  • [x] Error 4 survey_analysis.Rmd
  • [x] Error 5 gis.Rmd https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/72
  • [x] Error 6 epicurves.Rmd
  • [x] Error 7 heatmaps.Rmd
  • [x] Error 8 interactive_plots.Rmd
  • [x] 1 編集前記・技術注記内の表の列幅を調整する https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/80
  • [x] 5 推奨パッケージ内のリンクできていない部分を修正する https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/81
  • [x] 7 データのインポート・エクスポート内、APIs, 余分なピリオド https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/82
  • [x] time_series.Rmd 内ののリンク記法修正 https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/83
  • [x] 31 章, 42 章の生成されるファイル名がおかしいのを直す https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/84
  • [x] data_used.Rmd 内で重複して使用されている flexdashboard タグを別名に変更する

• コンパイルできるようにエラーを潰していく

  • [x] Windows
  • [ ] MacOS
  • [x] Linux

• [x] カテゴリー（Part）を訳す https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/75

• [x] index.Rmd を翻訳する https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_jp/pull/85

• ~./new_pages/first_page.Rmd を翻訳する~ <-使われてなさそう

[ysaito8015]

@hitomik723 @ironwest

次のパッケージのインストールを本文内で補足するか相談させてください

• linelist
• dsr
• sf
• ggtree
• epicontacts
• sitrep

[hitomik723]

@hitomik723 @ironwest

次のパッケージのインストールを本文内で補足するか相談させてください

• linelist
• dsr
• sf
• ggtree
• epicontacts
• sitrep

@ysaito8015 すみません、こちらのコメント見逃していたのですが、これらのパッケージを本文内で補足しないとビルドの際にエラーが発生するのでしょうか？