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python——生信练习，RNA到蛋白质 #6

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aprilwzh commented 5 years ago

def translate_rna(sequence): codonTable = { 'AUA': 'I', 'AUC': 'I', 'AUU': 'I', 'AUG': 'M', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACU': 'T', 'AAC': 'N', 'AAU': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGC': 'S', 'AGU': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 'CUA': 'L', 'CUC': 'L', 'CUG': 'L', 'CUU': 'L', 'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCU': 'P', 'CAC': 'H', 'CAU': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGU': 'R', 'GUA': 'V', 'GUC': 'V', 'GUG': 'V', 'GUU': 'V', 'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCU': 'A', 'GAC': 'D', 'GAU': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGU': 'G', 'UCA': 'S', 'UCC': 'S', 'UCG': 'S', 'UCU': 'S', 'UUC': 'F', 'UUU': 'F', 'UUA': 'L', 'UUG': 'L', 'UAC': 'Y', 'UAU': 'Y', 'UAA': '', 'UAG': '', 'UGC': 'C', 'UGU': 'C', 'UGA': '', 'UGG': 'W', } proteinsequence = '' for n in range(0, len(sequence), 3): if sequence[n:n + 3] in codonTable.keys(): proteinsequence += codonTable[sequence[n:n + 3]] return proteinsequence

fw = open('6protein','w') fr = open('RNA.out','r') dict = {}

for line in fr: line = line.strip("\n") if line.startswith('>'): name = line.split()[0] dict[name] = '' fw.write(name) fw.write('\n') else: dict[name] += line fw.write(translate_rna(dict[name])) fw.write('\n') fw.close()

aprilwzh commented 5 years ago

这个代码是别人的，然后根据自己的情况改编了一下，存在一个问题，如何从起始密码子开始翻译呢？？

aprilwzh commented 5 years ago

对于有些序列不是标准的序列，怎么办？？