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Software platform for clinical neuroimaging studies
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FileNotFoundError:lh.white_exp-007' #1103

Open Luoyu-Wang opened 3 months ago

Luoyu-Wang commented 3 months ago

Hello everyone,

I'm currently facing an issue with Clinica 0.7.7 on Ubuntu 22.04 using a conda environment. I have successfully completed the t1-freesurfer pipeline with Freesurfer 7.4.1. However, when I attempt to run the pet-surface pipeline with the following command:

clinica run pet-surface BIDS CAPS_SURF 18FFDG pons2 psf.tsv

the process crashes unexpectedly. I've ensured that all the necessary input files are in place and the paths are correctly specified. Can anyone provide insights or suggestions on what might be causing this crash or how to resolve it? Any help would be greatly appreciated!

Thank you in advance for your support and assistance.

 Traceback (most recent call last):

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/bin/clinica", line 8, in <module>

    sys.exit(main())

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/clinica/cmdline.py", line 92, in main

    cli()

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1157, in __call__

    return self.main(*args, **kwargs)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1078, in main

    rv = self.invoke(ctx)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1688, in invoke

    return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1688, in invoke

    return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1434, in invoke

    return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 783, in invoke

    return __callback(*args, **kwargs)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/clinica/pipelines/pet_surface/pet_surface_cli.py", line 77, in cli

    pipeline.run(plugin="MultiProc", plugin_args={"n_procs": n_procs})

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/clinica/pipelines/engine.py", line 353, in run

    raise e

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/clinica/pipelines/engine.py", line 334, in run

    exec_graph = Workflow.run(self, plugin, plugin_args, update_hash)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/workflows.py", line 638, in run

    runner.run(execgraph, updatehash=updatehash, config=self.config)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/plugins/base.py", line 166, in run

    self._clean_queue(jobid, graph, result=result)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/plugins/base.py", line 244, in _clean_queue

    raise RuntimeError("".join(result["traceback"]))

RuntimeError: Traceback (most recent call last):

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/plugins/multiproc.py", line 67, in run_node

    result["result"] = node.run(updatehash=updatehash)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 524, in run

    result = self._run_interface(execute=True)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 642, in _run_interface

    return self._run_command(execute)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 750, in _run_command

    raise NodeExecutionError(

nipype.pipeline.engine.nodes.NodeExecutionError: Exception raised while executing Node _full_pipeline_mapnode1.

Traceback (most recent call last):

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/interfaces/base/core.py", line 398, in run

    runtime = self._run_interface(runtime)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/interfaces/utility/wrappers.py", line 142, in _run_interface

    out = function_handle(**args)

  File "<string>", line 548, in get_wf

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/workflows.py", line 638, in run

    runner.run(execgraph, updatehash=updatehash, config=self.config)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/plugins/linear.py", line 82, in run

    raise error from cause

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/plugins/linear.py", line 47, in run

    node.run(updatehash=updatehash)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 524, in run

    result = self._run_interface(execute=True)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 642, in _run_interface

    return self._run_command(execute)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", line 750, in _run_command

    raise NodeExecutionError(

nipype.pipeline.engine.nodes.NodeExecutionError: Exception raised while executing Node mris_expand_white.

Traceback (most recent call last):

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/shutil.py", line 816, in move

    os.rename(src, real_dst)

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/wly/data/pip_ZS_PET3/CAPS/subjects/sub-S0002/ses-1/t1/freesurfer_cross_sectional/sub-S0002_ses-1/surf/lh.white_exp-007' -> '/tmp/tmp5sc_ubhj/pet-surface/sub_S0002_ses_1/_hemi_lh/mris_expand_white/lh.white_exp-007'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/interfaces/base/core.py", line 398, in run

    runtime = self._run_interface(runtime)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/site-packages/nipype/interfaces/utility/wrappers.py", line 142, in _run_interface

    out = function_handle(**args)

  File "<string>", line 49, in mris_expand

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/shutil.py", line 836, in move

    copy_function(src, real_dst)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/shutil.py", line 434, in copy2

    copyfile(src, dst, follow_symlinks=follow_symlinks)

  File "/home/wly/anaconda3/envs/clinicaEnv/lib/python3.10/shutil.py", line 254, in copyfile

    with open(src, 'rb') as fsrc:

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/wly/data/pip_ZS_PET3/CAPS/subjects/sub-S0002/ses-1/t1/freesurfer_cross_sectional/sub-S0002_ses-1/surf/lh.white_exp-007'
NicolasGensollen commented 3 months ago

Hi @Luoyu-Wang

Thanks for reporting. Could you provide the content of the BIDS and CAPS folders you're providing to the pet-surface pipeline ? For example by doing a tree from these folders.

Luoyu-Wang commented 3 months ago

Absolutely, I’d be happy to provide the directory structures for the BIDS and CAPS folders. BIDS ├── sub-S0001 │   └── ses-1 │   ├── anat │   │   ├── sub-S0001_ses-1_T1w.json │   │   └── sub-S0001_ses-1_T1w.nii.gz │   └── pet │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet.json │   └── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet.nii.gz └── sub-S0002 └── ses-1 ├── anat │   ├── sub-S0002_ses-1_T1w.json │   └── sub-S0002_ses-1_T1w.nii.gz └── pet ├── sub-S0002_ses-1_trc-18FFDG_pet.json └── sub-S0002_ses-1_trc-18FFDG_pet.nii.gz

8 directories, 8 files

CAPS/ ├── groups │   └── group-1 │   └── t1 │   ├── group-1_iteration-1_template.nii.gz │   ├── group-1_iteration-2_template.nii.gz │   ├── group-1_iteration-3_template.nii.gz │   ├── group-1_iteration-4_template.nii.gz │   ├── group-1_iteration-5_template.nii.gz │   ├── group-1_iteration-6_template.nii.gz │   └── group-1_template.nii.gz └── subjects ├── sub-S0001 │   └── ses-1 │   ├── pet │   │   └── preprocessing │   │   └── group-1 │   │   ├── atlas_statistics │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-AAL2_suvr-pons2_statistics.tsv │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-AICHA_suvr-pons2_statistics.tsv │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Hammers_suvr-pons2_statistics.tsv │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-LPBA40_suvr-pons2_statistics.tsv │   │   │   └── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Neuromorphometrics_suvr-pons2_statistics.tsv │   │   ├── sub-S0001_ses-1_T1w_space-Ixi549Space_brainmask.nii.gz │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Ixi549Space_pet.nii.gz │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Ixi549Space_suvr-pons2_mask-brain_fwhm-8mm_pet.nii.gz │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Ixi549Space_suvr-pons2_mask-brain_pet.nii.gz │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-Ixi549Space_suvr-pons2_pet.nii.gz │   │   └── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_pet_space-T1w_pet.nii.gz │   ├── pet_linear │   │   ├── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_space-MNI152NLin2009cSym_desc-Crop_res-1x1x1_suvr-pons2_pet.nii.gz │   │   └── sub-S0001_ses-1_trc-18FFDG_space-T1w_rigid.mat │   ├── t1 │   │   ├── freesurfer_cross_sectional │   │   │   ├── regional_measures │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-ba_area.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-ba_meancurv.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-ba_thickness.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-ba_volume.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-desikan_area.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-desikan_meancurv.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-desikan_thickness.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-desikan_volume.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-destrieux_area.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-destrieux_meancurv.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-destrieux_thickness.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-destrieux_volume.tsv │   │   │   │   ├── sub-S0001_ses-1_parcellation-wm_volume.tsv │   │   │   │   └── sub-S0001_ses-1_segmentationVolumes.tsv │   │   │   └── sub-S0001_ses-1 │   │   │   ├── label │   │   │   │   ├── aparc.annot.a2009s.ctab │   │   │   │   ├── aparc.annot.ctab │   │   │   │   ├── aparc.annot.DKTatlas.ctab │   │   │   │   ├── BA_exvivo.ctab │   │   │   │   ├── BA_exvivo.thresh.ctab │   │   │   │   ├── lh.aparc.a2009s.annot │   │   │   │   ├── lh.aparc.annot │   │   │   │   ├── lh.aparc.DKTatlas.annot │   │   │   │   ├── lh.BA1_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA1_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA2_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA2_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA3a_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA3a_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA3b_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA3b_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA44_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA44_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA45_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA45_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA4a_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA4a_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA4p_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA4p_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA6_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.BA6_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.BA_exvivo.annot │   │   │   │   ├── lh.BA_exvivo.thresh.annot │   │   │   │   ├── lh.cortex+hipamyg.label │   │   │   │   ├── lh.cortex.label │   │   │   │   ├── lh.entorhinal_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.entorhinal_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.FG1.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.FG2.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.FG3.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.FG4.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.hOc1.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.hOc2.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.hOc3v.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.hOc4v.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── lh.mpm.vpnl.annot │   │   │   │   ├── lh.MT_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.MT_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.nofix.cortex.label │   │   │   │   ├── lh.perirhinal_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.perirhinal_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.V1_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.V1_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── lh.V2_exvivo.label │   │   │   │   ├── lh.V2_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.aparc.a2009s.annot │   │   │   │   ├── rh.aparc.annot │   │   │   │   ├── rh.aparc.DKTatlas.annot │   │   │   │   ├── rh.BA1_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA1_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA2_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA2_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA3a_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA3a_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA3b_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA3b_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA44_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA44_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA45_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA45_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA4a_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA4a_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA4p_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA4p_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA6_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.BA6_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.BA_exvivo.annot │   │   │   │   ├── rh.BA_exvivo.thresh.annot │   │   │   │   ├── rh.cortex+hipamyg.label │   │   │   │   ├── rh.cortex.label │   │   │   │   ├── rh.entorhinal_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.entorhinal_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.FG1.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.FG2.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.FG3.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.FG4.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.hOc1.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.hOc2.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.hOc3v.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.hOc4v.mpm.vpnl.label │   │   │   │   ├── rh.mpm.vpnl.annot │   │   │   │   ├── rh.MT_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.MT_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.nofix.cortex.label │   │   │   │   ├── rh.perirhinal_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.perirhinal_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.V1_exvivo.label │   │   │   │   ├── rh.V1_exvivo.thresh.label │   │   │   │   ├── rh.V2_exvivo.label │   │   │   │   └── rh.V2_exvivo.thresh.label │   │   │   ├── mri │   │   │   │   ├── antsdn.brain.mgz │   │   │   │   ├── aparc.a2009s+aseg.mgz │   │   │   │   ├── aparc+aseg.mgz │   │   │   │   ├── aparc.DKTatlas+aseg.mgz │   │   │   │   ├── apas+head.mgz │   │   │   │   ├── aseg.auto.mgz │   │   │   │   ├── aseg.auto_noCCseg.label_intensities.txt │   │   │   │   ├── aseg.auto_noCCseg.mgz │   │   │   │   ├── aseg.mgz │   │   │   │   ├── aseg.presurf.hypos.mgz │   │   │   │   ├── aseg.presurf.mgz │   │   │   │   ├── brain.finalsurfs.manedit.mgz │   │   │   │   ├── brain.finalsurfs.mgz │   │   │   │   ├── brainmask.auto.mgz │   │   │   │   ├── brainmask.mgz │   │   │   │   ├── brain.mgz │   │   │   │   ├── ctrl_pts.mgz │   │   │   │   ├── filled.auto.mgz │   │   │   │   ├── filled.mgz │   │   │   │   ├── gtmseg.mgz │   │   │   │   ├── lh.ribbon.mgz │   │   │   │   ├── mri_nu_correct.mni.log │   │   │   │   ├── mri_nu_correct.mni.log.bak │   │   │   │   ├── norm.mgz │   │   │   │   ├── nu.mgz │   │   │   │   ├── orig │   │   │   │   │   └── 001.mgz │   │   │   │   ├── orig.mgz │   │   │   │   ├── orig_nu.mgz │   │   │   │   ├── rawavg.mgz │   │   │   │   ├── rh.ribbon.mgz │   │   │   │   ├── ribbon.mgz │   │   │   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66 directories, 1367 files

NicolasGensollen commented 3 months ago

Thanks for providing the content of your BIDS and CAPS folders @Luoyu-Wang.

I had a quick look and it looks like issue #890 was reporting the same problem some time ago but was never really solved.

The problem happens here:

https://github.com/aramis-lab/clinica/blob/82cf7649fd55c22e96ad8b6d043266ae3085eb63/clinica/pipelines/pet_surface/pet_surface_utils.py#L445-L447

And it seems to be linked with source and destination being reversed. By looking at the code, they don't seem to be reversed which is a bit confusing though... 🤔

In #890, the author was apparently able to run the pipeline successfully by doing some minor modifications to the code of this function. Could you try this solution and see if it works ?

If it does, we would need to make a proper fix to avoid seeing this problem coming back again.

github-actions[bot] commented 1 week ago

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