Create Thorlabs image reader module - Githubissues

arayabrain / barebone-studio

pipeline tool

GNU General Public License v3.0

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Create Thorlabs image reader module #287

Closed itutu-tienday closed 4 months ago

itutu-tienday commented 4 months ago

PR内容

Thorlabs Image Readerモジュール作成

動作確認手順

データの配置
- 以下テスト用データのローカル環境配置（任意のパス）
  - https://drive.google.com/drive/folders/1Qsro6bL5A9QOPWEj1KcbxfEzg-L0_Ebh
  - 現段階では、OME-TIFFディレクトリをそのまま配置する形式にのみ対応している。
  - 今後、OME-TIFFディレクトリのZipアーカイブ形式へ対応予定（ユーザーへの要件確認＆Fix後に対応予定）
環境セットアップ
- 一部pythonモジュールを追加しているため、poetry update を事前に実施
テストコード（test_ThorlabsReader.py）を pytest で実行可能
- テストコードはクロスプラットフォーム（Linux/Windows/Mac）で動作可能

レビュー観点

レビュー観点
- 動作や構成が妥当であるか
- 取得画像データのWorkfllow Nodeへの投入検証

その他

関連
- Nikon PR: #248
- Inscopix PR: #257
- Olympus PR: #281

itutu-tienday commented 4 months ago

@ReiHashimoto 既存PR（apporve済）の再利用となってしまい、すみませんが、以下の実装を追加していますので、reviewをお願いしたいと思います。

対応内容
- thorlabs の raw(ome-tiff) archive file 形式への対応
- https://github.com/arayabrain/barebone-studio/pull/287/commits/fdb03e8b1bb98d735151b7a56699256d126c1f7f
動作確認手順
- 以下のテストデータを利用できます。
- https://drive.google.com/drive/folders/1clz-_4ETLeaWJukcFkqAkOXAGkY3yABT
  - timelapse600.zip
- その他の内容は、PRの説明欄に同様です。