Closed ReiHashimoto closed 2 months ago
FileNotFoundError: File for requested model /root/caiman_data/model/cnn_model not found
evaluate_componentsが
のどちらかにcaiman_dataがあることを前提とした実装になっていることを確認
caiman_dataはCaImAnのリポジトリのcaimanmanager.pyによって取得できるファイル群。 当方の環境では以前からこのファイル群があったため、検証時に検知できていなかった。
環境変数の場合、snakemakeで実行しているconda環境に引き渡せなかったため、ユーザーのホームディレクトリを利用する。 caiman_dataの内、当処理の実行に必要なファイルのみ当リポジトリにを保存し、ホームディレクトリにコピーする実装とした。
概要
316 で追加したevaluate_componentsについて、以下のエラーが発生するケースがあったため対応
原因
evaluate_componentsが
のどちらかにcaiman_dataがあることを前提とした実装になっていることを確認
caiman_dataはCaImAnのリポジトリのcaimanmanager.pyによって取得できるファイル群。 当方の環境では以前からこのファイル群があったため、検証時に検知できていなかった。
対応
環境変数の場合、snakemakeで実行しているconda環境に引き渡せなかったため、ユーザーのホームディレクトリを利用する。 caiman_dataの内、当処理の実行に必要なファイルのみ当リポジトリにを保存し、ホームディレクトリにコピーする実装とした。