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GNU General Public License v3.0
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add caiman_data for component evaluation #326

Closed ReiHashimoto closed 2 months ago

ReiHashimoto commented 3 months ago

概要

原因

evaluate_componentsが

のどちらかにcaiman_dataがあることを前提とした実装になっていることを確認

caiman_dataはCaImAnのリポジトリのcaimanmanager.pyによって取得できるファイル群。 当方の環境では以前からこのファイル群があったため、検証時に検知できていなかった。

対応

環境変数の場合、snakemakeで実行しているconda環境に引き渡せなかったため、ユーザーのホームディレクトリを利用する。 caiman_dataの内、当処理の実行に必要なファイルのみ当リポジトリにを保存し、ホームディレクトリにコピーする実装とした。