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GNU General Public License v3.0
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implement online cnmf and register_multisession
#332
Closed
ReiHashimoto
closed
2 months ago
ReiHashimoto
commented
2 months ago
メモリ消費が大きい場合の対策として、以下の実装を追加
cnmf online
通常のcnmfのオプションとして実装
use_online
パラメータで切り替え
online版のパラメータはadvancedに格納
分割した画像それぞれでcnmfを実行し、結果をregister multisessionで統合
画像の分割は画像サイズ(GB)を端数切り上げした値で行う
例:) 3.8GBの場合4ファイルに分割
1GB未満のファイルの場合、強制的に2分割する(register_multisessionでは2つ以上のsessionがないとエラーとなるため)
分割されたファイルの内、何割のファイルで共通して検出されたかによってregister_multisessionの結果をフィルタリングする
reg_file_rateで割合を0.0 ~ 1.0の値で設定
フィルタリングの結果ROI数が0の場合は後続の計算等ができないため、Exceptionとしている
ToDo
[x] reg_file_rateの情報をNWBに保存
(追記)
Fluorescenceのcomments欄に以下の形式でreg_file_rateの情報を記載する形で対応
メモリ消費が大きい場合の対策として、以下の実装を追加
use_online
パラメータで切り替えToDo
(追記)