caiman実行エラー

[itutu-tienday]

添付の構成のworkflow(caiman)の実行時、エラーが発生していることを確認。

詳細

• エラーログ（caiman_mc）

  Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/workspaces/optinist/studio/app/common/core/rules/runner.py", line 48, in run
  output_info = cls.execute_function(
  File "/home/user/workspaces/optinist/studio/app/common/core/rules/runner.py", line 134, in execute_function
  output_info = func(
  File "/home/user/workspaces/optinist/studio/app/optinist/wrappers/caiman/motion_correction.py", line 56, in caiman_mc
  extract_binary_masks_from_structural_channel(
  File "/home/user/workspaces/optinist/.snakemake/conda/ad2fad2dce3c33285c3868f3b3ae6ddc_/lib/python3.8/site-packages/caiman/base/rois.py", line 141, in extract_binary_masks_from_structural_channel
  temp = dilation(temp, selem=selem)
  File "/home/user/workspaces/optinist/.snakemake/conda/ad2fad2dce3c33285c3868f3b3ae6ddc_/lib/python3.8/site-packages/skimage/morphology/misc.py", line 38, in func_out
  return func(image, footprint=footprint, *args, **kwargs)
  TypeError: dilation() got an unexpected keyword argument 'selem'

• 環境

  • 動作環境: ubuntu 22.04
  • アプリケーション: optinist v1.2.1 (github版、pypi版)

• 補足

  • エラーは入力データの長さによらず発生
  • なお以下の環境では、正常動作を確認
  • Mac環境
  • barebone-studio 版

[itutu-tienday]

以下、エラー原因を確認

■原因 caiman の requirements.txt で指定されているモジュールの一部で、バージョン不整合がある模様 https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/requirements.txt ・OK環境）scikit-image 0.19.x ・NG環境）scikit-image 0.20.0

■対策 ※検討中