OptiNiSt Onboarding

[itutu-tienday]

• Environment Setup

  • [x] barebone-stuio

  • [x] Standalone mode

    • https://optinist.readthedocs.io/en/latest/installation/index.html

  • [x] MultiUser mode

    • https://optinist.readthedocs.io/en/latest/host_for_multiuser/setup.html#setup-multiuser-mode
    • Correction of errors in some commands
    • error）

      INSERT INTO users (uid, organization_id, name, email, active, ) VALUES ('USER_UID', 1, 'YOUR_EMAIL', 'YOUR_PASSWORD', 1);

    • correct）

      INSERT INTO users (uid, organization_id, name, email, active) VALUES ('USER_UID', 1, 'YOUR_NAME', 'YOUR_EMAIL', 1);

  • [x] Docker version

    • setup manual
    • https://optinist.readthedocs.io/en/latest/installation/docker_for_developer.html
    • docker-compose.yaml
      • prod) https://github.com/arayabrain/barebone-studio/blob/develop-main/docker-compose.yml
      • dev) https://github.com/arayabrain/barebone-studio/blob/develop-main/docker-compose.dev.yml

  • [x] optinist-for-server

  • production site

    • https://digitalmarmosetbrain.m.u-tokyo.ac.jp

  • repository

    • https://github.com/arayabrain/optinist-for-server

  • setup manual

    • https://drive.google.com/file/d/1XAjjlOCxgeC6WLR5NqfRQptHIWfPf5Ix/view

• Specification Confirmation

  • [x] Confirmation of handover documents
  • https://drive.google.com/drive/folders/1peyCIcizLIo7ZD40R1KfBgXtnCAq6sCM
  • https://drive.google.com/drive/folders/1LY0l4A2ahgEEJG1Ad_zfTTv4U6cQMCVQ
  • [x] Test case execution (manual)
  • https://docs.google.com/spreadsheets/d/1CzgAPyy2AqsDKQ5Ob1kQuVJshY2FV89SPH_tevN67U4/edit#gid=0
  • [ ] Test code confirmation

  • 373

  • [ ] Prepare design documents
  • [ ] DFD
    • Continued at #370

[tsuchiyama-araya]

optinist-for-serverの環境構築を進めています。 python run_expdb_batch.py -o 1　を実行した時には、終了するまで結構時間がかかっています。 （裏側で動いているかは分かりません。）

[tsuchiyama-araya]

import plotly.express as px
import plotly.io as pio
import os

class KaleidoTest:
    def __init__(self, data, columns, file_name):
        self.data = data
        self.columns = columns
        self.file_name = file_name

    def join_filepath(self, paths):
        return os.path.join(*paths)

    def save_thumbnail(self, plot_file):
        # Placeholder function for saving a thumbnail
        print(f"Thumbnail saved for {plot_file}")

    def generate_plots(self, output_dir):
        for i in range(len(self.data)):
            fig = px.line(y=self.data[i], x=self.columns)
            plot_file = self.join_filepath([output_dir, f"{self.file_name}_{i}.png"])
            pio.write_image(fig, plot_file)
            self.save_thumbnail(plot_file)
            print(f"Plot saved to {plot_file}")

if __name__ == "__main__":
    data = [[1, 3, 2], [2, 4, 5], [5, 3, 6], [7,6,5],[4,2,3],[1,1,1],[8,9,7],[2,4,5]]
    columns = [1, 2, 3]
    file_name = "plot"
    output_dir = "/app/output"

    os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)

    test = KaleidoTest(data, columns, file_name)
    test.generate_plots(output_dir)

上記のテストコードで試しましたが、問題なく動きました。 そのため、Matと同じファイルを使うようにするテストをやると、止まっているところを特定する

[emuemuJP]

@tsuchiyama-araya ありがとうございます。TuningCurveの7でいつも止まっていたと思うのでそこでどのようなデータが使われていて、他とどう違うかを共有してもらいたいです。

[tsuchiyama-araya]

7までのデータを確認すると、変なデータが入っていないので、 データに関しての問題は怪しくなってきました。

[itutu-tienday]

@tsuchiyama-araya まず確認が必要な事項は、処理実行が停止している箇所の確定（探索可能なところまでpythonコードをjumpして調査）ではないでしょうか。 ※データの確認も必要ですが、コードの停止位置の詳細を特定後、その他周辺調査を行う形が、調査がスムーズではないかと考えます。

[tsuchiyama-araya]

@itutu-tienday コメントありがとうございます。 停止場所はline.pyにある関数のsave_plotのwrite_imageが実行される時ですね。

ただ、７回目から停止しています。 こちらは回答になっていますでしょうか？

[itutu-tienday]

@tsuchiyama-araya

停止場所はline.pyにある関数のsave_plotのwrite_imageが実行される時ですね。

上記は、先日 共有済みの情報ではありませんでしょうか？ （新規情報でしょうか）

（探索可能なところまでpythonコードをjumpして調査）

上記は、以下のように、vscodeなどで pip module 内のコードを探索することを指しています。

[tsuchiyama-araya]

先日共有した情報と同じです。 なるほど、共有ありがとうございます。

そちらで止まっていることであっています。

[itutu-tienday]

対象ファイル （/site-packages/plotly/io/_kaleido.py） 内の、どの位置で停止しているかは、確認済みでしょうか

[tsuchiyama-araya]

それを確認するために、出力するようにPrintを入れましたが、表示はされなかったです。

[itutu-tienday]

それを確認するために、出力するようにPrintを入れましたが、表示はされなかったです。

そうですか、ちょっと原因は不明ですが、そうであれば以下のような対応でしょうか

1. ログをファイル出力
2. debugger で step実行
3. また確認しているファイルが正しいかを再確認する（printが不可であれば、例えばあえてエラーをraiseするコードを追加するなど）

[tsuchiyama-araya]

テストに同じデータを試しましたが、止まりました！ これはデータの問題かと思います。

また、次はDebuggerなども利用して、Debugをしてみます。

[tsuchiyama-araya]

7行目のデータに問題があるかと思いましたが、試しに成功している 5行目と6行目のデータを7行目に入れてみたところ、それでも処理が停止します。

したがって、データ自体の問題ではなく、7行目を処理する際に 何か問題が発生している可能性があります。データ関連の問題ではなさそうです。