[Onboarding]Test code specification confirmation

[itutu-tienday]

• OBJECTIVE

  • To understand the contents of the current automated test code
  • Preparation of opinions for improvement of the test code

• Work contents

  • Confirmation and understanding of test code operation

• Supplemental information

  • docs
  • https://optinist.readthedocs.io/en/latest/for_developers/test.html
  • Configuration
  • frontend
    • Issues
    • Need to prepare automated tests to reproduce screen operations in the future
  • backend
    • Using pytest
    • Workflow execution is being reproduced.

• Deliverables

  • Confirmation report (what you understood, issues (if any))

[tsuchiyama-araya]

Python テストについてを調べる。

https://realpython.com/python-testing/

[tsuchiyama-araya]

Python テスト

Python では、dict（「辞書」の略）は、キーと値のペアのコレクションを格納するための組み込みデータ型です。辞書はデータを効率的に整理およびアクセスするのに非常に便利です。

test_expt_reader.py

• read関数はExptConfig型を返します。
• exp_configの内容
  • workspace_id -> str
  • unique_id -> str
  • started_at -> str
  • Name -> str
  • Function -> dict（これはPythonの辞書型）
  • function[input_0] unique_id -> str
  • function[input_0] name -> str
  • function[input_0] success -> str

test_expt_writer.py

• Create Config関数のテスト
• 実行情報ステータスがRunningであることのテスト
• Configを読み取りExpt_Config関数に変換するテスト
• 新しい書き込みのテスト
  • WorkflowConfigが必要
  • 実験を実行し、出力をYAMLファイルに書き込む
• Write Addのテスト -> 新しい書き込みテストとの違いは？

test_snakemake_executor.py

• snakemakeを実行するには、workspace_id、unique_id、smk_paramを渡す必要がある
• 依存関係を削除 -> smkparamを設定するだけでいいのか？
• test_error_snakemake_execute -> snakemakeがエラーの場合、エラーファイルが作成される

test_workflow_reader.py

• 最初にワークフローファイルを読み込み、nodeDictとedgeDictを取得する
• nodeDictとedgeDictを読み取る

test_workflow_result.py　-> こちらのテストコードはあんまり理解ができないです。

• ワークフロー結果では、実行時に作成されたファイルを統合する

[tsuchiyama-araya]

可能であれば、test_workflow_resultについて、どなたか一緒に見れたら、お願いしたいです。