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astral-sh / uv

An extremely fast Python package and project manager, written in Rust.
https://docs.astral.sh/uv
Apache License 2.0
25.95k stars 762 forks source link

Dependencies Not Found in Jupyter Environment #7679

Closed anzhi0708 closed 1 month ago

anzhi0708 commented 1 month ago

After using uv add jupyter, attempting to enter Jupyter notebook with uvx jupyter lab or uvx --from jupyterlab jupyter-lab results in an error saying pandas cannot be found.

output of `uv tree` (I'm using libraries such as `httpx`, `pandas`, `openpyxl` in this project) ``` Resolved 106 packages in 21ms glp-api-test-0925 v0.1.0 ├── httpx v0.27.2 │ ├── anyio v4.6.0 │ │ ├── idna v3.10 │ │ └── sniffio v1.3.1 │ ├── certifi v2024.8.30 │ ├── httpcore v1.0.5 │ │ ├── certifi v2024.8.30 │ │ └── h11 v0.14.0 │ ├── idna v3.10 │ └── sniffio v1.3.1 ├── jinja2 v3.1.4 │ └── markupsafe v2.1.5 ├── jupyter v1.1.1 │ ├── ipykernel v6.29.5 │ │ ├── appnope v0.1.4 │ │ ├── comm v0.2.2 │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ ├── debugpy v1.8.6 │ │ ├── ipython v8.27.0 │ │ │ ├── decorator v5.1.1 │ │ │ ├── jedi v0.19.1 │ │ │ │ └── parso v0.8.4 │ │ │ ├── matplotlib-inline v0.1.7 │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ ├── pexpect v4.9.0 │ │ │ │ └── ptyprocess v0.7.0 │ │ │ ├── prompt-toolkit v3.0.47 │ │ │ │ └── wcwidth v0.2.13 │ │ │ ├── pygments v2.18.0 │ │ │ ├── stack-data v0.6.3 │ │ │ │ ├── asttokens v2.4.1 │ │ │ │ │ └── six v1.16.0 │ │ │ │ ├── executing v2.1.0 │ │ │ │ └── pure-eval v0.2.3 │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ ├── jupyter-client v8.6.3 │ │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 │ │ │ │ ├── platformdirs v4.3.6 │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ ├── python-dateutil v2.9.0.post0 │ │ │ │ └── six v1.16.0 │ │ │ ├── pyzmq v26.2.0 │ │ │ ├── tornado v6.4.1 │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ ├── matplotlib-inline v0.1.7 (*) │ │ ├── nest-asyncio v1.6.0 │ │ ├── packaging v24.1 │ │ ├── psutil v6.0.0 │ │ ├── pyzmq v26.2.0 │ │ ├── tornado v6.4.1 │ │ └── traitlets v5.14.3 │ ├── ipywidgets v8.1.5 │ │ ├── comm v0.2.2 (*) │ │ ├── ipython v8.27.0 (*) │ │ ├── jupyterlab-widgets v3.0.13 │ │ ├── traitlets v5.14.3 │ │ └── widgetsnbextension v4.0.13 │ ├── jupyter-console v6.6.3 │ │ ├── ipykernel v6.29.5 (*) │ │ ├── ipython v8.27.0 (*) │ │ ├── jupyter-client v8.6.3 (*) │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ ├── prompt-toolkit v3.0.47 (*) │ │ ├── pygments v2.18.0 │ │ ├── pyzmq v26.2.0 │ │ └── traitlets v5.14.3 │ ├── jupyterlab v4.2.5 │ │ ├── async-lru v2.0.4 │ │ ├── httpx v0.27.2 (*) │ │ ├── ipykernel v6.29.5 (*) │ │ ├── jinja2 v3.1.4 (*) │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ ├── jupyter-lsp v2.2.5 │ │ │ └── jupyter-server v2.14.2 │ │ │ ├── anyio v4.6.0 (*) │ │ │ ├── argon2-cffi v23.1.0 │ │ │ │ └── argon2-cffi-bindings v21.2.0 │ │ │ │ └── cffi v1.17.1 │ │ │ │ └── pycparser v2.22 │ │ │ ├── jinja2 v3.1.4 (*) │ │ │ ├── jupyter-client v8.6.3 (*) │ │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ │ ├── jupyter-events v0.10.0 │ │ │ │ ├── jsonschema[format-nongpl] v4.23.0 │ │ │ │ │ ├── attrs v24.2.0 │ │ │ │ │ ├── jsonschema-specifications v2023.12.1 │ │ │ │ │ │ └── referencing v0.35.1 │ │ │ │ │ │ ├── attrs v24.2.0 │ │ │ │ │ │ └── rpds-py v0.20.0 │ │ │ │ │ ├── referencing v0.35.1 (*) │ │ │ │ │ ├── rpds-py v0.20.0 │ │ │ │ │ ├── fqdn v1.5.1 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ ├── idna v3.10 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ ├── isoduration v20.11.0 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ │ └── arrow v1.3.0 │ │ │ │ │ │ ├── python-dateutil v2.9.0.post0 (*) │ │ │ │ │ │ └── types-python-dateutil v2.9.0.20240906 │ │ │ │ │ ├── jsonpointer v3.0.0 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ ├── rfc3339-validator v0.1.4 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ │ └── six v1.16.0 │ │ │ │ │ ├── rfc3986-validator v0.1.1 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ ├── uri-template v1.3.0 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ │ └── webcolors v24.8.0 (extra: format-nongpl) │ │ │ │ ├── python-json-logger v2.0.7 │ │ │ │ ├── pyyaml v6.0.2 │ │ │ │ ├── referencing v0.35.1 (*) │ │ │ │ ├── rfc3339-validator v0.1.4 (*) │ │ │ │ ├── rfc3986-validator v0.1.1 │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ ├── jupyter-server-terminals v0.5.3 │ │ │ │ └── terminado v0.18.1 │ │ │ │ ├── ptyprocess v0.7.0 │ │ │ │ └── tornado v6.4.1 │ │ │ ├── nbconvert v7.16.4 │ │ │ │ ├── beautifulsoup4 v4.12.3 │ │ │ │ │ └── soupsieve v2.6 │ │ │ │ ├── bleach v6.1.0 │ │ │ │ │ ├── six v1.16.0 │ │ │ │ │ └── webencodings v0.5.1 │ │ │ │ ├── defusedxml v0.7.1 │ │ │ │ ├── jinja2 v3.1.4 (*) │ │ │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ │ │ ├── jupyterlab-pygments v0.3.0 │ │ │ │ ├── markupsafe v2.1.5 │ │ │ │ ├── mistune v3.0.2 │ │ │ │ ├── nbclient v0.10.0 │ │ │ │ │ ├── jupyter-client v8.6.3 (*) │ │ │ │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ │ │ │ ├── nbformat v5.10.4 │ │ │ │ │ │ ├── fastjsonschema v2.20.0 │ │ │ │ │ │ ├── jsonschema v4.23.0 (*) │ │ │ │ │ │ ├── jupyter-core v5.7.2 (*) │ │ │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ │ ├── nbformat v5.10.4 (*) │ │ │ │ ├── packaging v24.1 │ │ │ │ ├── pandocfilters v1.5.1 │ │ │ │ ├── pygments v2.18.0 │ │ │ │ ├── tinycss2 v1.3.0 │ │ │ │ │ └── webencodings v0.5.1 │ │ │ │ └── traitlets v5.14.3 │ │ │ ├── nbformat v5.10.4 (*) │ │ │ ├── overrides v7.7.0 │ │ │ ├── packaging v24.1 │ │ │ ├── prometheus-client v0.21.0 │ │ │ ├── pyzmq v26.2.0 │ │ │ ├── send2trash v1.8.3 │ │ │ ├── terminado v0.18.1 (*) │ │ │ ├── tornado v6.4.1 │ │ │ ├── traitlets v5.14.3 │ │ │ └── websocket-client v1.8.0 │ │ ├── jupyter-server v2.14.2 (*) │ │ ├── jupyterlab-server v2.27.3 │ │ │ ├── babel v2.16.0 │ │ │ ├── jinja2 v3.1.4 (*) │ │ │ ├── json5 v0.9.25 │ │ │ ├── jsonschema v4.23.0 (*) │ │ │ ├── jupyter-server v2.14.2 (*) │ │ │ ├── packaging v24.1 │ │ │ └── requests v2.32.3 │ │ │ ├── certifi v2024.8.30 │ │ │ ├── charset-normalizer v3.3.2 │ │ │ ├── idna v3.10 │ │ │ └── urllib3 v2.2.3 │ │ ├── notebook-shim v0.2.4 │ │ │ └── jupyter-server v2.14.2 (*) │ │ ├── packaging v24.1 │ │ ├── setuptools v75.1.0 │ │ ├── tornado v6.4.1 │ │ └── traitlets v5.14.3 │ ├── nbconvert v7.16.4 (*) │ └── notebook v7.2.2 │ ├── jupyter-server v2.14.2 (*) │ ├── jupyterlab v4.2.5 (*) │ ├── jupyterlab-server v2.27.3 (*) │ ├── notebook-shim v0.2.4 (*) │ └── tornado v6.4.1 ├── openpyxl v3.1.5 │ └── et-xmlfile v1.1.0 └── pandas v2.2.3 ├── numpy v2.1.1 ├── python-dateutil v2.9.0.post0 (*) ├── pytz v2024.2 └── tzdata v2024.2 (*) Package tree already displayed ```

Is this an issue with uv, or is it a problem related to the usage of jupyter?

ben-sandham commented 1 month ago

Have you added the ipykernel package to the uv venv created and installed the kernel to it?

anzhi0708 commented 1 month ago

Have you added the ipykernel package to the uv venv created and installed the kernel to it?

Thanks so much