Falta poner el OR en las máscaras de la funcion ini_Clkout en la linea 30 y 33 del archivo Puertos.c.
Debería ser:
//Habilitamos la funcion alterna FB_CLKOUT en el pin
PORTC_PCR3 |= ( PORT_PCR_MUX(0x5));
//Seleccionamos CLKOUT en el SIM SOPT2
SIM_SOPT2 |= SIM_SOPT2_CLKOUTSEL(2);
Falta poner el OR en las máscaras de la funcion ini_Clkout en la linea 30 y 33 del archivo Puertos.c.
Debería ser: