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baiwenjia / ukbb_cardiac

Some code for processing and analysing UK Biobank cardiac MR images.
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About the dataset #15

Open zyqdsn opened 2 years ago

zyqdsn commented 2 years ago

您好，我在下载了uk的2964返回数据集后，找到了标注数据，但是里面并没有CVI42的xml文件，请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的，还是从uk下载的呢

TheGreatLidia commented 1 year ago

您好，我在uk注册成功后在哪找到2964的返回数据集呀？需要写application申请还是能直接下呀？能教教我吗？

zyqdsn commented 1 year ago

您好，我在uk注册成功后在哪找到2964的返回数据集呀？需要写application申请还是能直接下呀？能教教我吗？

你去看uk官方的那个说明pdf，里面写了有一类数据属于研究人员返回数据，那里告诉你怎么下载了，需要去申请，这个好像你当时买uk数据的时候买了的话就能下，没有买应该不行

TheGreatLidia commented 1 year ago

您好，感谢您的解答。按照您给的方法我看了UK提供的两份pdf文件（application和showcase）。因为咱们要用到application 2964的数据，我看pdf的意思是需要application的PI授权同意才能使用，于是我给PI发了邮件，请问您当时是这样申请的吗？此外，因为急用该数据做毕业论文，但是对方一直没有回复，如果您这边方便的话，能否发一份数据给我呢？（绝不用作商用，邮箱是2000732@stu.neu.edu.cn）

zyqdsn commented 1 year ago

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

Janner125 commented 6 months ago

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

TheGreatLidia commented 6 months ago
  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧？除了原作者的文章，还有别的研究也用过，所以我觉得应该是适用于所有的heart。
  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决，我记得ukbiobank里有邮箱联系方式，你找找看吧。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

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Janner125 commented 6 months ago
  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧？除了原作者的文章，还有别的研究也用过，所以我觉得应该是适用于所有的heart。 2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决，我记得ukbiobank里有邮箱联系方式，你找找看吧。 … ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15) 不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据 请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***> 非常感谢您的回复！
TheGreatLidia commented 6 months ago

我尝试过但没有成功，你可以去ukbiobank和PI联系试一下，要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复！我想再请教您一个问题，就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像，我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集，里面好像有五千张原图和标签，请问您申请过吗

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM To: @.>; Cc: @.**@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧？除了原作者的文章，还有别的研究也用过，所以我觉得应该是适用于所有的heart。

  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决，我记得ukbiobank里有邮箱联系方式，你找找看吧。

    ------------------ 原始邮件 ------------------
    发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
    发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
    @.>;
    @.**@.>;
    主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

    不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

    请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

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Janner125 commented 6 months ago

好的非常感谢您！

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:52 PM To: @.>; Cc: @.**@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

我尝试过但没有成功，你可以去ukbiobank和PI联系试一下，要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复！我想再请教您一个问题，就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像，我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集，里面好像有五千张原图和标签，请问您申请过吗

---Original---
From: @.>
Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM
To: @.>;
Cc: @.**@.>;
Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧？除了原作者的文章，还有别的研究也用过，所以我觉得应该是适用于所有的heart。

  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决，我记得ukbiobank里有邮箱联系方式，你找找看吧。

    ------------------ 原始邮件 ------------------
    发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
    发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
    @.>;
    @.**@.>;
    主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

    不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

    请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

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Janner125 commented 6 months ago

您好！我想问一下application 2964不是一个别人的项目号吗，我们应该不能申请别人项目里面的东西吧，是把所有的returned id都下下来吗

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:52 PM To: @.>; Cc: @.**@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

我尝试过但没有成功，你可以去ukbiobank和PI联系试一下，要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复！我想再请教您一个问题，就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像，我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集，里面好像有五千张原图和标签，请问您申请过吗

---Original---
From: @.>
Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM
To: @.>;
Cc: @.**@.>;
Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧？除了原作者的文章，还有别的研究也用过，所以我觉得应该是适用于所有的heart。

  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决，我记得ukbiobank里有邮箱联系方式，你找找看吧。

    ------------------ 原始邮件 ------------------
    发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
    发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
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    @.**@.>;
    主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

    不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据，我也是帮忙处理，不能给你提供，抱歉，或者你可以先去看看公共的医学图像数据

    请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候，是适用于所有的heart mri嘛，还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像，因为我再用该脚本转换格式的时候，Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

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Janner125 commented 6 months ago

您好，我在下载了uk的2964返回数据集后，找到了标注数据，但是里面并没有CVI42的xml文件，请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的，还是从uk下载的呢 请问您下载的2964返回数据集中哪个returned ID有这个github作者使用的数据集呀

Janner125 commented 6 months ago

您好，我在下载了uk的2964返回数据集后，找到了标注数据，但是里面并没有CVI42的xml文件，请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的，还是从uk下载的呢

请问您下载的返回数据集就是csv表格麻 ，还是有5000多人的dicom原图和标注图像呀