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baliga-lab / cmonkey2

Python port of cMonkey, a machine-learning based method for clustering
GNU Lesser General Public License v3.0
26 stars 16 forks source link

Lieber Wei-Ju #10

Closed fschmitz closed 12 years ago

fschmitz commented 12 years ago

Ich habe Deine Änderungen eingearbeitet - oder vielmehr - meine wieder bei Dir eingearbeitet. Auch funktioniert jetzt die gesamte Scala Lösung und der Monkey läuft bis zum Schluss durch. MEME bedarf noch einige tweaks, es läuft aber mit 4.8.1. Die Geschwindigkeit ist verglichen mit R Wahnsinn - R brauchte 3 Tage, das hier brauchte 0.5 bis 1 Tag. Ich kann aber noch nichts über die Ergebnisse sagen. Beim Display - Du schreibst log10 expression levels - icy denke das is a) abhängig von User und b) normalerweise log2 ratios. was hast Du als nächstes vor? ich werde mal versuchen, meine Änderungen modularer zu machen, gestern war das schon ein Aufwand, auch wenn es sich gelohnt hat. Kannst Du Veränderungen (z.b. background model oder Network) gebrauchen. So, jetzt aber mal schönes Wochenende! Frank

weiju commented 12 years ago

Moin Frank, vielen Dank erstmal fuer den Pull-Request, ich bin gerade dabei, Deine Aenderungen anzusehen und einzuarbeiten - das wird wahrscheinlich eine Weile dauern, weil sich doch in der Zwischenzeit recht viel geaendert hat. Wenn ich damit fertig bin, koenntest Du bitte eine neue Version auschecken und schauen, ob's fuer Dich funktioniert ? Viele Gruesse, Wei-ju

fschmitz commented 12 years ago

Hi! Dich kann man ja telefonisch gar nicht erreichen. tststs. wie auch immer - ich arbeite gerade daran, die aenderungen auszulagern, damit sie nicht immer im module geaendert werden muessen und eher die bestehenden klassen soweit moeglich inheriten. das machts mir einfacher. falls du noch darauf warten magst? groesstes problem fuer mich derzeit ist die unvollstaendige feature - name - table bei RSAT. werde daran arbeiten muessen, dann guck ich mir evtl tweaks bei meme an. glueck auf! Frank

weiju commented 12 years ago

Hm, das waere super, denn damit wollte ich naemlich gerade auch anfangen. Ich habe fuer einige Deiner Aenderungen die Unit-Tests ergaenzt und BeautifulSoup/MySQLdb import ist nun optional.