bcgsc / btllib

Bioinformatics Technology Lab common code library
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possible issue with seqreader wrappers #76

Closed aafshinfard closed 2 months ago

aafshinfard commented 1 year ago

When I clone the master branch, and run meson build & cd build & ninja test one test fails with the following information:


.
.
.
9/15 seq_reader_sam_module                     FAIL            0.10s   exit status 1
>>> MALLOC_PERTURB_=192 /projects/btl_scratch/aafshinfard/projects/indexlr/btllib-new/build/tests/seq_reader_sam_module_test
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stderr:
Iteration 1
Test small SAM
[2023-01-27 15:57:55][INFO]
samtools 1.6
Using htslib 1.6
No input file specified.
[2023-01-27 15:57:55][ERROR] SeqReader: Quality string length (63) does not match sequence length (8).
[2023-01-27 15:57:55][ERROR] A helper process has finished unsuccessfully:
PID: 169150
Outcome: exited with status 1
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10/15 seq_reader_fasta_module                   OK              0.10s
11/15 seq_reader_multiline_fasta_module         OK              0.20s
12/15 seq_reader_multiline_fastq_module         OK              0.38s
13/15 seq_reader_fastq_module                   OK              0.57s
14/15 data_stream                               OK              3.35s
15/15 seq_writer                                OK             12.15s

Summary of Failures:

 .
9/15 seq_reader_sam_module             FAIL            0.10s   exit status 1

Ok:                 14
Expected Fail:      0
Fail:               1
Unexpected Pass:    0
Skipped:            0
Timeout:            0

Full log written to /projects/btl_scratch/aafshinfard/projects/indexlr/btllib-new/build/meson-logs/testlog.txt
FAILED: meson-internal__test
/projects/btl/aafshinfard/miniconda3/envs/btllib-dev/bin/meson test --no-rebuild --print-errorlogs
ninja: build stopped: subcommand failed.
lcoombe commented 2 months ago

Closing, as ninja test isn't failing on CI currently