预训练步骤

[db-beep]

作者您好，我在试图将SDCN框架运用到我自己的数据集上遇到一些问题，想向您请教。（无标签+非graph数据） 根据您之前说的将SDCN运用到其他数据集的三个步骤，第一步，创建自己数据集的KNN图，这一步我已经完成。第二步预训练步骤，我所输入的x的shape为[8500，20000]，然后根据代码，需要修改model=AE{}这一部分的代码，在CPU/GPU上训练都提示大小不匹配的问题，即使将预训练的网络修改成shape相同的，同样还是无法训练。

[db-beep]

RuntimeError: mat1 dim 1 must match mat2 dim 0

[jinjunfei]

m

将 n_input改为8500*20000了吗？

[db-beep]

我已找到错误点，谢谢提醒。前几天就跑出结果了(用我自己的数据集)，结果不太理想，评估指标nmi、ari、acc在30%左右。

[mu-maker]

您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理

[jinjunfei]

不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理

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[mu-maker]

我的已经是txt文件了，第一次接触这方面的东西还是有点不太会处理，您能帮忙看一下接下来如何处理吗

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "bdy9527/SDCN" @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:16 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>;
发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13 收件人: @.>;
抄送: @.>; @.>;
主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理

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[jinjunfei]

可以啊，你是在哪一步出现问题

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:25 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

我的已经是txt文件了，第一次接触这方面的东西还是有点不太会处理，您能帮忙看一下接下来如何处理吗

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "bdy9527/SDCN" @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:16 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: @.>;
发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13
收件人: @.>;
抄送: @.>; @.>;
主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理

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[mu-maker]

可能第一步就出现问题了，在构建knn图的时候，我就已经不太会了。我用的是TCGA的癌症组学数据，已经转换成TXT文件，但是如何处理数据构建knn图的时候有点懵。不知道您那边能否添加一下联系方式进一步咨询相关问题。 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "bdy9527/SDCN" @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:28 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

可以啊，你是在哪一步出现问题

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>;
发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:25 收件人: @.>;
抄送: @.>; @.>;
主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

我的已经是txt文件了，第一次接触这方面的东西还是有点不太会处理，您能帮忙看一下接下来如何处理吗

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "bdy9527/SDCN" @.>;
发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:16
@.>;
@.**@.>;
主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: @.>;
发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13
收件人: @.>;
抄送: @.>; @.>;
主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理

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—
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[mu-maker]

您好，请问一下如何将无标签的数据集应用在该结构上

[db-beep]

您好，无标签的数据如何训练，作者已经在相关的issues中提到过，请查看已经处于close状态的issues中，里面会写到的，谢谢。

[mu-maker]

您好，无标签的数据如何训练，作者已经在相关的issues中提到过，请查看已经处于close状态的issues中，里面会写到的，谢谢。

那么在预训练的时候，是不是只需要将标签y删除即可

[jinjunfei]

代码包里有自动构建knn的那一个文件

---原始邮件--- 发件人: "Li @.> 发送时间: 2023年3月30日(周四) 晚上9:21 收件人: @.>; 抄送: @.**@.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28)

请问一下，使用自己的训练集，训练集类似于hhar的无监督时序数据，怎么完成第一步呢，也就是构建knn图

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[Lorraine-Kwok]

可以啊，你是在哪一步出现问题 …… ------------------ 原始邮件 ---------------- 发件人: @ .>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:25 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训步骤 (Issue #28 ) 我的已经是txt文件了，第一次接触这方面的东西还是有点不太会处理，你能帮下忙下拙见一 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "bdy9527/SDCN" @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:16 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28) 不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28) 您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.> — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.> — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

前輩您好，我是GNN的新手，在運行此代碼構建KNN時，我已經生成了對應txt文件，可是還是顯示維度不匹配，您方便告訴一下郵箱指導一下我嗎，誠盼您的回復！

[handesome]

可以啊，你是在哪一步出现问题 …… ------------------ 原始邮件 ---------------- 发件人: **@ .>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:25 收件人: @.**>; 抄送: @.**>; @.**>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训步骤 (Issue #28 ) 我的已经是txt文件了，第一次接触这方面的东西还是有点不太会处理，你能帮下忙下拙见一 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "bdy9527/SDCN" @.**>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:16 @.**>; @.**@.**>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28) 不管你的数据集是什么格式（图片、文本、图）都需要转化为txt文本格式进行预训练。txt中其实是数组。 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.**>; 发送时间: 2022年4月3日(星期天) 上午10:13 收件人: @.**>; 抄送: @.**>; @.**>; 主题: Re: [bdy9527/SDCN] 预训练步骤 (Issue #28) 您好，请问一下这个如何换成自己的数据集，对数据集应该进行什么处理 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.**> — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.**> — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

前輩您好，我是GNN的新手，在運行此代碼構建KNN時，我已經生成了對應txt文件，可是還是顯示維度不匹配，您方便告訴一下郵箱指導一下我嗎，誠盼您的回復！

大佬，您好，我也是新手，想用自己的数据运行该程序，该怎么办呢？有偿帮忙，万分感谢各位的帮忙