AIUTO file parsing

[chiaragiovannetti11111]

Ciao, io sto eseguendo uno script ma sono alle prime armi, quindi ho abbastanza dubbi. Quando eseguo questo comando mi si creano delle cartelle vuote => fastqfsq e fastqrsq = character(empty). cambiando anche il nome del pattern non riesco a inidivduare i miei campioni.

File parsing

pathF <- "reads/cutadapt" # THE DIRECTORY WITH THE FORWARD READS pathR <- "reads/cutadapt" # THE DIRECTORY WITH THE REVERSE READS fastqFsq <- sort(list.files(pathF, pattern="1_R1.fastq.gz", full.names=TRUE)) # ADJUST TO FIT THE FILENAMES fastqRsq <- sort(list.files(pathR, pattern="2_R2.fastq.gz", full.names=TRUE)) # ADJUST TO FIT THE FILENAMES

[benjjneb]

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