process_raw_nmm error - Githubissues

Sarahsus commented 5 months ago

Run in Matlab

process_raw_nmm

Parameters:

iter_list: same as the length of mean_and_std in generate_tvb_data.py
leadfield_name: the size need to be consistent with the connectivity profile used in generate_tvb_data.py. If using the 76-region connectivity profile, need to use the 76-region leadfield. The default leadfield size is 75 times 994.

process_raw_nmm() 函数或变量 'nmm' 无法识别。

出错 process_raw_nmm (第 60 行) nmm(:,[8,326,922,950]) = nmm(:,[995,998,997,996]); % remove empty NMM row

dengzuxuan commented 4 months ago

哈喽，我是在这里报错了

D:\code\python\DeepSIF-main\forward
../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0错误使用 load
无法读取文件 '../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0_ds.mat'。没有此类文件或目录。

出错 process_raw_nmm (第 45 行)
raw_data = load([fn '_ds.mat']);

45 raw_data = load([fn '_ds.mat']);

想问下您_ds.mat是在哪里生成的呢？我跑了generate_tvb_data.py之后没有_ds.mat的，谢谢您

Sarah-air commented 4 months ago

哈喽，我是在这里报错了
D:\code\python\DeepSIF-main\forward
../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0错误使用 load
无法读取文件 '../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0_ds.mat'。没有此类文件或目录。

出错 process_raw_nmm (第 45 行)
raw_data = load([fn '_ds.mat']);

45 raw_data = load([fn '_ds.mat']);
想问下您_ds.mat是在哪里生成的呢？我跑了generate_tvb_data.py之后没有_ds.mat的，谢谢您

你好，我也没有生成_ds.mat，检查一下你的文件路径是否正确呢？

dengzuxuan commented 4 months ago

哈喽，我是在这里报错了
D:\code\python\DeepSIF-main\forward
../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0错误使用 load
无法读取文件 '../source/raw_nmm/a0/mean_iter_1_a_iter_0_ds.mat'。没有此类文件或目录。

出错 process_raw_nmm (第 45 行)
raw_data = load([fn '_ds.mat']);

45 raw_data = load([fn '_ds.mat']);
想问下您_ds.mat是在哪里生成的呢？我跑了generate_tvb_data.py之后没有_ds.mat的，谢谢您
你好，我也没有生成_ds.mat，检查一下你的文件路径是否正确呢？

感谢您的回复，我重新下了一下代码解决这个问题了，但是还遇到了别的问题在process_raw_nmm.m运行时候遇到的，请问您有遇到类似的问题吗？再次感谢！

>> process_raw_nmm
位置 2 处的索引超出数组边界(不能超出 76)。

出错 process_raw_nmm (第 60 行)
           all_data(:,[8,326,922,950]) = all_data(:,[995,998,997,996]);              % remove empty NMM row

Sarahsus commented 4 months ago

请问你这个generate_tvb_data.py生成的脑区是994个还是76？

dengzuxuan commented 4 months ago

请问你这个generate_tvb_data.py生成的脑区是994个还是76？

很奇怪，我这个generate_tvb_data生成的脑区数据经过matlab上采样后all_data这里现实的是76通道的

Sarah-air commented 4 months ago

请问你这个generate_tvb_data.py生成的脑区是994个还是76？

很奇怪，我这个generate_tvb_data生成的脑区数据经过matlab上采样后all_data这里现实的是76通道的 conn = connectivity.Connectivity.from_file(source_file=os.getcwd()+'/../anatomy/connectivity_76.zip')这边改成998

dengzuxuan commented 4 months ago

请问你这个generate_tvb_data.py生成的脑区是994个还是76？

很奇怪，我这个generate_tvb_data生成的脑区数据经过matlab上采样后all_data这里现实的是76通道的 conn = connectivity.Connectivity.from_file(source_file=os.getcwd()+'/../anatomy/connectivity_76.zip')这边改成998

十分感谢您的解答🙏

Sarah-air commented 4 months ago

请问你这个generate_tvb_data.py生成的脑区是994个还是76？

很奇怪，我这个generate_tvb_data生成的脑区数据经过matlab上采样后all_data这里现实的是76通道的 conn = connectivity.Connectivity.from_file(source_file=os.getcwd()+'/../anatomy/connectivity_76.zip')这边改成998

十分感谢您的解答🙏

没事

bfinl / DeepSIF

process_raw_nmm error #6