For some initial transition matrices the discrete HMM initialization fails because the initial HMM has no reversible transition matrix. We need to enforce symmetry in order to remove numerical errors in calculating the hidden transition matrix from PCCA++.
Kathi's email:
Ich habe einen Testdurchlauf gemacht und dabei den Fehler bekommen, dass die versteckte transition matrix nicht reversibel ist.
In init -> discrete -> initial_model_discrete wird in 71-76 das besprochene Verfahren (paper) angewendet.
Kann es sein, dann nach
X = np.dot(np.diag(pcca.coarse_grained_stationary_probability), P_coarse)
das Symmetrisieren fehlt?
ich habe X = .5*(X+X.T) eingefügt und dann läuft es durch.
For some initial transition matrices the discrete HMM initialization fails because the initial HMM has no reversible transition matrix. We need to enforce symmetry in order to remove numerical errors in calculating the hidden transition matrix from PCCA++.
Kathi's email:
Ich habe einen Testdurchlauf gemacht und dabei den Fehler bekommen, dass die versteckte transition matrix nicht reversibel ist. In init -> discrete -> initial_model_discrete wird in 71-76 das besprochene Verfahren (paper) angewendet. Kann es sein, dann nach X = np.dot(np.diag(pcca.coarse_grained_stationary_probability), P_coarse) das Symmetrisieren fehlt? ich habe X = .5*(X+X.T) eingefügt und dann läuft es durch.