gcnv environment fails to resolve

[holtgrewe]

Describe the bug The environment for the gcnv helpers does not resolve.

[holtgrewe]

$ mamba env create --verbose --file ".../GRCh37/helper_gcnv_model_wgs/.snakemake/conda/d4ac09659711db9622d14fdbb87efb04_.yaml" --prefix ".../GRCh37/helper_gcnv_model_wgs/.snakemake/conda/d4ac09659711db9622d14fdbb87efb04_"

info     libmamba Parsing MatchSpec defaults::tensorflow=1.15.0
error    libmamba Selected channel specific (or force-reinstall) job, but package is not available from channel. Solve job will fail.
[...]
info     libmamba Parsing MatchSpec defaults::intel-openmp=2019.4
info     libmamba Parsing MatchSpec defaults::intel-openmp=2019.4
error    libmamba Selected channel specific (or force-reinstall) job, but package is not available from channel. Solve job will fail.
[...]

Encountered problems while solving:
  - package gcnvkernel-0.8-pyhdfd78af_0 requires tensorflow 1.15.0.*, but none of the providers can be installed

[holtgrewe]

I need to create an enviroment including defaults::intel-openmp=2019.4 defaults::tensorflow=1.15.0 where defaults is the default alias pkgs/main.

Conda can find the packages and create the environment.

I need to create an enviroment including defaults::intel-openmp=2019.4 defaults::tensorflow=1.15.0 where defaults is the default alias pkgs/main.

# mamba --version
mamba 1.1.0
conda 22.9.0

Conda can find the packages and create the environment. See below for logs. All of this happens in a fresh install via mambaforge.

# conda search defaults::intel-openmp=2019.4 
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
intel-openmp                  2019.4             243  pkgs/main           

# conda search defaults::tensorflow=1.15.0
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
tensorflow                    1.15.0 eigen_py27h7b7505e_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 eigen_py36hd3854b5_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 eigen_py37h3790f83_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py27h0c9f15b_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py36h5a509aa_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py37h0f0df58_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py27hbe5f72a_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py36h4920b83_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py37h28c19af_0  pkgs/main           

# conda create -y -n xxx defaults::intel-openmp=2019.4 defaults::tensorflow=1.15.0
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 22.9.0
  latest version: 22.11.1

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c conda-forge conda

## Package Plan ##

  environment location: /opt/miniconda3/envs/xxx

  added / updated specs:
    - defaults::intel-openmp=2019.4
    - defaults::tensorflow=1.15.0

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _tflow_select-2.3.0        |              mkl           2 KB
    absl-py-0.15.0             |     pyhd8ed1ab_0          98 KB  conda-forge
    astor-0.8.1                |     pyh9f0ad1d_0          25 KB  conda-forge
    cached-property-1.5.2      |       hd8ed1ab_1           4 KB  conda-forge
    cached_property-1.5.2      |     pyha770c72_1          11 KB  conda-forge
    gast-0.2.2                 |             py_0          10 KB  conda-forge
    google-pasta-0.2.0         |     pyh8c360ce_0          42 KB  conda-forge
    grpc-cpp-1.48.1            |       hc2bec63_1         5.4 MB  conda-forge
    grpcio-1.48.1              |   py37h42e856d_1         818 KB  conda-forge
    h5py-3.7.0                 |nompi_py37hf1ce037_101         1.3 MB  conda-forge
    hdf5-1.12.2                |nompi_h4df4325_101         3.2 MB  conda-forge
    importlib-metadata-4.11.4  |   py37h89c1867_0          33 KB  conda-forge
    intel-openmp-2019.4        |              243         729 KB
    keras-applications-1.0.8   |             py_1          30 KB  conda-forge
    keras-preprocessing-1.1.2  |     pyhd8ed1ab_0          34 KB  conda-forge
    libabseil-20220623.0       | cxx17_h05df665_6         1.1 MB  conda-forge
    libaec-1.0.6               |       h9c3ff4c_0          45 KB  conda-forge
    libblas-3.9.0              |16_linux64_openblas          13 KB  conda-forge
    libcblas-3.9.0             |16_linux64_openblas          13 KB  conda-forge
    libgfortran-ng-12.2.0      |      h69a702a_19          22 KB  conda-forge
    libgfortran5-12.2.0        |      h337968e_19         1.8 MB  conda-forge
    liblapack-3.9.0            |16_linux64_openblas          13 KB  conda-forge
    libnghttp2-1.51.0          |       hff17c54_0         610 KB  conda-forge
    libopenblas-0.3.21         |pthreads_h78a6416_3        10.1 MB  conda-forge
    libprotobuf-3.20.1         |       h6239696_4         2.6 MB  conda-forge
    markdown-3.4.1             |     pyhd8ed1ab_0          65 KB  conda-forge
    numpy-1.21.6               |   py37h976b520_0         6.1 MB  conda-forge
    opt_einsum-3.3.0           |     pyhd8ed1ab_1          53 KB  conda-forge
    protobuf-3.20.1            |   py37hd23a5d3_0         329 KB  conda-forge
    python-3.7.12              |hf930737_100_cpython        57.3 MB  conda-forge
    python_abi-3.7             |          3_cp37m           6 KB  conda-forge
    re2-2022.06.01             |       h27087fc_1         191 KB  conda-forge
    scipy-1.7.3                |   py37hf2a6cf1_0        21.8 MB  conda-forge
    six-1.16.0                 |     pyh6c4a22f_0          14 KB  conda-forge
    sqlite-3.40.0              |       h4ff8645_0         801 KB  conda-forge
    tensorboard-1.15.0         |           py37_0         3.8 MB  conda-forge
    tensorflow-1.15.0          |mkl_py37h28c19af_0           4 KB
    tensorflow-base-1.15.0     |mkl_py37he1670d9_0        87.5 MB
    tensorflow-estimator-1.15.1|     pyh2649769_0         271 KB
    termcolor-1.1.0            |     pyhd8ed1ab_3           8 KB  conda-forge
    typing_extensions-4.4.0    |     pyha770c72_0          29 KB  conda-forge
    werkzeug-0.16.1            |             py_0         255 KB  conda-forge
    wrapt-1.14.1               |   py37h540881e_0          50 KB  conda-forge
    zipp-3.11.0                |     pyhd8ed1ab_0          15 KB  conda-forge
    zlib-1.2.13                |       h166bdaf_4          92 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       206.4 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge None
  _openmp_mutex      conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-2_gnu None
  _tflow_select      pkgs/main/linux-64::_tflow_select-2.3.0-mkl None
  absl-py            conda-forge/noarch::absl-py-0.15.0-pyhd8ed1ab_0 None
  astor              conda-forge/noarch::astor-0.8.1-pyh9f0ad1d_0 None
  c-ares             conda-forge/linux-64::c-ares-1.18.1-h7f98852_0 None
  ca-certificates    conda-forge/linux-64::ca-certificates-2022.12.7-ha878542_0 None
  cached-property    conda-forge/noarch::cached-property-1.5.2-hd8ed1ab_1 None
  cached_property    conda-forge/noarch::cached_property-1.5.2-pyha770c72_1 None
  gast               conda-forge/noarch::gast-0.2.2-py_0 None
  google-pasta       conda-forge/noarch::google-pasta-0.2.0-pyh8c360ce_0 None
  grpc-cpp           conda-forge/linux-64::grpc-cpp-1.48.1-hc2bec63_1 None
  grpcio             conda-forge/linux-64::grpcio-1.48.1-py37h42e856d_1 None
  h5py               conda-forge/linux-64::h5py-3.7.0-nompi_py37hf1ce037_101 None
  hdf5               conda-forge/linux-64::hdf5-1.12.2-nompi_h4df4325_101 None
  importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-4.11.4-py37h89c1867_0 None
  intel-openmp       pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2019.4-243 None
  keras-applications conda-forge/noarch::keras-applications-1.0.8-py_1 None
  keras-preprocessi~ conda-forge/noarch::keras-preprocessing-1.1.2-pyhd8ed1ab_0 None
  keyutils           conda-forge/linux-64::keyutils-1.6.1-h166bdaf_0 None
  krb5               conda-forge/linux-64::krb5-1.20.1-h81ceb04_0 None
  ld_impl_linux-64   conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.39-hcc3a1bd_1 None
  libabseil          conda-forge/linux-64::libabseil-20220623.0-cxx17_h05df665_6 None
  libaec             conda-forge/linux-64::libaec-1.0.6-h9c3ff4c_0 None
  libblas            conda-forge/linux-64::libblas-3.9.0-16_linux64_openblas None
  libcblas           conda-forge/linux-64::libcblas-3.9.0-16_linux64_openblas None
  libcurl            conda-forge/linux-64::libcurl-7.87.0-hdc1c0ab_0 None
  libedit            conda-forge/linux-64::libedit-3.1.20191231-he28a2e2_2 None
  libev              conda-forge/linux-64::libev-4.33-h516909a_1 None
  libffi             conda-forge/linux-64::libffi-3.4.2-h7f98852_5 None
  libgcc-ng          conda-forge/linux-64::libgcc-ng-12.2.0-h65d4601_19 None
  libgfortran-ng     conda-forge/linux-64::libgfortran-ng-12.2.0-h69a702a_19 None
  libgfortran5       conda-forge/linux-64::libgfortran5-12.2.0-h337968e_19 None
  libgomp            conda-forge/linux-64::libgomp-12.2.0-h65d4601_19 None
  liblapack          conda-forge/linux-64::liblapack-3.9.0-16_linux64_openblas None
  libnghttp2         conda-forge/linux-64::libnghttp2-1.51.0-hff17c54_0 None
  libnsl             conda-forge/linux-64::libnsl-2.0.0-h7f98852_0 None
  libopenblas        conda-forge/linux-64::libopenblas-0.3.21-pthreads_h78a6416_3 None
  libprotobuf        conda-forge/linux-64::libprotobuf-3.20.1-h6239696_4 None
  libsqlite          conda-forge/linux-64::libsqlite-3.40.0-h753d276_0 None
  libssh2            conda-forge/linux-64::libssh2-1.10.0-hf14f497_3 None
  libstdcxx-ng       conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-12.2.0-h46fd767_19 None
  libzlib            conda-forge/linux-64::libzlib-1.2.13-h166bdaf_4 None
  markdown           conda-forge/noarch::markdown-3.4.1-pyhd8ed1ab_0 None
  ncurses            conda-forge/linux-64::ncurses-6.3-h27087fc_1 None
  numpy              conda-forge/linux-64::numpy-1.21.6-py37h976b520_0 None
  openssl            conda-forge/linux-64::openssl-3.0.7-h0b41bf4_1 None
  opt_einsum         conda-forge/noarch::opt_einsum-3.3.0-pyhd8ed1ab_1 None
  pip                conda-forge/noarch::pip-22.3.1-pyhd8ed1ab_0 None
  protobuf           conda-forge/linux-64::protobuf-3.20.1-py37hd23a5d3_0 None
  python             conda-forge/linux-64::python-3.7.12-hf930737_100_cpython None
  python_abi         conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-3_cp37m None
  re2                conda-forge/linux-64::re2-2022.06.01-h27087fc_1 None
  readline           conda-forge/linux-64::readline-8.1.2-h0f457ee_0 None
  scipy              conda-forge/linux-64::scipy-1.7.3-py37hf2a6cf1_0 None
  setuptools         conda-forge/noarch::setuptools-65.6.3-pyhd8ed1ab_0 None
  six                conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0 None
  sqlite             conda-forge/linux-64::sqlite-3.40.0-h4ff8645_0 None
  tensorboard        conda-forge/linux-64::tensorboard-1.15.0-py37_0 None
  tensorflow         pkgs/main/linux-64::tensorflow-1.15.0-mkl_py37h28c19af_0 None
  tensorflow-base    pkgs/main/linux-64::tensorflow-base-1.15.0-mkl_py37he1670d9_0 None
  tensorflow-estima~ pkgs/main/noarch::tensorflow-estimator-1.15.1-pyh2649769_0 None
  termcolor          conda-forge/noarch::termcolor-1.1.0-pyhd8ed1ab_3 None
  tk                 conda-forge/linux-64::tk-8.6.12-h27826a3_0 None
  typing_extensions  conda-forge/noarch::typing_extensions-4.4.0-pyha770c72_0 None
  werkzeug           conda-forge/noarch::werkzeug-0.16.1-py_0 None
  wheel              conda-forge/noarch::wheel-0.38.4-pyhd8ed1ab_0 None
  wrapt              conda-forge/linux-64::wrapt-1.14.1-py37h540881e_0 None
  xz                 conda-forge/linux-64::xz-5.2.6-h166bdaf_0 None
  zipp               conda-forge/noarch::zipp-3.11.0-pyhd8ed1ab_0 None
  zlib               conda-forge/linux-64::zlib-1.2.13-h166bdaf_4 None

Downloading and Extracting Packages
grpc-cpp-1.48.1      | 5.4 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tensorflow-estimator | 271 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
wrapt-1.14.1         | 50 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libaec-1.0.6         | 45 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libnghttp2-1.51.0    | 610 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
importlib-metadata-4 | 33 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
google-pasta-0.2.0   | 42 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
cached-property-1.5. | 4 KB      | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libblas-3.9.0        | 13 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
typing_extensions-4. | 29 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
absl-py-0.15.0       | 98 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
keras-preprocessing- | 34 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tensorflow-1.15.0    | 4 KB      | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
termcolor-1.1.0      | 8 KB      | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
keras-applications-1 | 30 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
scipy-1.7.3          | 21.8 MB   | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libcblas-3.9.0       | 13 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
intel-openmp-2019.4  | 729 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
_tflow_select-2.3.0  | 2 KB      | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
re2-2022.06.01       | 191 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
hdf5-1.12.2          | 3.2 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
zlib-1.2.13          | 92 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
six-1.16.0           | 14 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
opt_einsum-3.3.0     | 53 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
gast-0.2.2           | 10 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
markdown-3.4.1       | 65 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tensorboard-1.15.0   | 3.8 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libgfortran-ng-12.2. | 22 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
liblapack-3.9.0      | 13 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libopenblas-0.3.21   | 10.1 MB   | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libprotobuf-3.20.1   | 2.6 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
grpcio-1.48.1        | 818 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
zipp-3.11.0          | 15 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
h5py-3.7.0           | 1.3 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
werkzeug-0.16.1      | 255 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
protobuf-3.20.1      | 329 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
astor-0.8.1          | 25 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
numpy-1.21.6         | 6.1 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libabseil-20220623.0 | 1.1 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
libgfortran5-12.2.0  | 1.8 MB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
python-3.7.12        | 57.3 MB   | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
cached_property-1.5. | 11 KB     | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
sqlite-3.40.0        | 801 KB    | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
tensorflow-base-1.15 | 87.5 MB   | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
python_abi-3.7       | 6 KB      | #################################################################################################################################################################################################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate xxx
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

Retrieving notices: ...working... done

# find /opt/miniconda3/envs/xxx/ | head
/opt/miniconda3/envs/xxx/
/opt/miniconda3/envs/xxx/x86_64-conda_cos6-linux-gnu
/opt/miniconda3/envs/xxx/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin
/opt/miniconda3/envs/xxx/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl/openssl.cnf
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl/cert.pem
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl/cacert.pem
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl/misc
/opt/miniconda3/envs/xxx/ssl/misc/CA.pl

Mamba can find the packages but fails to create the environment.

# mamba search defaults::intel-openmp=2019.4 

[...]

Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
intel-openmp                  2019.4             243  pkgs/main           

# mamba search defaults::tensorflow=1.15.0

[...]

Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
tensorflow                    1.15.0 eigen_py27h7b7505e_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 eigen_py36hd3854b5_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 eigen_py37h3790f83_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py27h0c9f15b_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py36h5a509aa_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 gpu_py37h0f0df58_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py27hbe5f72a_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py36h4920b83_0  pkgs/main           
tensorflow                    1.15.0 mkl_py37h28c19af_0  pkgs/main      

# mamba create -y -n xxx defaults::intel-openmp=2019.4 defaults::tensorflow=1.15.0

[...]

Looking for: ['defaults::intel-openmp=2019.4', 'defaults::tensorflow=1.15.0']

conda-forge/linux-64                                        Using cache
conda-forge/noarch                                          Using cache
bioconda/linux-64                                           Using cache
bioconda/noarch                                             Using cache
pkgs/r/linux-64                                               No change
pkgs/r/noarch                                                 No change
pkgs/main/noarch                                              No change
pkgs/main/linux-64                                            No change
error    libmamba Selected channel specific (or force-reinstall) job, but package is not available from channel. Solve job will fail.
error    libmamba Selected channel specific (or force-reinstall) job, but package is not available from channel. Solve job will fail.
Transaction

  Prefix: /opt/miniconda3/envs/yyy

  All requested packages already installed

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

To activate this environment, use

     $ mamba activate yyy

To deactivate an active environment, use

     $ mamba deactivate

# find /opt/miniconda3/envs/yyy/
/opt/miniconda3/envs/yyy/
/opt/miniconda3/envs/yyy/conda-meta
/opt/miniconda3/envs/yyy/conda-meta/history

# mamba --version
mamba 1.1.0
conda 22.9.0
# cat ~/.condarc
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
# mamba list
# packages in environment at /opt/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
brotlipy                  0.7.0           py310h5764c6d_1005    conda-forge
bzip2                     1.0.8                h7f98852_4    conda-forge
c-ares                    1.18.1               h7f98852_0    conda-forge
ca-certificates           2022.12.7            ha878542_0    conda-forge
certifi                   2022.12.7          pyhd8ed1ab_0    conda-forge
cffi                      1.15.1          py310h255011f_3    conda-forge
charset-normalizer        2.1.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
conda                     22.9.0          py310hff52083_2    conda-forge
conda-package-handling    2.0.2              pyh38be061_0    conda-forge
conda-package-streaming   0.7.0              pyhd8ed1ab_1    conda-forge
cryptography              38.0.4          py310h600f1e7_0    conda-forge
fmt                       9.1.0                h924138e_0    conda-forge
icu                       70.1                 h27087fc_0    conda-forge
idna                      3.4                pyhd8ed1ab_0    conda-forge
keyutils                  1.6.1                h166bdaf_0    conda-forge
krb5                      1.20.1               h81ceb04_0    conda-forge
ld_impl_linux-64          2.39                 hcc3a1bd_1    conda-forge
libarchive                3.6.2                h3d51595_0    conda-forge
libcurl                   7.87.0               hdc1c0ab_0    conda-forge
libedit                   3.1.20191231         he28a2e2_2    conda-forge
libev                     4.33                 h516909a_1    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-ng                 12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libgomp                   12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libiconv                  1.17                 h166bdaf_0    conda-forge
libmamba                  1.1.0                hde2b089_3    conda-forge
libmambapy                1.1.0           py310h1428755_3    conda-forge
libnghttp2                1.47.0               hff17c54_1    conda-forge
libnsl                    2.0.0                h7f98852_0    conda-forge
libsolv                   0.7.23               h3eb15da_0    conda-forge
libsqlite                 3.40.0               h753d276_0    conda-forge
libssh2                   1.10.0               hf14f497_3    conda-forge
libstdcxx-ng              12.2.0              h46fd767_19    conda-forge
libuuid                   2.32.1            h7f98852_1000    conda-forge
libxml2                   2.10.3               h7463322_0    conda-forge
libzlib                   1.2.13               h166bdaf_4    conda-forge
lz4-c                     1.9.3                h9c3ff4c_1    conda-forge
lzo                       2.10              h516909a_1000    conda-forge
mamba                     1.1.0           py310h51d5547_3    conda-forge
ncurses                   6.3                  h27087fc_1    conda-forge
openssl                   3.0.7                h0b41bf4_1    conda-forge
pip                       22.3.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pybind11-abi              4                    hd8ed1ab_3    conda-forge
pycosat                   0.6.4           py310h5764c6d_1    conda-forge
pycparser                 2.21               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyopenssl                 22.1.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pysocks                   1.7.1              pyha2e5f31_6    conda-forge
python                    3.10.8          h4a9ceb5_0_cpython    conda-forge
python_abi                3.10                    3_cp310    conda-forge
readline                  8.1.2                h0f457ee_0    conda-forge
reproc                    14.2.4               h0b41bf4_0    conda-forge
reproc-cpp                14.2.4               hcb278e6_0    conda-forge
requests                  2.28.1             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
ruamel_yaml               0.15.80         py310h5764c6d_1008    conda-forge
setuptools                65.6.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tk                        8.6.12               h27826a3_0    conda-forge
toolz                     0.12.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tzdata                    2022g                h191b570_0    conda-forge
urllib3                   1.26.13            pyhd8ed1ab_0    conda-forge
wheel                     0.38.4             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h166bdaf_0    conda-forge
yaml                      0.2.5                h7f98852_2    conda-forge
yaml-cpp                  0.7.0                h27087fc_2    conda-forge
zstandard                 0.19.0          py310hdeb6495_1    conda-forge
zstd                      1.5.2                h6239696_4    conda-forge

[holtgrewe]

• https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/38811
• https://github.com/mamba-org/mamba/issues/1865

[holtgrewe]

I will try to fix the bioconda package. Meanwhile a workaround:

snappy-snake --conda-create-envs-only --no-use-mamba

[holtgrewe]

So ... fixing the bioconda package does not work so easily.

Probably the best workaround is as follows:

First, see where environment creation fails

snappy-snake --conda-create-envs-only

Then, use the mamba env create ... command line to install it manually. Before you perform this call, switch off strict channel priority in ~/.condarc and switch it on afterwards (Snakemake will fail with strict channel order disabled).

Subsequent calls to Snakemake will work.

[holtgrewe]

OK, recent Snakemake versions do not consider non-strict channel order as errors and just warn.

[xiamaz]

Should we just put these ancient packages into our own conda channel and reference that? Otherwise this bug is annoying and causes stuff like cubi-tk to fail

[holtgrewe]

Wir current snakemake versions the error is downgraded to a warning.