Closed moldach closed 4 years ago
I believe I'm very close to having sambamba installed.
sambamba
git clone --recursive https://github.com/biod/sambamba.git cd sambamba make
I should not that make ran successfully after downloading and setting a path to ldc:
make
ldc
(ldc-1.20.1)[moldach@cedar5 sambamba-0.7.1]$ echo $PATH /home/moldach/dlang/ldc-1.20.1/bin
But now when I type sambamba into the console it say's the command can not be found. In older issues the exectuable was place in /build but I don't see that:
/build
(ldc-1.20.1)[moldach@cedar5 sambamba-0.7.1]$ tree . ├── BioD ├── contrib │ └── shunit2-2.0.3 │ ├── CHANGES-2.0.txt │ ├── contributors.txt │ ├── LGPL-2.1 │ ├── README.txt │ └── shunit2 ├── cram │ ├── exception.d │ ├── htslib.d │ ├── reader.d │ ├── reference.d │ ├── slicereader.d │ ├── wrappers.d │ └── writer.d ├── deb │ ├── DEBIAN_CHANGELOG │ └── makepackage.rb ├── doc │ └── design.org ├── dub.json ├── etc │ └── bash_completion.d │ └── sambamba ├── gen_ldc_version_info.py ├── htslib ├── INSTALL.md ├── LICENSE ├── lz4 ├── Makefile ├── Makefile.docker ├── Makefile.guix ├── Makefile.old ├── man │ ├── README.md │ ├── sambamba.1 │ ├── sambamba.1.ronn │ ├── sambamba-flagstat.1 │ ├── sambamba-flagstat.1.ronn │ ├── sambamba-index.1 │ ├── sambamba-index.1.ronn │ ├── sambamba-markdup.1 │ ├── sambamba-markdup.1.ronn │ ├── sambamba-merge.1 │ ├── sambamba-merge.1.ronn │ ├── sambamba-pileup.1 │ ├── sambamba-pileup.1.ronn │ ├── sambamba-slice.1 │ ├── sambamba-slice.1.ronn │ ├── sambamba-sort.1 │ ├── sambamba-sort.1.ronn │ ├── sambamba-view.1 │ └── sambamba-view.1.ronn ├── README.md ├── RELEASE-NOTES.md ├── run_tests.sh ├── sambamba │ ├── depth.d │ ├── fixbins.d │ ├── flagstat.d │ ├── index.d │ ├── main.d │ ├── markdup2.d │ ├── markdup.d │ ├── merge.d │ ├── pileup.d │ ├── slice.d │ ├── sort.d │ ├── subsample.d │ ├── utils │ │ ├── common │ │ │ ├── bed.d │ │ │ ├── file.d │ │ │ ├── filtering.d │ │ │ ├── intervaltree.d │ │ │ ├── ldc_gc_workaround.d │ │ │ ├── overwrite.d │ │ │ ├── pratt_parser.d │ │ │ ├── progressbar.d │ │ │ ├── queryparser.d │ │ │ ├── readstorage.d │ │ │ └── tmpdir.d │ │ └── view │ │ ├── alignmentrangeprocessor.d │ │ └── headerserializer.d │ ├── validate.d │ └── view.d ├── sambamba-ldmd-debug.rsp ├── sambamba-ldmd-release.rsp ├── scripts │ ├── bioconda_push.sh │ ├── bioconda_yaml_gen.py │ ├── drone.yml.template │ ├── dropbox.sh │ └── randomize_bases.d ├── test │ ├── benchmark │ │ └── stats.org │ ├── chr2_chr3_test_region.bed │ ├── ex1_header.sam │ ├── issue_193.bam │ ├── issue_193.bam.bai │ ├── issue_193_expected_output.txt │ ├── issue_204.bam │ ├── issue_204.bam.bai │ ├── issue_204_expected_output.txt │ ├── issue225.bam │ ├── issue225.bam.bai │ ├── issue225.out │ ├── issue225.z.out │ ├── issue_356.sam │ ├── match_mates.bam │ ├── mate_overlaps_1_3M_4M.bam │ ├── mate_overlaps_1_3M_4M.bam.bai │ ├── mate_overlaps_1_3M_4M.bed │ ├── regression │ │ └── issue_331_header.json │ ├── test_depth.py │ └── test_suite.sh ├── thirdparty │ ├── mergesort.d │ └── unstablesort.d ├── utils │ ├── lz4.d │ ├── strip_bcf_header.d │ └── version_.d └── VERSION 21 directories, 107 files
Check the other build systems. Travis is one.
I believe I'm very close to having
sambamba
installed.I should not that
make
ran successfully after downloading and setting a path toldc
:But now when I type
sambamba
into the console it say's the command can not be found. In older issues the exectuable was place in/build
but I don't see that: