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bishopfunc / paper_survey

興味ある論文を軽く読んでまとめてます
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Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli #11

Open bishopfunc opened 1 year ago

bishopfunc commented 1 year ago

きっかけ：木賀先生の動画の元ネタになった論文 リンク：https://www.nature.com/articles/35002131 お気持ち：合成生物学に大きな影響を与えた論文、むねあつだね

bishopfunc commented 1 year ago

Title: Coping With Complexity: Machine Learning Optimization of Cell-Free Protein Synthesis

Summary

  1. どんなもの？（Abstract,Conclusion） E.coli で 双安定遺伝子調節ネットワーク(GRN) によるToggle Switchを構成した。Toggle Switchは2つのリプレッサーによって構成され、inducerなどを使って安定状態を変えることができ、理想的なswitchの閾値を表した。

  2. 先行研究と比べてどこがすごいの？（先行研究,どんな問題を解決した） 以前複数の安定状態を持ったり、振動する特異的な遺伝子回路はあるが、その挙動は非特異的要素で構成されたネットワークでされたことはない。論理回路、区分線形、非線形、確率的な、生化学を基本とした数式は過去に利用されてきたが、予測の難しさにより一般的に実験で実証されなかった。本研究ではシンプルな数学モデルで予測し、実験をした。また、特異的なプロモーターを必要とせず、いかなる()を満たすリプレッサーとプロモーターの組み合わせででも実現可能である。

  3. 技術や手法の"キモ"はどこにある？(新規点,どう解決した)

  4. どうやって有効だと検証した？（実験手法）

  5. 議論はあるか？（未解決点,応用例）

  6. 次に読むべき論文？

  7. （任意）より詳しい手法の理解

bishopfunc commented 1 year ago

論文情報・リンク

bishopfunc commented 1 year ago
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