search

bovee / entab

* -> TSV
MIT License
21 stars 5 forks source link

agilent UV converter reports wavelengths incorrectly #26

Closed ethanbass closed 2 years ago

ethanbass commented 2 years ago

The Agilent UV converter seems to just output the first value repeatedly in the "wavelength" column (though it is in fact reporting different values). For example, here is the first few lines of the output from the example file: entab -i ~/entab/entab/tests/data/carotenoid_extract.d/dad1.uv

(I think these are actually the absorbance values for different wavelengths, but they all say 200 under the wavelength column).

time    wavelength  intensity
0.0013333333333333333   200 -15.6675
0.0013333333333333333   200 -31.805
0.0013333333333333333   200 -35.3695
0.0013333333333333333   200 -28.8505
0.0013333333333333333   200 -21.1925
0.0013333333333333333   200 -14.8475
0.0013333333333333333   200 -10.1245
0.0013333333333333333   200 -6.801
0.0013333333333333333   200 -4.542
0.0013333333333333333   200 -3.031
0.0013333333333333333   200 -2.035
0.0013333333333333333   200 -1.3765
0.0013333333333333333   200 -0.933
0.0013333333333333333   200 -0.6475
bovee commented 2 years ago

It looks like it was never actually updating the wavelength when it was running and the test stopped after checking the first value. 🙃

This should be fixed now and the test is updated to check at least the first two values as of 2c63fde1e6f4336f5c559e95354b4d7568cf304e. Thanks for finding this bug!

ethanbass commented 2 years ago

great. the new patch seems to have solved this 👍