search

brainhack-ch / piriform-cortex-diversity

Diversity of piriform cortex neuron
GNU General Public License v3.0
1 stars 3 forks source link

Problème d'import de données depuis les feuilles excel #23

Closed clothilde-ferreira closed 1 year ago

clothilde-ferreira commented 1 year ago

Bonjour, je rencontre un problème lors de l'import de mes fichiers excel. Les features sont présentes pour chaque neurone, mais lorsque l'on sort la table après avoir sélectionné les features depuis l'interface, il me dit qu'il en manque. Si je rouvre mon excel de ce neurone le feature est bien present.

(exemple du neurone 220728c4, il a par exemple le feature "Dendrite branching angleB" il est sur le excel du neurone mais l'algorithme ne le voit pas)

Capture d’écran 2023-02-27 à 10 28 18
acionca commented 1 year ago

Hello, j'ai essayé de run le notebook avec le set de données que tu m'avais envoyé (dans lequel il y a la cellule 220728c4) et je n'ai pas les mêmes résultats que toi car les features spécifiques aux dendrites sont bel et bien présentes. Est-ce que tu as des messages d'erreur lors du chargement des données ? Si oui, est-ce qu'ils sont différents des miens (cf. si dessous) ?

image

clothilde-ferreira commented 1 year ago

alors j'ai remis les meme donnés car j'en ai pas refait depuis le debut et cette foi ca passe . mais cette foi j'ai cette inscription tu l'as aussi ?

Capture d’écran 2023-02-27 à 14 23 24
clothilde-ferreira commented 1 year ago

je viens de tester d'autre neurone et j'ai egalement ce commentaire

image
acionca commented 1 year ago

Oui, en partie - ce problème vient du fait qu'il manque la colonne "Set 1" dans les données des dendrites qui permet d'identifier si un filament est de type Basal, Apical, etc. Comme nous faisons, normalement, une sélection qui ne garde pas les filaments de type "Axons", il est nécessaire d'avoir cette donnée pour s'assurer que les neurons soient comparables.

Tu peux voir les neurons qui présentent ce problème en modifiant la ligne de code qui charge les données neuron_df = dload.get_neuron_matrix(path_to_data, verb = True) comme si dessous:

image

Le code affichera l'ID de la cellule chargée ainsi que le nombre de dendrites et features comme si dessous :

image

clothilde-ferreira commented 1 year ago

Comment je fais pour qu'il est la donnée apical ou basal dans ce cas?.Car touts mes filaments sont annoter "apical ou basal" et parfois "axons" mais si j'ai bien compris quand j'ai ce message alors ils ont perdu l'information ?

car j'ai ca apres

image

j'ai mis la nouvelle ligne il me met toutes mes neurones ont cette erreurs et ce message la

image
acionca commented 1 year ago

Comment je fais pour qu'il est la donnée apical ou basal dans ce cas?.Car touts mes filaments sont annoter "apical ou basal" et parfois "axons" mais si j'ai bien compris quand j'ai ce message alors ils ont perdu l'information ?

Effectivement, s'il y a le message d'erreur c'est que cette information a du se perdre. Si tu vérifies les excels des cellules qui ont cette erreur, tu peux voir qu'il n'y a aucune information sur le type de chaque dendrite.

j'ai mis la nouvelle ligne il me met toutes mes neurones ont cette erreurs et ce message la

Ici, je pense que tu as fait une erreur dans la fonction qui charge les données - ta cellule devrait ressembler à ça:

image

clothilde-ferreira commented 1 year ago
image

je comprend pas j'ai pourtant ce quand je l'ouvre

pour le message d'erreur en effet cest good

acionca commented 1 year ago

En fait ce qu'il manque c'est le type de chaque dendrite (dans les données des dendrites) qui, à la base, était sous le nom de colonne "Set 1" - Là dessous tu peux voir un exemple de données complètes pour la cellule 220804c4 :

image

clothilde-ferreira commented 1 year ago

Bonjour à vous!

Nous avons écrit à imaris car le set1 n'est que dans 55 cellules et impossible de le mettre dans les autres...

Il y a aussi une partie des neurones qui ont le feature "Filament BoundingBoxAA Length X" mais affiche que non car la feuille du excelle n'a pas le meme nom . Aucune idee de comment ca ce fait, mais imaris l'appelle par exactement comme ca dans le titre de la feuille. Cependant la premiere case à gauche en haut du excel a elle le bon nom "Filament BoundingBoxAA Length X". Est ce possible de baser la lecture des excels sur la 1er case en haut a gauche et non sur le nom de feuille?

merci à vous

Capture d’écran 2023-03-08 à 13 22 18
hugofluhr commented 1 year ago

oui, je vais implémenter ce changement. je te redis quand c'est fait pour que tu puisses tester

hugofluhr commented 1 year ago

fixed in #27

clothilde-ferreira commented 1 year ago

Mon ordi n’a pas afficher mes mail 😨 je suis désolé !! Je regarde ça ! Tu as besoin de réponse maintenant?

Envoyé de mon iPhone

Le 22 mars 2023 à 17:48, Hugo Fluhr @.***> a écrit :



Closed #23https://github.com/brainhack-ch/piriform-cortex-diversity/issues/23 as completed.

— Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/brainhack-ch/piriform-cortex-diversity/issues/23#event-8819126020, or unsubscribehttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/A4QQXFVQF4YSFWYGGUAHDD3W5MUNBANCNFSM6AAAAAAVJEXCYE. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

Ce message est envoyé depuis une adresse extérieure à l’UNIGE, soyez vigilant-es (expéditeur, pièces jointes). This message is sent from an address outside UNIGE, be careful (sender, content).